廖平的经学思想前后历经六变，他曾自曰：

学经六变，各有年代，苟遇盘根错节，一再沉思，废寝忘餐，动以年数，豁然理解，如有鬼谋天诱，千溪百壑，得所归宿，旧日腐朽，皆为神奇。

廖平学术前后层变，惚恍不定，真是前无古人，后无来者。综观其学，前三变谈今古文问题，尚属经学范围；后三讲变天人之学，已超出传统经学的范围，自云“晚年实为哲学、非经学”，章太炎也说：“君之学凡六变，其后三变杂取梵书及医经、刑法诸家，往往出儒术外。”（《廖平墓志铭》）因此，我们这里也暂不讨论，只就其前三变略为评说。

对廖平学术，历来评价不一。历史学家重视他的“一变”，因为“一变”区分今古；今文经学喜爱他的“二变”，因为“二变”尊今抑古；古文经学家赞扬他的“三变”，因为“三变”张大古学。避开经今古文学的门户之见，我们认为廖平的“一变”、“二变”最为可观。

廖平“一变”平分今古。经今古之争起于西汉末，而盛行于东汉时期。当时，两者之间存在的分歧，诸如经本的有无残全，礼制的大小异数，师说的分歧异论等等，都清清楚楚，阵营分明。郑玄遍注群经、杂采众说，郑注独行而诸说尽废，遂使今古混杂，家法莫辨。后人治经，都不辨今古。这对避免因门户之见而引起的“党同门、杜道真”的恶习固然有好处，但是也带来了一系列的消极影响。比如对今古文经大小异制如何解释？对今古文学经学如何评价？对两汉学术史如何编写？等等，都由于今文经学与古文经学混杂，界线不明而无从着手。更有甚者，因不知今古文之辨，甚至连后世赝品伪书也无从辨认，东晋梅颐的伪《古文尚书》选得以欺唐骗宋而无人觉悟。至使学界叹为莫大的羞耻！清代乾嘉考据之学，重实证，讲考据，但都停留在名物训诂的许郑之学基础上；至常州学派，始讲家法、别今古，但是由于不知今古分歧所在，或以文字论今古，或以流传地域论今古，或以传授范围论今古，都此牵彼合，未得根本，不知要领。廖平在治《春秋谷梁传》的时候，发现《谷梁》说制度与《王制》相同，再推之其他今文各经师说，亦莫不若合符节。相反，古文经学的制度则与《周礼》相合，而与《王制》绝相背驰。于是认为今古文学分歧的根本在礼制。再验之许慎《五经异义》，其中所载今古之别二百余条，也“专载礼制，不载文字”。于是，廖平专就礼制之别考察今古文学，认为，今学礼制在《王制》，古学礼制在《周礼》，著为《今古学考》，纲举目张，“然后二家所以异同之故，灿若列眉”。今古文分歧纠葛，得以缕析区分，如利剪断丝、犀角分水，各归部居，不相杂厕。千载迷案，一朝释然，其功固大矣、伟矣！因此论者将廖平区别经今古文学的《今古学考》，与清代顾炎武发现古音的《音学五书》、阎若璩驳证伪《古文尚书》的《古文尚书疏证》，同誉为清学的“三大发明”，实非过誉。无论学术崇尚如何，正直的学者都一致肯定这一点，俞樾称《今古学考》为“不刊之书”；康有为因读《今古学考》而引廖平为“知己”；刘师培称赞廖平“长于《春秋》，善说礼制”，又说“井研廖平，通贯汉师义例，寻源竟委，径渭分明；批驳郑玄、杜林、范宁谬说，击中要害，如泥墙崩塌。实乃深知经学家法义例之杰出人材，魏晋以来未之有也！”章太炎也说：“余见并研廖平说经善分别今古文，实惠栋、戴震、凌曙、刘逢禄所不能上”，“廖平之学与余绝相反，然其分别今古确然不易！”俞樾、刘师培、章太炎都是古文学家，学术主张与廖平“绝相反”，可是都一致给予很高的评价，其原因就在于他精熟汉师家法，善分今古之别，度越了前贤伦辈，因而诸贤皆乐于从善服义，翕然称扬他。

