蜥蜴和蛇类是数量最多和最多样化的现代爬行类．可能有3800 种蜥蜴和3000 种蛇,而喙头类仅有一个现生种,现代的鳄约有25 种,龟鳖类有400余种．有鳞目在爬行类中的这种巨大的优势很可能从恐龙时代结束以来一直保持着。

有鳄目的起始可以追溯到三叠纪,即南非早三叠纪的原蜥蜴及其亲属,不列颠三叠纪晚期的孔耐蜥和北美三叠纪的依卡洛蜥．根据原蜥蜴的解剖特征,可将其归属在始鳄类中(因其方骨上端不是可动的与鳄骨的关节),同时,它也发展了似蜥蜴的各种特征．因此,原蜥蜴是占据在祖先的始鳄类与其后裔的有鳞目之间的位置上．特别有意义的是原蜥蜴的侧颞孔之下有一个完全的方轭骨弓．孔耐蜥和依卡洛蜥则都进化到方骨与鳞骨可动的关节着的阶段,因此属于蜥蜴类。

蜥蜴类的眶后鳞骨弓之上有一个上颞孔,弓下颊部是开放的,无其他的爬行类那种在轭骨与方骨之间的方轭骨弓．因此,蜥蜴类有些像改变了的双弓类,实际上是下双弓；方骨的下端是游离的,使头骨和下颌间的关节具有更大的活动性．头骨的另外一些骨头在蜥蜴类中消失了,特别是泪骨、后顶骨,可能还有板骨．蜥蜴类还常保留有松果孔,这是四足类中的一种原始构造．蜥蜴类的牙齿不生在齿槽内,而是愈合在颌骨的边缘或内侧。

蜥蜴类是四足式的爬行类,通常其后足的第四趾加长．这些爬行类在快跑时,常显示出用其长脚的外侧面向外用劲,这是推动身体前进的主要动力．这一些蜥蜴类,如北美洲西部的领蜥蜴,快跑时能用后脚站立,因此它们在运动方式上和许多已绝灭的两足初龙类的运动方式是相似的。

有鳞目在地质记录中首次出现的两个属,孔耐蜥属和依卡洛蜥属的头骨仍然保留着一些原始的特征,例如,仍然还有泪骨,腭骨上还有许多牙齿(后期的蜥蜴类,腭骨上没有牙齿)．但是它们有一些方面高度特化,胸廓部分的肋骨极度地引长了．对于这种明显的特征唯一合理的解释是,可能在动物生活时这些肋骨支撑着皮膜,使它能够在树间滑翔．现代东洋区的飞龙与之有相同的适应性．这一点说明有鳞目在进化的初期阶段表现出非常特殊和出人意料之外的适应性．这类适应性,可以说明它们标志着脊椎动物对空中运动(滑翔)的初步尝试。

蜥蜴类在侏罗纪沿着多种多样的辐射适应路线发展,并且在中生代中期和晚期直到新生代的历史中仍然保持着这一特色．现代的蜥蜴类及其亲属——蛇类,都是现代最成功的爬行动物,它们广泛的适应性,多种多样的种属和地理分布以及庞大的个体数量都可说明这一点．蜥蜴类在古生物学上最有意义的是在白垩纪时某些巨蜥类适应于在海中生活,并且发展了巨大的体形,体长可以达到10 米以上,这就是我们在前面介绍中生代海洋爬行类的时已简略地叙述过的沧龙类。

蛇类是所有爬行类中最后进化形成的,实际上是一种高度特化了的蜥蜴类．蛇类已经失去了四肢,行动要依靠身体的各种方式的运动来行使,例如左右方向的弯曲运动,用肌肉作有节奏的波动向前曳行运动,螺旋式回旋的运动,以及美洲西部的响尾蛇的所谓侧旋运动．身体和尾部由于脊椎和肋骨数目的增加变得很长,内部器官的排列方面也引起了许多适应．和体形上适应同样引人注意的是头骨的变化,这一部分成了一种高度活动的构造,具有长的可以活动的方骨,与下颌骨背面有两个关节．前颌骨并不愈合,而是松动地用韧带相连接,因此口能张得很大．当蛇类咬住一个动物后,先把它整个吞入口内,再把颌部张开,因此蛇类常能吞咽比其本身直径大得多的动物。