顺治十八年（1661）冬，黄宗羲与家人返回故居。

各地的抗清斗争相继宣告失败，清王朝的统治日渐巩固，宗羲冷静地接受了这个现实。“锋镝牢囚取次过，依然不废我弦歌。死犹未肯输心去，贫亦其能奈我何！”（《山居杂咏》之一）即使在戎马舟船或亡命山海的日子里，宗羲也从未停止过力学著述，比如《监国鲁元年大统历》、《授时历故》、《勾股图说》、《测圆要义》、《易学象数论》、《留书》等等，都完成于这一期，其中，顺治八年（1651）秋撰写的《留书》是宗羲阐述自己政治思想的第一部重要论著；如今，刀光剑影、不退宁居的日子似将结束，宗羲便将下半生心血倾注在学术事业上。在此后的30多年中，宗羲致力于讲学和著述，开创了在中国学术史上占有重要地位的清代浙东学派，培养了多方面的人才，写作了大量涉及哲学、史学、文学、艺术、天文、地理、数学等领域的学术专著，对中国的思想和文化作出了巨大的贡献。

大致说来，黄宗羲的讲学活动，主要集中在康熙二年至十八年（1663——1679）。

康熙二年，黄宗羲应友人吕留良之请，渡江北上至语溪（又一名语儿溪，在浙江桐乡县东南一里许），吕氏家中之梅花阁设馆，为吕氏子弟授课，到康熙五年（1666）冬方辞去馆事。这几年中，黄宗羲仆仆往来于崇德、余姚间，讲习余暇，则与吕留良及吴之振、吴自牧叔侄诗文酬唱，还与二吴共同编选《宋诗钞》。康熙三年（1664）四月，宗羲与吕、吴等联袂至常熟访钱谦益，此时钱氏已病危，自知不久于人世，一见宗羲，便以丧事相托，并说：“唯见知吾意。殁后文字，不托他人。”（《思旧录》）——谦益死后，其子孙贻别求龚鼎孳（字孝升，号芝麓，合肥人，与钱谦益、吴伟业齐名，合称“江左三大家”）作墓铭文字，宗羲“得免于是非”（《思旧录》）。

康熙六年（1667）春，黄宗羲重游绍兴，自念台先生刘宗周崇祯中立证人书院、大会讲学，倏忽已历30多年。为了纪念自尽殉国的先师，光大师门学说，宗我与同出念台先生门下的姜希辙（号定庵）、张应鏊（号奠夫）等商议筹画，于九月重开证人书院讲席。这次讲会上，宗羲系统地归纳揭示了宗周学术的四个纲领性命题，发前人所未发，即：“静存之外无动察”，“意为心之所存”，“已发未发，以表里对待言、不以前后际言”，“太极为万物之总名”（详参《子刘子行状》卷下），若干年后宗羲撰《明儒学案》，亦据此为纲宗。

此后数年中，黄宗羲曾多次赴绍兴，与同门会讲于证人书院，并着手整理编写一批阐述发明蕺山学术精华的著作，如《子刘子学言》、《子刘子行状》、《证人会语》、《圣学宗要》、《答董吴仲论学书》等等。宗羲对自己的恩师极为尊重，经常满怀深情地谈起蕺山先生对他的教诲，宗羲学术也是上承王阳明，近宗刘蕺山。但他反对盲从，提倡怀疑、提倡疑中求悟求信，当他的学生董元璘（字吴仲）认为“意为心之所存》这一论断“未为得也”（《年谱》），便写了一篇文章，题为《刘子质疑》，向老师请益。宗羲对学生这种钻研精神大加肯定，说：“昔人云：小疑则小悟，大疑则大悟，不疑则不悟。老兄之疑，团将以求其深信也、彼泛然而轻信之者，非能信也，乃是不能疑也。刀（《答董吾仲论学书》）

康熙七年（1668），黄宗羲到宁波，创办甬上证人书院。宁波在甬江边，所以代称“甬”或“甬上”，宗羲好友万泰的家就在此地。万泰生前对“东渐三黄”的气节学问倾倒备至，曾多次对亲友说：“今日学术文章，当以姚江黄氏为正宗。”（李邺嗣《果堂诗文钞·送季野授经会稽序》）他还经常亲率子弟到黄竹浦盘桓问学。顺治十四年（1657）万泰去世，宗羲便写信与泰长子斯年，要万氏兄弟前来受业，一力承担起为故人教育后代的责任，所以，万氏八兄弟都是黄门高弟，其中，以斯同（字季野）、斯大（字充宗）、斯选（宇公择）及斯年之子万言（字贞一）成就最著。早在康熙四年（1665），万氏兄弟与同为黄家三代世交的董氏兄弟（允囗、允珂、允璘、允玮）及陈赤衷（字夔献）等青年学子组织建立“甫上策论会”，并至余姚向黄宗羲求教。康熙七年春，宗羲在绍兴证人书院讲学之后，又应市上诸门生之请，到宁波主持讲席，建立了雨上证人书院、院址先在广济桥万家，后来迁宁波城西万氏别墅白云庄。

