由于克隆病病因不明，目前尚无特殊疗法。一般采用支持疗法和对症治疗。

有活动性病变者，应卧床休息，给予合理的生活指导和精神鼓励，避免患者精神紧张、烦恼等不利因素，并注意加强营养、纠正代谢紊乱、改善贫血和低白蛋白血症。以前强调低脂肪、少渣饮食，但这种饮食反而影响久经折磨者的食欲；而可口美味的食品使体重不再下降，实际上更有益于身心健康，这与高营养、高维生素和易消化的原则并不矛盾。宜补充多种维生素、叶酸以及铁、钙等矿物质，有时还应补充锌、铜和硒等元素，这些物质是体内酶类和蛋白质的组成成分，具有保护细胞膜的御毒作用。

对严重克隆病例，必要时可输血、血浆、白蛋白及复方氨基酸，甚至给予要素饮食或静脉内全营养。

解痉、止痛、止泻和控制继发感染等也有助于症状缓解。可应用阿托品等抗胆碱能药物，但应警惕诱发肠梗阻的可能。复方苯乙哌啶、洛哌丁胺(易蒙停)有时亦可减轻腹泻。

近年来，常用以下方法治疗克隆病：

首先，在活动期口服水杨酸偶氮磺胺吡啶 (SASP)2～6g/d，分4次服用，一般3～4周见效；维持量1～2g/d，一般口服1～2年。或口服5-氨基水杨酸(5-ASA)微颗粒，每次0.5g，每日3次，对结肠病变疗效尤佳。

另外，每天口服强的松30～60mg，10～14天以后渐减量，直至每日5mg维持。如用6-甲基强的松龙，开始每天给48mg，逐渐减至每日12mg，维持2年。不能耐受口服者，急性期可用氢化可的松200～400mg或ACTH120单位静滴，14日后改口服强的松维持。对直肠病变可用倍他米松5mg 或氢化可的松琥珀酸盐20～100mg保留灌肠，还可与SASP、锡类散等药物一起合并灌肠。

其他药物如：硫唑嘌呤每日1.5mg/kg体重，分次口服；也可口服6-巯基嘌呤，对慢性复发病人，疗程约1年；尚可使用环胞菌素A及免疫增强剂如左旋咪唑、干扰素、转移因子、卡介苗及免疫球蛋白制剂。采用灭滴灵、广谱抗生素及抗结核治疗者也有报道，但疗效评价不一。

克隆病半数病例最终需作外科手术切除病变肠段，5～10年内有部分病例可能仍需再次手术。