京师失陷的消息传来，黄宗羲立即随刘宗周赴杭州，在海会寺与章正宸（字羽侯）、朱大典（字未孩）、熊汝霖（字雨殷）等日夜筹画“召募义旅”。五月初四，南京兵部尚书史可法（字完之，号道邻，河南祥符人，1601—1645）与凤阳总督马士英（字瑶草，贵州贵阳人，阮大铖死党，约1591—1646）领衔，拥立逃难至南京的福王朱由崧（崇祯从兄，1607—1646，史称弘光帝）为监国；五月十五，由崧即帝位，召刘宗周为左都御史，章正宸等亦恢复原官，宗羲便随老师来到南京。

这时，阮大铖已复起，为兵部右侍郎。当初阮避居南京，即与削职流寓金陵的马士英沆瀣一气，狼狈为奸；崇祯十四年（1641）周延儒内召将入阁，途经扬州，阮大铖以重金行贿，求周帮忙，周延儒说：“吾此行谬为东林所推，子名在逆案，可乎？”阮沉吟良久，说：“瑶草何如？”马士英乃得为凤阳总督、不久又升兵部左侍郎。所以，马士英一朝掌权，便拉阮大铖上台；而阮大铖一上台，便对复社人士进行报复。他故技重施，将列名于《目都防乱公揭》之140位复社成员的姓名编成“蝗蝻录”，诬蔑东林、复社人士为蝗虫，意欲一网打尽。结果陈贞慧被捕、周镳入狱后被害死，署名揭首的顾果和黄宗羲则因掌管刑部的邹虎臣与顾家有姻亲关系而侥幸逃脱。刘宗周因为是宗羲的老师，也被阉党纠弹；此前宗周曾几次谏劝弘光帝，说“不去阮大铖，江左不得安宁”，但弘光帝置若罔闻。于是，刘宗周亦辞官归里。

清顺治二年（1645），史可法在扬州殉国，清兵渡江，相继攻下南京、苏州及杭州；马士英、阮大铖临阵脱逃，钱谦益投降，弘光帝则做了俘虏。刘宗周在绍兴听到这些不幸的消息，决意自尽明志。黄宗羲得知宗周绝食，立即徒步200余里，赶去见老师最后一面。当时宗周水米不进已有20来天，看到宗羲时已经说不出话了，只能微微点头；宗羲强忍眼泪，与老师诀别。

这一时期，江南烽烟遍地，各处士民纷纷揭竿而起，组成抗清义军。闰六月，举人张煌言（字玄箸，号苍水，浙江鄞县人，1620一1664）在台州（今浙江临海）拥立鲁王朱以海（朱元璋第十子朱檀之后，1609—1662）为监国，前支科给事中熊汝霖和前九江道企事孙嘉绩（字硕肤）也在余姚举起义旗；宗羲马上积极响应，与宗炎、宗会“纠合黄竹浦子弟数百人”驻军江上，被人们称为“世忠营”……在这几支势力的拥戴下，监国移驻绍兴。不久，马士英、阮大铖等率其残部，也来依附监国。

第二年二月，监国授予黄宗羲兵部职方司主事之职，宗羲推辞再三，请求仿照“李泌客从”的前例，以平民身分为国家效力；然而监国不同意，还给宗羲加上一个监察御史的职衔。面对采取包围战略的清军，宗羲曾多次建议应主动出击，他写信给将领王之仁，希望之仁“沉舟决战，由赭山（在浙江萧山县，为江海门户）直趋浙西”，才有可能取得战场上的主动权；或者以小股兵力进逼崇明县（今属上海市），亦足以打乱敌人部署，减轻绍兴一线所承受的压力。王之仁深以为然，于是上流鲁王说：“……臣为今日计，惟有前死一尺，愿以所隶沉船一战”（《明季南略·王之仁请战》），可惜鲁王拒而不纳。