宗羲讲学具有明确的宗旨。他强调明经通史，以求经世致用，认为“学问必以六经为根抵，游腹空谈，终无捞摸”（《年谱》），而“经术所以经世，方不为迂儒之学”（《神通碑》），又说：“学必原本于经术而后不为蹈虚，必证明于史籍而后足以应务”（全祖望《甬上证人书院记》），所以要求“受业者必先穷经”，“兼令读史”（《神道碑》）；在“经世致用”思想的指导下，除了经学史学外，宗羲还讲授天文、地理、数学、历法等自然科学知识。在宗羲的教诲下，甬上弟子都能刻苦钻研“经学、史学以及天文、地理、六书、九章至远西（按指西欧国家）测量推步之学”，而且“皆卓然有以自见”（万经《寒村七十寿序》），其中不少人成为闻名当代的经学家、史学家、文学家。

市上证人书院的讲学活动持续了8年，到康熙十四年（1675）结束，这8年是宗羲讲学最有成就而且影响最大的时期。

康熙十五至十八年（1676—1679），黄宗羲多次到海昌（今浙江海宁）讲学。其间不少地方官吏也经常前来问学，宗羲对他们说：“诸公爱民尽职，即时习之学也。”（《年谱》）讲学虽仍以《四书》《五经》等典籍作教材，但宗羲反对人云亦云的附会，鼓励学子独立思考，他说；”各人自用得着的方是学问；寻行数墨，以附会一先生之言，则圣经贤传皆是糊心之具，朱子所谓‘譬之烛笼，添得一条骨子，则障了一路光明’也。”（《年谱》）海昌高足，有查慎行、陈汗等人。

黄宗羲反对束书空谈，主张“经世”、“应务”的务实学风，在他本人身体力行、言传身教的倡导下，影响了清初浙东一代学子，弟子中人才辈出，浙东学术团之大盛。

康熙十八年之后，宗羲已是年过70的老人了，基本上不再外出讲学，但仍著述不辍，毕力投入名山事业。

黄宗羲不光是博学多才，而且勤奋过人，“年逾80，尚囗囗不休”，真称得上是没身而后已！故一生著述弘富。然而，由于种种原因，在清乾隆年间即已“散亡十九”（全祖望语），即使如此，今天我们所能了解到的仍蔚为大观。据统计，黄宗羲的著作共有112种，1300多卷，字数在2000万以上，这还不包括《明文海》这类编选性的东西（详参吴光《黄宗羹与清代学术》），这里只能择其要者略加介绍。

康熙二年（1663），黄宗羲在10年前所作《留书》的基础上，写成了《明夷待访录》2卷（原名《待访录》），这是宗羲最有代表性的政治思想论著。《待访录》超越了《留书》中“夷夏之辨”的樊篱，探讨政治学说中最具根本性的问题，是一篇批判君主专制制度的战斗檄文，它奠定了黄宗羲作为一个民主启蒙思想家的历史地位。

康熙七年至十四年（1668—1675），黄宗羲编选成《明文案》217卷。这8年间，他四处访求书籍，潜心搜集整理有明近300年中文人著作，夜以继日，勤奋工作，终于编定了这部保存有明一代文章精华、反映其时代精神的文集。书成之日，宗羲曾自豪地说：“有某兹选，彼千家之文集庞然无物，即尽投之水火不为过矣。”但他并未因此而满足，仍然不辞劳苦，以高龄之身继续奔波跋涉，游踪遍及浙江南北，搜罗明人文集，到康熙三十二年（1693），始将《明文案》扩编为《明文海》，计四482卷。84岁的梨洲老人对儿子说，《文苑英华》为百卷，而明代作者数量超过唐代，所以，一非此不足以存一代之书；顾读本不须如许”（《年谱》），于是又从中精选若干篇，编成《明文授》62卷，以供家人诵读。

