朱元璋虽没读过什么书,但他知道要使国家长治久安离不开孔孟之道,这是汉以后明以前屡试不爽的历史经验。在刚登上帝位时,他对孔子还非常尊敬。洪武元年（公元1368年）二月丁未,朱元璋下诏“以太牢祀先圣孔子于国学”,并派使者到曲阜致祭,使者临行前,朱元璋告诫说: “仲尼之道,广大悠久,与天地并。有天下者莫不虔修祀事。朕为天下主,期大明教化,以行先圣之道。今既释奠成均,仍遣尔修祀事于阙里,尔其敬之。”但随后发生的一件事,使他对孔子及其后人的看法有所改变。

洪武元年三月,大将军徐达攻克山东济宁,当时曲阜属济宁路,朱元璋便令徐达送孔子第五十五代孙孔克坚到南京见自己。孔克坚称病不赴,只派他的儿子孔希学来见徐达,徐达把孔希学送往京师。朱元璋见孔克坚没有亲自前来,非常恼火,马上又下敕书给孔克坚,里面说: “尔言有疾,未知实否。若称疾以慢吾,不可也。”对孔克坚是否真的有病表示怀疑。当时孔克坚担心朱元璋不高兴,在儿子赴南京后自己也动身起程,在路上遇见使者,见到敕书后十分惶恐,日夜兼程赶到南京,朱元璋在谨身殿接见了孔克坚。朱元璋问他多大年龄,孔克坚说已五十三岁。朱元璋说: “卿年未迈而疾婴之,今不烦尔以官,惟先圣子孙不可不学。尔子温厚,宜俾之进德修业,以副朕怀。”即日赐给孔克坚宅一区、马一匹、米二十石。第二天,朱元璋对侍臣说: “先圣后裔,宜优礼之,养以禄而不任以事也。”

孔克坚在元朝任国子监祭酒,也是个不小的官,在明朝却无官无职,可见朱元璋对孔子后人有提防之心。他对孔子的后人如此,对孔子自然也不会好到哪里去。洪武二年（公元1369年）,朱元璋突然下了一道令天下震惊的诏书,诏书说: “孔庙春秋释奠,止行于曲阜,天下不必通祀。”竟然叫停天下人祭祀孔子,这在当时令所有的读书人感到有如晴天霹雳。虽然这是皇帝的圣旨,但不少大臣表示不敢苟同。刑部尚书钱唐“伏阙上疏”言: “孔子垂教万世,天下共尊其教,故天下得通祀孔子,报本之礼不可废。”侍郎徐程也上疏称: “古今祀典,独社稷、三皇与孔子通祀。天下民非社稷、三皇则无以生,非孔子之道则无以立。尧、舜、禹、汤、文、武、周公,皆圣人也,然发挥三纲五常之道,载之于经,仪范百王,师表万世,使世愈降而人极不坠者,孔子力也。孔子以道设教,天下祀之,非祀其人,祀其教也,祀其道也。今使天下之人读其书,由其教,行其道,而不得举其祀,非所以维人心、扶世教也。”钱唐、徐程都说得在情在理,但朱元璋均不接纳,仍一意孤行。后来,他觉得这一做法与自己常说的“治天下以仁义为本”自相矛盾,只好收回了成命。