宋代儒学突破了汉儒严守师法和偏重训诂考据的治学方法，侧重于对儒家经典义理的阐释发挥，因而其思想方法比较灵活，有利于各家争鸣。因此，仅在南宋的理学阵营中，就形成了吕学、朱学、陆学三大不同的学派。如果从哲学上分，朱学属客观唯心论，陆学是主观唯心论，吕学则企图将心学和理学相调和，带有明显的折衷主义色彩。全祖望在《宋元学案》中说：“宋乾（乾道）、淳（淳熙）以后，学派分而为三，朱学也，吕学也，陆学也。三家同时，皆不甚合。朱子以格物致知，陆学以明心，吕学则兼取其长，而复以中原文献之统润色之，门庭径路虽别，要其归宿于圣人则一也。”（《东莱学案》）这说明在南宋理学阵容中，上述三派各有其一特点，而吕学则带有综合朱陆之学的特色。但从大范围看，三派同归宗于孔孟。

“吕学”之称，是以学派创立人之名来名其学派，正如“朱学”、“陆学”以朱熹、陆九洲之名称其学派一样。在《宋元学案》中，全祖望还将“吕学”称为“婺学”，这是用地域名称来区别不同学派的方法。正如人们把朱学称为“闽学”一样。其实，上述两种称号都不能说明某学派的性质。单就“婺学”而言，当朱、陆创立学派的同时，婺州地区还兴起了唐仲友和陈亮的“婺学”，这仅仅是因为唐、陈二人所创学派都在婺州地区，其实他们之间的学术思想并不相同，如陈亮创立的永康学派则反对空谈性理，带有明显的反理学性质，唐仲友之学虽称之为“婺学”，他却“不专主一说，苟同一人，隐之于心，稽之于古，合者取之，疑者阙之。”（《宋元学案·说斋学案》）也强调经世之学。全祖望说：“乾、淳之际，婺学最盛，东莱兄弟以性命之学起，同甫（陈亮）以事功之学学起，而说斋（指唐仲友）则为经制之学”（《宋元学案·说斋学案》）。这说明“婺学”又分为不同学派，故后人又有将吕祖谦的学派称之为“金华学派”，这个学派和朱陆的学派同属南宋理学内部的三大派别之

“吕学”最大的特点是“不名一师，不私一说”。《宋史》本传说：“祖谦学以关洛为宗，而旁稽载籍，不见涯氵矣。心平气和，不立崖异，一时英伟卓牵之士，皆归心焉。”这说明吕祖谦的儒学思想十分博深，不象朱熹和陆九渊那样门户森严，专守一说，他随和包容，具有一定开放性。这种治学作风是吕氏家学的传统性格，自吕希哲就开始形成。全祖望说：“荣阳少年不名一师，初学焦千之，庐陵（即欧阳修）之再传也。已而学于安定（胡瑗），学于泰山（孙复），学于康节（邵雍），亦尝学于介甫（王安石）而归宿于程氏，集益之功，至广且大……。”（《宋元学案·荣阳学案》）。吕希哲虽然是一个理学家，但也是一位不名一师的儒家学者。大东莱吕本中，是南宋时期的著名文学家，又是一位著名的理学家，他继承了吕氏家学的风范。全祖望说：“大东莱先生为荥阳冢嫡，其不名一师亦家风也。自元祐后，诸儒名宿如元城（刘安世）龟山（杨时）、鹿山（游酢）、了翁（陈瑾）、和靖（尹(火享)）以及王信伯之徒，皆尝从游，多识前言往行以畜德。”（《宋元学案·紫微学案》）。

“多识前言往行以畜德”是吕氏家学之传统，全祖望在《宋元学案》中指出：“自正献公（吕公著）以来，所传如此，原明（吕希哲）再传而为先生（昌本中），虽历登杨、游、尹之门，而所守者世传也。先生再传而为怕恭（吕祖谦），其所守者亦世传也，故余别为先生立一学案，以上绍原明，下启伯恭焉。”（同上）他又说：“紫微（吕本中）之学，本之家庭，而遍叩游、杨、尹请老之门，亦尝及元城（刘安世）。多识前言往行以畜德，成公（吕祖谦）之先河，实自此出。”（同上）“多识前言往行以畜德”一语，出自《周易·大畜》：“君子以多识前言往行，以畜其德。”意思是，要学习古人之言行，多学习古代之典籍，以涵养自己的德性。自吕公著开始，其子孙都十分重视对上下古今历史和文献的广泛学习，这个传统一直延续到南宋。故有“中原文献之传，独归吕氏”之美称。