前景是极为黯淡的——稍早于鲁王以海监国绍兴，皇室的另一成员唐王聿键（朱元璋第二十三子朱松之后，是以海的叔辈，1602—1646）在福州被总兵郑芝龙（字飞皇，福建南安人，郑成功之父，1604—1661）等人拥立为帝，年号隆武。大敌当前，危若累卵，即使齐心协力，至多也不过苟延残喘于一时，而朱家这些不肖子孙竟囗囗于争“正统”，加之马阮等小人挑拨其间，以至闽浙叔侄之间势同水火，甚至不惜同室操戈、兵戎相见；文武臣属之中，虽不乏宗羲、之仁等忠勇之士，更多的人却贪生怕死、心存观望，尤其是手握重兵的武将如方国安辈，他们“未建寸功辄封侯伯……平日骄横，卑视朝廷，一闻敌至，莫不逃降”（同上），在这种局面之下，无论宗羲等一班孽子孤臣如何呕心沥血惨淡经营，其必然的结果都将注定是枉费心力。应当说，宗羲对这一点早就看得相当清楚，40年后，他在为孙嘉绩撰写的墓志铭中写道：“血路心城，岂论修短？……从未亡社，虽加一日，亦关国脉”，就算国脉只能延长一天，他也认为自己的心血没有白费！宗羲和他的同志们不愧是令人肃然起敬的殉道者，对他们所作的一切，如果用“成败利钝”之类的字眼加以简单评估，则未免过于冷漠。

在宗羲极力鼓动下，熊汝霖率所部渡江，攻占海盐，终因军力单弱，不得不仍撤回余姚。到得五月，孙嘉绩将其麾下的火攻营拨交宗羲指挥，宗羲又与兵部主事兼余姚令王正中（王之仁之侄，字仲伪，宗羲友人）合军，共3000人，渡过杭州湾，在坛头山会同浙西各军，准备由海宁再攻海盐，而此时清军统帅博洛已开始动作。二十五日，清军分水陆两路进兵；二十七日，拥兵20余万的浙江总兵方国安挟持鲁王南逃，除王之仁所部外，其余各军皆不战而溃。六月初一，博洛渡过钱塘江，王之仁退兵漂泊海上，浙东全线瓦解。宗羲收拾残部，率500余人遁入四明山结寨自守，然后独自下山探寻鲁王行踪，临行，宗羲告诫部将“联络山民”，与附近群众搞好关系。不料下属违背节制，就近取粮，激怒百姓，当宗羲回山时，寨子已被山民焚毁，部众也或死或散，而清军又正在到处搜捕他，于是宗羲只得奉母逃难，避居位于四明山北麓的化安山雨舍（黄尊素墓园所在），第二年才返回故居。

顺治六年（1649），鲁王由闽返浙，驻跸健跳所（今浙江三门以东），宗羲得知这一消息，又渡海追随，升为左金都御史，不久又晋左副都御史。其时，大权尽归定西侯张名振（宇候服，南京人，1601—1656），而名振自恃功高，开始变得专横跋扈起来，其余诸将也骄蛮无比，“文臣稍异同其间，立致祸”（《年谱》）；宗羲手中无兵，难以有所作为，只好每日与鲁王的礼部尚书吴钟峦（字峦囗，号囗舟）谈论学问，再有闲暇，便注释《授时》、《泰西》、《回回》三历。不久，由于清廷伤令各地将前明遗臣中不降顺者的家属登录上报，宗羲担心累及老母，忧心如焚地叹道：“主上以忠臣之后信我，我所以栖栖不忍去也。今方寸乱矣！不能为姜伯约（按即姜维，三国时蜀将）矣！”（《神道碑》）于是陈情监国，请求归家，获得准许。吴钟峦亲驾三板船送出20里，波涛声中，两人呜咽而别。宗羲改名易姓，从小路潜回故居，时为本年八月。

九月末，张名振火并听从隆武帝号令的将领黄斌卿（字明辅，福建甫田人，隆武政权封其为成虏侯），攻占沿海最大岛屿舟山；十月，监国移驾舟山，再召黄宗羲还朝，并派他和兵部左侍郎冯京第（字跻仲，号簟溪，浙江慈溪人）为澄波将军阮美的副手，以万历年间李太后颁赐给普陀山的藏经为礼品，出使日本求援。抵达长崎后，知道日本不肯出兵，宗羲等人失望而归。大约自此以后，宗羲就不再在鲁王政权中任职了。