后人评价此书，说《明文海》“搜罗极富，所阅明人文集几至二千余家”，“可谓一代文章之渊薮。考明人著作者，必当以是编为极备矣”（纪购《四库全书总目提要》）。

此外，宗羲还编有《宋元文案》、《元文钞》等，后来大多亡佚。

康熙十五年（1676）以后，黄宗羲撰成《明儒学案》。这部62卷、近百万字的巨著，是我国历史上第一部断代学术思想史。全书共收学者200余人，上起崇仁（吴与弼，字子溥，号康斋，江西崇仁人，学宗程、朱，倡“静时涵养、动时省察”。1391—1469），下迄蕺山，“言行并载，支派各分”，而以姚江王阳明为一代理学宗师，共立“崇仁”、“白沙”、“姚江”、“泰州”、“东林”、“蕺山”等17学案；每案之前先用一节文字介绍案主学术宗旨，然后是案主传略以述其平生学行，最后则是辑自案主文集、语录的学术资料，择精语详，体例严谨，自成一家。

《明儒学案》一面世，立即为学者推崇备至。当时理学家汤斌（字孔伯，号潜庵，河南睢县人，有《洛学篇》，1627一1687）评价说：“先生著述弘富，一代理学之传，如大禹导山导水，脉络分明，事功文章，经纬灿然，真儒林之巨海、吾党之斗构也。”（《南雷文定》附《交游尺牍》）以黄门私淑自况的全祖望（字绍衣，号谢山，浙江宁波人，1705—1755）也称《明儒学案》为“三百年儒林之薮”（《神道碑》），近代梁启超更誉为“中国之有学术史，自此始也”（《清代学术概论》）。

黄宗羲还着手编撰《宋元学案》，以整理明代之前学术思想发展的历史。遗憾的是，宗羲辞世时仅成17卷，后来，由宗羲子百家（字主一）及全祖望等续成100卷。

除了这些著作以外，宗羲还撰有《弘光实录钞》、《明史案》、《行朝录》、《历代甲子考》、《易学象数论》、《孟子师说》。《太极图讲义》、《授时历法假如》、《西洋历法假如》、《回回历法假如》、《春秋日食历》、《大统历推法》、《测圆要义》、《割圆八线解》、《勾股图说》、《开方命算》、《四明山志》、《匡庐游录》、《今水经》，《律吕新义》，等等，涉及史学、经学、历算、地理、音乐等门类；至于自著诗文集，则有《南雷诗历》、《南雷文案》、《南雷文定》、《南雷杂著》……限于篇幅，不能一一胪列。

这30、多年中，黄宗羲还多次拒绝朝廷的征召，始终保持了遗民的气节。

康熙十七年（1678），清廷议修明史，于是开博学鸿词科以网罗天下名儒。经筵讲官学士叶方蔼（字于吉，江苏昆山人）向玄烨推荐黄宗羲，宗羲门生陈锡根（字分后，当时在京为官）得知后大惊，说：“这只会使老师象叠山那样啊！”（谢仿得号叠山，南宋遗民，义不仕元，为官府逼迫北上，至京绝食而死。）便极力向叶剖陈利害，此事才算了结。当时被各地推荐的，还有顾炎武、吕田良等，顾、吕也都拒不应召。

第二年开设史局修《明史》，修史总裁徐元文（字公肃，号玄斋，江苏昆山人，1634—1691）又欲聘请黄宗羲出山，宗羲仍然拒绝。当万斯同应聘入京时，宗羲送行之诗说：“不放河汾声价倒，太平有策莫轻题”，明白地表示了自己不与朝廷合作的态度。季野入京后，也执意“以布衣参史局，不署衔、不受俸”。

康熙十八年（1680），徐元文再次向皇帝建议聘宗羲修史，于是，旨下浙江督抚“以礼敦请”，宗羲以“老病”为由，坚执不就；皇帝又下特旨，令地方官把黄宗羲关于明史的所有论著“抄录来京，宣付史馆”（《年谱》）。徐又一力延请黄百家，宗羲不得已而同意——也许，还因为宗羲认为“国可亡，史不可亡”（《南雷文定·次公董公墓志铭》），并给徐元文写信说：“现在我把儿子交给你，总可以因此放过我了吧！”……

不过，由于黄宗羲不反对自己的门生和儿子参与史局，同时，他本人的文章中也有一些赞扬康熙皇帝及当时大臣如叶方蔼和徐氏兄弟等人的文字，所以也有一些人认为黄宗羲“大节不亏，小节可议”，甚至认为“失节”。这种看法，恐怕也未必全面、允当。

清康熙三十四年七月初三，即1695年8月12日，一代哲人黄宗羲停止了呼吸，享年86岁。遵照宗羲“不用棺椁，不作佛事”（《年谱》，参见《南雷文定·梨洲末命》及《丧制或问》）的遗命，七月初四，黄百家率家人以极其简朴的礼仪，将梨洲老人安葬在化安山黄尊素墓北侧。