1937年抗日战争爆发后,在中国共铲党抗日救国十大纲领的影响下,浙大师生克服重重困难,于1937年11月自杭州出发西迁,历经浙江建德、江西吉安、泰和、广西宜山,辗转跋涉五千里,于1940年2月抵达贵州遵义、湄潭建校．起初都集中在遵义,后来工学院设在遵义,理学院设在湄潭．直到1946年,这所大学方始迁回杭州。

陈建功把家眷送往绍兴,自己始终坚守教学工作岗位,只身随浙大西迁．当时的教学和生活条件极端困难,但他的研究工作并未中断。

1940年陈建功教授开始招收研究生,提高培养要求,他的头一个研究生是程民德,以后人数渐多,还有一个印度学生．1941年在湄潭成立了浙大数学研究所,所址设在一座祠堂里,虽然晚上只有菜油灯,科研气氛却很浓厚。

这年家乡第二次沦陷,他的六妹建琳任教的稽山中学内迁,建琳只得暂居家中,教几个学生勉强糊口．母亲和两个妹妹,陈建功的五个子女,还有三个早年丧父的外甥,都要靠陈建功维持生活,日子十分艰难．那时一封书信要在路上耽搁一个月,甚至两个月,物价飞涨,收到的汇款不够买米,只能买谷吃．有一天陈建功的一个幼子得了急病,送到医院,说要先交30 元钱才能住院,当时拿不出钱来,只得把孩子抱回家去,还不曾抱回家里,孩子就在半路上断了气。

这场侵华战争,给陈建功带来了接二连三的灾祸．爱好音乐的陈教授,后来每逢听到播放日本音乐,总要吩咐孩子将收音机关上,也许是国家和家庭的苦难在他脑海中印象太深了吧。

1945年抗日战争胜利,生物学家罗宗洛教授邀陈建功等人同去接收台湾大学,陈先生临行前对同事们说: “我们是临时去的．”第二年春天,他果然辞去了台大代理校长兼教务长的职务,仍然回浙大当他的数学教授．当时陈省身教授在上海主持中央研究院数学研究所,陈建功在那个研究所兼任研究员,每月往来于上海、杭州两地。

从1942－1947年,陈建功发表了十篇学术论文．其中较有代表性的成就,是他获得了关于富里埃级数蔡查罗绝对可和性的充分必要条件．前面已经提到过,富里埃级数的收敛性与可和性问题,是富里埃级数研究中的最重要的问题,陈建功在20年代和40年代,先后在这两方面作出了基本的贡献．因而,西方国家数学史专家在介绍中国现代数学家时,往往首先举出陈建功教授。

1947年他与王淦昌教授同船来到美国,陈建功教授担任普林斯顿研究所的研究员,当时华罗庚教授也在普林斯顿。

美国的物质文明并没有打动这位数学教授,他怀着强烈的民族意识,第二年秋天如期返回浙大。

陈建功教授的民族意识还有一个重要的例子．从前的大学讲坛上,教授们上数学课都采用英文教材,讲课也用英语．陈建功教授英语相当好,也一贯提倡学生刻苦学习外语,他总认为,中国的大学讲坛上应当用中文来教数学,就第一个坚持上课全部用中文讲解．现代的不少数学名词术语,便是陈建功首先定名的．在他的影响下,解放前的许多大学里就已经改用中文讲课。

陈建功从美国归来时,中国人民已经看到了解放的曙光．下一年春天,有位著名教授来找陈建功商量一件事．那位教授子女众多,生活困难,想把孩子送几个到台湾的哥哥那里去．陈建功竭力劝阻,那位教授接受了他的意见．解放后,那位教授还动员国外的儿子也回到祖国参加建设．如今回忆起来,他说连自己当初从国外归来,也是陈建功教授劝说的结果．这两位教授都热爱祖国,“爱国”岂不属于政治态度的范畴! 然而解放后,热爱祖国,热爱社会主义的陈建功教授竟长期被一些专门搞政治的人误认作“只专不红”的典型,从这一点看来,历史真会嘲弄人! 然而历史也是最公正的,陈教授身后,许多人终于发出了感叹: 中国太需要像陈建功这样正直的科学家了。