当时，清廷在浙江的地方长吏严厉镇压与鲁王集团有联系的人，黄宗羲、冯京第等的姓名被公布于通衢，他们都在缉拿之列。但宗羲并未因此而脱离抗清复明事业，他与抗清义士的联系仍十分密切，“江湖侠客，多来投止”，与在四明山中坚持抗清的冯京第、王诩之间也常有信使往来。顺治七年（1650）三月，宗羲至常熟拜访故人钱谦益，以在钱氏绛云楼读书为掩护，与谦益密谋策动清“婺中镇将”马进宝起义，以为鲁王声援。九月，清军大举围剿四明山各寨，冯京第兵败遇害，宗羲弟宗炎也被逮捕，关在死牢中，于是宗羲冒险潜入宁波，与好友万泰等人计议，利用种种关系，在处决前夕才将宗炎救出。顺治八年（1651）夏秋之交，清闽浙总督陈锦计划分三路进攻舟山，宗羲侦知这一消息，立即派人入海告警。顺治十一年（1654），张名振造使与宗羲联系，来人在天台（今浙江天台县）被逮，宗羲又遭指名拘捕。顺治十三年（1656），慈湖（在浙江慈溪县东）义军首领沈尔绪被人出卖，牵连到黄氏兄弟，官府认定宗羲为首谋，被指名严拿，这次宗羲的处境十分危险，好不容易才“脱死毫厘间”；宗炎则又被捕，宗羲顿足长叹，说：“这回大概死定了！”幸赖亲友尽力营救，宗炎始得出狱……这以后，宗羲处于官府严密监视之下，轻易不敢有所活动。

前明各股抗清势力的复明斗争也时起时伏：顺治八年（1651）九月，清兵攻陷舟山，张名振护监国由海道往依郑成功（本名森，字大木，福建南安人，1624—1662。1645年，隆武帝赐姓朱，并为改名；1658年被桂兰朱由榔封为延平郡王；1661年收复台湾），于第二年正月抵厦门。然而郑成功以永历帝（朱由榔，神宗孙，思宋堂弟1623—1662。1646年，广西巡抚瞿式耜等人在广东肇庆拥由榔监国，不久由榔即称帝）为正统，故鲁王处于寄人篱下的境地；顺治十年（1653）三月，鲁王以海自行取消监国称号，不过张名振、张煌言仍听命于他。顺治十三年（1656）年底，张名振在舟山去世（据说为郑成功手下投毒致死），遗言以所部归张煌言节制。顺治十六年（1659）五月，张煌言、郑成功大举入长江，七月底煌言兵临南京观音门外江上，待郑成功赶到，煌言又由芜湖取池州（今安徽贵池）、徽州（治安徽歙县）、宁国等地，一时江淮震动。可惜顿兵坚城之下而又懈怠轻敌的郑成功却被清军击溃，南明此次行动仍以失败告终；郑撤回厦门，煌言孤立无援，几至全军覆没，他本人迂回潜行2000余里，方抵浙东沿海。局处西南一隅的永历帝也无法立住足，于同年亡命缅甸。康熙元年（1662），永历帝在昆明被吴三桂杀死，郑成功、鲁王以海亦在台湾先后去世，以恢复明室为目的的大规模武装斗争自此之后基本止息。

这几年中，黄宗羲及家人或伏处海隅，或避居山野，可以说“无年不避，避不一地”（《南雷文定·避地赋》），四处颠沛流离，过着极为艰难困苦的生活。宗羲本人“自北兵南下，悬书购余者二，名捕者一，守围城者一，以谋反告评者二三，绝气沙囗者一昼夜；其他连染逻哨之所及，无岁无之，可谓濒于十死者矣！”（《怪说》）他的亲人在东徙西迁、动荡不宁的亡命生涯中也连遭不幸。顺治十二年（1655）除夕，最钟爱的幼子阿寿夭折，数月过后，二儿媳孙氏和小孙子阿运也相继病死，宗羲万分悲痛，长歌当哭，他写道：“(去曷)来四月选三丧，咄咄书空怪欲狂。八口旅人将去半，十年乱世尚无央！”（《南雷诗历·子妇客死一孙又以疾殇》）《南雷诗历》中以“哭寿儿”、“梦寿儿”为题的诗也有八首之多；顺治十六年（1659）避居化安山时的《山居杂咏》，读来更是“横身苦楚、淋漓满纸”

尽管“濒于十死”，尽管“其得不死者，皆有天幸”，然而宗羲并“不为之慑”（《神道碑》）。人生历程中的这许多磨难和打击并没有使宗羲屈服，更不能把他压倒！即使在逃亡之中，他也能处之泰然，过着“数间茅屋尽从容，一半书斋一半农”（《山居杂咏》之六）的生活；而且，这些挫折和危难还淬砺了宗羲的意志，丰富了他的阅历，并促使他对政治、社会、历史、人生进行理性反省和理论探讨，终于为我们铸成一位继往开来的思想巨人。