自从廖平区分今古学之后，近代经学方免于依违两可的弊病。治今文者依廖平指明的博士师法，逐级以登高；治古文者，也依廖平所指斥的疵瑕完善其学术，巩固其营垒。诸如章太炎、刘师培、皮锡瑞、康有为之伦，无不受惠于他。其中又以皮、刘二人最为明显，蒙文通说：“自廖平之说出，能寻其义以明今文者，唯皮鹿门，能寻其义言古文者，唯刘＊叔。”皮锡瑞，字鹿门，著有《经学历史》、《五经通论》，他严守今文家法，其《五经通论》中，著有《论〈周礼〉为古说，〈戴礼〉有古有今，当分别观之，不可合并为一》、《论郑君和同古今文，于〈周官〉古文〈王制〉今文，力求疏通，有得有失》、《论〈王制〉为今文大宗，即〈春秋〉素王之制》等专论，显系承廖说而阐发之。刘师培，字申叔，家学四世治《左传》，1912年入蜀为国学馆长，“朝夕与廖氏讨教，专心于《白虎通义》、《五经异义》之书”，深究今古文师说，后来著成《周官古注集疏》、《五经旧说考略》，自称“二书之成，古学庶有根抵，不可以动摇也。”而这个使古学成立的根抵之根抵，却是廖平以礼制分辨今古之说。可见廖平开创之功，抛引之力，固不可没。

廖平经学“二变”尊今抑古，具有社会和学术两大效益。从社会效益看，在廖平《辟刘篇》、《知圣篇》影响下，出现了康有为的《新学伪经考》和《孔子改制考》，其疑古精神导致人们对旧教条、旧观念的冲决，其素王改制思想又导致了维新变法运动和思想解放运动的兴起，促进了沉睡的东方巨人从古代中世纪的美梦中惊醒过来，以反思的姿态、自剖的精神，清醒地面向现代世界！如果说康有为的“两考”是近代中国维新变法的号角，那么，廖平“二变”的尊今抑古思想，就是这对号角激昂的进行曲。从学术上看，“二变”的疑古精神又客观上帮助人们从沉闷的古经崇拜、圣人崇拜的风气下解放出来，引导人们进行独立思考，从怀疑古文经，到怀疑其他经典，从怀疑儒家经典，到怀疑史部、子部经籍，举凡从前人们信而不疑，引以为证的一切先秦古书，统统都在被怀疑、被清算之列。从深一层上看，从对文献资料的怀疑，进而对中国的古代文明、古史系统进行重新清理。这就是20世纪二三十年代盛行一时的“古史辩”运动。其间容或有矫枉过正之处，但是，力图使历史研究建立在信史基础上的尝试，却是难能可贵的，它因而成为中国近、当代科学史学的一个组成部分。对这场影响深远的辨伪运动，廖平实开其先河。

廖平学经六变，但变中又有不变者，这就是尊孔尊经。为此，他特著《尊孔篇》，明确宣称：“书著百种，而尊孔宗旨前后如一。”又说：“平毕生学说，专以尊孔经为主。”在各种时髦西方思潮充斥中国大地的本世纪初叶，还以“尊孔尊经”为学术主旨，未免显得落后和迂腐。不过，廖平尊孔，并不是尊崇复古倒退的“孔”，而是托古改制的孔子；廖平所尊的经，并不是“天不变道亦不变”的经，而是为后世制诰、因时制宜、为时损益的经。这比之保守落后的唯经是崇、唯圣是尊的老学究，无疑高出干百倍。他欲从传统文化中，寻找改革的立足点，又是那些声嘶力竭叫嚷在中国全盘西化，甚至引进耶稣天主的崇洋派，无论在学术创见方面，还是在振奋民族自尊心方面，都无可比拟。只是，孔子毕竟是两千五百年前的圣人，他不可能后知百世，预先为20世纪的中国人民制定出济世良方。为了建立一个无所不有的博大的孔经哲学，廖平将旧有一切原本与孔学互不相干的思想资料，以及他所接触的点滴西方词句统统纳入孔学之中，形成所谓小大、天人之学，竭尽穿凿附会之能事！这在方法上是反科学的，在事实上是不可能的。但其用心却是可嘉的。只惜他接受的毕竟是旧式的经学教育，思想深处的孔子伦理已深入骨髓，难以跳出孔学，站在整个中国传统文化大背景下来寻求其与现代社会新的契合点，千溪百壑，都欲纳入孔学，结果除了将孔学弄得面目全非、使自己变成经学怪人而外，既无补于近代社会的改革，也无补于孔学的尊大。同时又由于他受时代和地域的限制，接受西方新学说、新理论十分有限，既不能象现代文化史学者那样，运用西方科学方法来研究传统文化，也不能象现代新儒家那样，利用西方理论来对孔学作新的阐释，因此无论他动机有多好，努力有多勤奋，他不仅未建立起一个无所不包的为人信眼的孔经哲学体系，而连自己也难以自坚其说，一次又一次屡变其说，这一实际，正好说明传统经学在中国已经失去了存在价值。廖平也就成了中国近代社会最后一位经学家而被载入了史册。廖平的遭际也表明，儒学要在现代中国获得新的生命，必须运用科学的方法，吸取人类新的思想资料，结合中国国情，对儒学进行新的阐扬。