吕祖谦虽然是一个理学家，但在他的著作中并不只是空谈道德性命。他的学说一方面是“以性命之学起”，并且“要以三德三行立其根本”（三德：“至德以为道本”；“敏德以为行本”；“孝德以知道恶”。三行：“孝行以亲父母”；“友行以尊贤良”；“顺行以事师长”）的学规，但在另一方面又提倡治经史以致用。他要求“学者当为有用之学”（《左氏东莱博议》卷5）。他的思想有同陈亮事功之学合拍之处。他晚年与陈亮结为挚友，“相互讲论切磋”，颇有共同语言。陈亮说：“亮平生不曾与人讲论，独伯恭于空闲时，喜相往复，亮亦感其相知，不知其言语之尽。伯恭既死，此事尽废。”（《陈亮集·丙午复朱元晦秘书书》）又说：“伯恭晚岁于亮尤好，盖亦无所不尽，箴切诲戒，书尺俱存。”（同上《又甲申秋书》）甚至还说：“四海相知，惟伯恭一人”（同上）。说明二人交情之深，思想交流甚密，这对吕祖谦的思想无疑会产生深刻影响。全祖望说：“乾、淳之际，婺学最盛。东莱兄弟以性命之学起，同甫（陈亮）以事功之学起，而说斋（唐仲友）则为经制之学。考当时之为经制者，无若永嘉诸子，其于东莱、同市，皆互相讨论，嗅味契合，东莱尤能并包一切。”（《宋元学案》卷60）吕祖谦的经世致用之学，不仅广泛吸收了浙东事功学派的思想，同时还包容了唐仲友的“学务经世”思想。这说明，吕祖谦不仅强调“要以三德三行立其根本”，同时还强调“学以致用”。他说：

前教以三德三行以立其根本，……然又须教以政，使之通达政体。……故国政之有中者，则教之以为法；不幸而国政之或失，则教之以为戒，又教之以如何振救、如何措画，使之洞晓国家之本末原委，然后用之，他日皆良公卿也。后世自科举之说兴，学者视国家之事如越人视秦人之肥瘠，漠然不知，至有不识前辈姓名者。异时一旦立朝廷之上，委之以天下事，使都是杜撰，岂知古人所以教国子之意。然又须知上之教子弟，虽将以为他日之用，而子弟之学，则非以希用也。盖生天地间，岂

可不知天地间事。”（《遗集·杂说》）在这里，吕祖谦说明了自己的教育思想，说明了对学生的培养目标，指出了科举制度的弊病，提出了教育之目的在于为国家培养能解决实际问题的有用人才。

为了说明学以致用的道理，吕祖谦以百工治器为喻，他说：“百工治器，必贵于用，而不可用，工弗为也。学而无所用，学将何为也。”（同上）因此，他对当时士人只重虚文不察实际的不良风气进行了严厉的批评：

今人读书，全不着有用看。且如二三十年读圣人书，及一旦遇事，便与闾巷无异。或有一听老成人之语，便能终身服行，岂老成人之言过于六经哉（同上）！

这就一针见血地指出了那些只读圣贤之书，不闻实事之人并无真才实学。因此，吕祖谦不仅强调学以致用，还提出了如何培养有用之才的途径。他说：“为学须日用间实下功夫，乃得力。”（《遗集·与学者及诸弟》）他要求学者“以务实躬行为本”（同上《与内兄曾提刑（致虚）》）。他这些思想，在《太学策问》中明确归纳为“讲实理，育实才而求实用”十个字，鲜明地体现出他的经世致用主张。

在吕祖谦自己的治学方法上，就尽力实践了上述思想。在认识方法上，主张研究问题“不可有成心”，强调“参合审订”、“再三商榷”，并且十分重视民众实际生活的经验，认为“闻街谈巷语；句句皆有可听；见舆台皂隶，人人皆有可取”（《文集·杂说》）。不仅提出了治经史以致用，同时还用大部分时间对历代的经济、政治、军事和文化教育进行了广泛的考察，著有《历代制度详考》一书，企图经过研究与考察，从中得到经验与教训，寻求解决当前国计民生问题的办法。例如，他在《历代制度详说》中，就提出了针对当时赋役、兵制、田制等问题的解决办法，他在考查历代赋役制度的利弊后，便提出了“寓兵于农，赋税方始定”的意见。在田制方面，提出了“均田”的主张，在兵制方面，他指出了当时兵多为患，主张精兵，他说：“敌之畏，畏其精也，非畏其多也。”（同上卷11）

注重实际，提倡经世致用之学的思想，说明吕祖谦在学风上不同于当时所谓正宗的道学家，因为那些道学先生习惯拱手端坐，空谈性命道德，对于国计民生中的实际问题却不屑一顾。更表明了吕祖谦多少有一些超越于理学束缚的地方，难怪朱熹批评他说：“伯恭之学合陈君举（陈傅良）、陈同甫二人之学问而一之。永嘉之学理会制度，偏考其小小者，唯君举为其所长。……同甫则谈论古今，说王说霸。伯恭则兼君举、同甫之所长。”（《宋元学案·东莱学案·附录》）朱熹同陈傅良、特别同陈亮在学术观点上分歧很深，上述评论实际上是对吕祖谦的不满，所以他还批评吕祖谦“博杂极害事”。吕祖谦的“博杂”不仅有突破正宗理学的倾向，甚至还有超出“吕氏家学”的地方，由于他主张学以致用，这种“博杂”正好表现了其可贵之处。