吕祖谦在学风上继承发扬了吕氏家学“不名一师、不私一说”的传统，终于成为宋代著名理学一派大师。《宋史》本传说：“祖谦之学本之家庭，有中原文献之传。长从林之奇、汪应辰、胡宽游，既又友张栻、朱熹，讲索益转户除上述诸人外，还同陆九渊、陈亮等人有较多的学术交往，并相互学习，和他们有一些相同的观点。《宋元学案》说：“先生文学术业本于天资，习于家庭，稽诸中原文献之所传，博诸四方诸友之所讲，融洽无所偏滞。”（《东莱学案》）这段记载全面地概括了吕祖谦的“婺学”之基本特征。

由于其学风“不名一师”，“不私一说”，吕氏家学也受到佛学之影响。从吕希哲开始，就爱好佛学，《宋元学案·荣阳学案》说：“（吕希哲）晚年又学佛”，“更从高僧游，尽究其道”，并且得出了“佛氏之道，与吾圣人相吻合”的结论。此后，他便企图将儒、佛两家学说熔于一炉，“斟酌浅深而融通之”（同上）。大东莱先生吕本中，也是一位“溺于禅”的学者。完全站在儒家学派立场的全祖望就此提出批评，认为这是其“家门之流弊”（同上《紫微学案》）。吕祖谦也受到其祖辈学佛之影响，虽然有时对佛、道有所批评，但他又曾在《易说·家人》中说：“知此理，则知百年之嫌隙可以一日解，终身之蒙蔽可以一语通，滔天之罪恶可以一念消”，这里透露其接受佛学思想之痕迹。

对于吕学的上述情况，论者颇有微辞，全祖望在《荣阳学案》案语中指责说，吕希哲虽博采众儒之学说，“然晚年又学佛，则申公家学未醉之害也。”又说：吕本中溺于禅，则家门之流弊乎！”朱熹批评吕祖谦之学“大杂”，“不能守约”（《金华丛书书目提要》卷7）。他虽然称赞“东莱博学多识”，但又指责其“守约未也”。其实，他们都是根据自己的理学观点去求责于人，如果用百家争鸣的态度来看问题，则不足为怪。吕氏之学能放宽视野，广收博采，恰恰表现了在治学方法上的优点。

吕祖谦最初以恩前入仕，但由于他是一位博学多才的学者，于孝宗隆兴元年（1163年）便考中了进士，不久又考中了博学宏词科，此后一直担任文教学术的职务，先后做过儒学教授、大学博士、讲官、史官，官至著作郎兼国史院编修和实录院检讨。这就为他从事学术研究和创立学派提供了良好的条件。在此期间，不仅撰著了许多关于理学、史学和文学的著作，并且积极从事讲学授徒活动。宋孝宗乾道二年（1166年），吕祖谦护送母丧回到婺州，利用守孝的时间，在武义县境内的招明山筑室暂居。在这段时期，“四方之士争趋之”，专门从事讲学活动三年之久。乾道八年（1182年），因为其父办理丧事，又回婺州，守孝期间，他的许多学生又回到身边受业。这段时期，吕祖谦还同陆九渊、朱熹等人经常往来，互相进行学术交流。中国学术思想史上著名的“鹅湖之会”就是在这一时期由吕祖谦发起进行的。作为一个学派的创立者，吕祖谦的学生很多，据《重修浙江通志稿》记载，其可考者不下百余人，他们来自南北各地的不同州县，其中以浙江及其邻省居多。仅《宋元学案·东莱学案》所载，较著名者有叶卦、葛洪、乔行简、辅广等20余人。另见于《丽泽诸儒学案》者63人。此外，尚有私淑弟子多人。

吕祖谦之弟祖俭与祖谦共列于《宋元学案》的《东莱学案》之中，他受业于祖谦，也是当时有名的学者之一，并且是其兄长所创的“婺学”代表人物。吕氏之学在吕祖谦之后延绵不绝，“祖谦既没，弟祖俭继其遗教，由是速传不替，历元至明，则又四百年，文献之所寄之也。”（《重修浙江通志稿·丽泽源流传》）

由于吕祖谦晚年家居讲舍名为丽泽书院，全祖望在《宋元学案》中，除立有《东莱学案》专述吕祖谦、吕祖俭的行事及学说之外，尚立有《丽泽诸儒学案》叙其后学。他在《案语》中说：“明招学者自成公（吕祖谦）下世，忠公（周祖俭）继之，由是递传不替，其与岳麓之泽并称，……明招诸生历元至明未绝，四百年文献之所寄也。”（《宋元学案》卷73）