对朱学信仰的动摇，使王守仁心志消沉，甚而怀疑学做圣贤与自己没有缘分，于是便出入于佛老，“偶闻道士谈养生，遂有遗世入山之意”。但王守仁并没有去做和尚。道士，因为他还肩负着王家光宗耀祖的使命，他毕竟还留恋于科举，不得不学习一些时文定式和熟读四书五经。

弘治十二年（1499），王守仁已28岁，他第三次参加会试，踢进士出身，观政工部。从此，他步入仕途，跻身士大夫行列。当时京师文人荟萃，如太原乔宇、广信汪俊、河南李梦阳、何景明、姑苏顾麟、徐桢卿、山东边贡等人，均为文坛名士。他以文会友，与诸士相交，过从甚得。不久，“时有星变，朝廷下诏求言”，又传来鞑靼小王子入居河套，攻扰延绥的消息，王守仁立即奏上《陈言边事疏》，因论朝政之失，“谨栋便宜八事以备采择：一曰蓄材以备急，二曰舍短以用长，三曰简师以省费，四曰屯田以足食，五日行法以振威，六曰敷恩以激怒，七曰捐小以全大，八曰严守以乘弊”，极力主张改革政治，整顿边务，以“易辕改辙”，“痛革弊源”。第二年，守仁被朝廷授官为刑部云南清吏司主事。

弘治十四年（1501），王守仁奉命审录江北国狱，对于冤假错案，多所平反。事后游道教圣地九华山，挥笔写下了《游九华山赋》，赋中有云：“逝予将遗世而独立，采石芝于尘霄；虽长处穷僻，乃永高乎囗嚣……长邀游于碧落，共太虚而逍遥。”这明白地表露了他企望超脱凡尘，羽化登仙的幻想。游山期间，曾夜宿无相，化城等僧寺，又寻访道士蔡蓬头和地藏洞异人。当时，蔡渭守仁“终不忘官相”，异人与守仁“因论最上乘”，盛称“周濂溪、程明道是儒家两个好秀才”，由此启发他从佛、道两家的角度考察儒家，更多地看到了儒、佛、道三家相通的地方，这对阳明心学的形成颇有影响。

王守仁完成了录囚任务，回到京师，白天忙于办理案犊公事，夜晚又燃灯静坐，研读五经以及先秦两汉儒家著作，努力提高文字功夫，以适应当时文学复古运动的需要。父亲王华担心他劳累成疾，便严令禁止家人夜间在守仁的书房放置灯烛。守仁为了避开父亲的监视，每晚专等父亲安寝后又燃灯读书，常常熬到夜半三更。久而久之，他由于劳思过渡，竟得了吐血疾（肺痨），便于弘治十五年（1502）八月告病归越。

回到故乡余姚后，王守仁乃筑室会稽山阳明洞中，终日习炼道家导引之术，搞得自身精疲力竭，却丝毫无补于事。他翻然悔悟，不禁感叹道：“此簸弄精神，非道也。”在阳明洞隐居既久，往日的事功之心销磨殆尽，守仁唯思离世远遁，摆脱尘世烦恼，求得六根清静。然而，他终究不能舍弃养育自己的祖母和父亲，经过内心激烈痛苦的矛盾斗争，忽又醒悟过来，仰天长叹道：“此念生于孩提，此念可去，是断灭种性矣！”从那以后，王守仁逐渐认清佛、道两家之非，笃信儒学才是穷“天理”、通“至道”的理想途径。随即，他毅然离开了阳明洞，移居西湖疗养。在此地宁静恬适的生活中，守仁注意调理身心，奋心自拔，再次振起儒家积极入世的精神，以实现其立志做圣贤的夙愿。

弘治十七年（1504）秋，王守仁奉命主考山东乡试，不久改授兵部武选清吏司主事。次年，他鉴于学者溺于词章记诵，不复知有身心之学，因而首倡先立必为圣人之志。闻者响应风从，有人愿执贽上门拜师，守仁于是开始授徒讲学。由于师友之道废弛已久，满朝士大夫几乎都认为他是立异好名，不足以引为同道。唯有翰林庶吉士湛若水与王守仁一见定交，共以倡明圣学为事。自此，王守仁结束了泛滥词章、究心朱学、出入佛老的求索历程，渐渐步入“心学”的大门。