隋末天下大乱，孔颖达避难于虎牢（在今河南荥阳）。李渊建国，海内一统。李世民因创业征战之功，特授天策上将、领司徒、封秦王。他悦礼敦诗，爱才若渴，开府治事，形同小朝廷。武德四年（621），李世民在解鞍歇马之后，爱尚儒教，属意文学，特设文学馆，招揽天下文士，为治国平天下储备人才。文学馆位于宫城之西，地静景幽，无车马之喧；典籍充栋，有兰台之盛。这年十月，孔颖达等18人同日被授为文学馆学士，号称“十八学士”。十八学士都是当时经学通明、文彩飞扬的优秀人物，杜如晦、房玄龄甚至是李世民的心腹谋臣。李世民给他们优以尊礼，予以厚禄，入阁诸君，皆享用五品珍膳。还令大画家间立本为诸名士写真，大文豪褚亮题写真赞，高悬于凌烟之阁，深藏于禁中秘府。十八学士三班值阁，李世民每当军国事罢，进谒归休，常引见学士，与他们讨论坟籍，商略前载。儒雅之风，旷古稀有；亲近之恩，百代罕及。因此时人称之“登瀛州”。

武德九年（626），玄武门兵变，李世民杀建成、元吉，立为太子，秦府官属皆有封赠，十八学士也加官进爵，杜如晦为太子左庶子，房玄龄为右庶子，虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为洗马，孔颖达则擢授国子博士，成为全国最高学府的高级教官。公元627年即位后的李世民改元贞观，论功行赏，孔颖达以儒业受封曲阜县男，转任给事中。给事中乃门下省要职，掌封驳政令，议论得失，颖达随侍皇帝左右，倍见亲信。屡迁国子司业，祭酒，掌管一国教育。唐太宗对孔颖达寄以厚望，将储君的教育委与他，任他为太子右庶子，与左庶子于志宁一道，共同掌教太子李承乾。孔颖达兢兢业业，克尽职守，无奈太子承乾爱好声色，漫游无度，足智饰非，不听劝教；又因大宗偏爱魏王李泰，酿成嫡庶相争之祸。承乾被废后，其他东宫属官多被黜退，唯孔颖达、于志宁等由于平时对承乾犯颜直谏，尽心尽职，太宗于是对他们却奖赏有加，信任如故。

作为当年秦王亲信的几个文臣之一，孔颖达在后来的政治生活中，不像房杜诸人，功业卓著，位至公卿。他在太宗朝的主要贡献不在于政治，而是在文化事业。他学识渊博，文采出众，每遇朝廷议论礼历、商榷经义，他常发高论，多被采纳。他曾与魏征、颜师古等修订《隋书》，有“良史”之称，被加位散骑常侍；又修订五礼，进爵为子。贞观十四年（640），孔颖达为国子祭酒，太宗亲临国学，举行祭祀先圣孔子的释奠大礼。会上，群儒执经宣义，孔颖达主讲《孝经》，他声若洪钟，口如悬河，义理分明。太宗令群儒发难辩驳，孔颖达“金汤易固，楼雉难攻”；排难解纷，令众儒师大为折服。太宗手诏褒之曰：“洪钟待扣，扣无不应；幽谷发响，声无不答。……思涌珠泉，情抽蕙兰。关西孔子，更起乎方今；济南伏生，重兴于兹时！”称赞他为“关西孔子”、西汉伏生，与先圣先师并辉齐明。

孔颖达在经学上的最大成就是奉诏编纂《五经正义》，为经学的统一和汉学的总结做出卓越贡献。如前所说，中国儒学从西汉开始便流派众多，师说不一。当时《诗》分齐、鲁、韩三家，《书》分欧阳、大小夏侯，《礼》有《仪礼》、《礼记》，其中《礼记》分大小戴，《易》分施、孟、梁邱、京，《春秋》既分公、谷二传，公羊又有颜、严之学。经学史上称这些分歧为“师法”。后来经师又在师法的旗号下更生异说，于是又分出“家法”，再由家法中分出各种专家之说。就像树干分枝，校又分枝，枝叶繁茂，渐失根本，经义难明。故有“学徒劳而少功，后生疑而莫正之叹”。后来古文畅兴，纠葛更生。《诗》有毛传与齐鲁韩争雄，《易》有高费与施孟争胜，《春秋》有左传异军突起，《礼》又出现《周礼》与分高低，《书》又得壁中古文十六篇。其间经本有无，卷国残全。文字今古，师说歧异，种种分歧，更扰得经学讲坛迷雾重重。企图解决经学分歧的统一工作，孔颖达以前共有三次，一是西汉宣帝有石渠阁大会，二是东汉章帝有白虎观之议，三是东汉末郑玄不讲家法，遍注群经。石渠阁之会，重点讨论今文经内部师说繁粹的问题，讨论结果，不仅没有统一师说分歧，反而增立博士，加剧了经学内部异说的产生；白虎观之议，重点讨论今古文分歧问题，结果著为《白虎通》，用董仲舒的天人感应加西汉谶纬迷信统一意识形态，对古文经说的优秀内容无所取正，这同样达不到学术统一的目的。因此白虎观会议后，古文经学不仅没有歇息，反而从者更多，成就日丰。郑玄兼通今古文，而以古文为依归。他起而遍注群经，杂采今古文，今古文之异才日渐消亡。但是郑玄经注也未臻完善，学者多攻其所短，至西晋，王肃又重注群经，与之抗衡，并借用王朝力量立为学官，遂有“郑学”“王学”之争。随着南北对峙局面的形成和玄学的兴起，于是又出现清谈“玄学”与传统“汉学”、博学”与“北学”的分歧。在学术风格上，南学主义理，重创新；北学主典实，重故训。南朝治经《易》尊王弼注，《尚书》用东晋出现的伪孔传，《左传》则用杜预集解；北朝，《周易》《尚书》用郑玄注，《左传》用眼虔注。《毛诗》、《礼》南北同尊郑注。此其大致。当时南北王朝并未明确将经注定为一尊，学者谁主谁从，都是各行方便，从其所好。特别是在南北势力交会之处，更是南学与北学混，义理与典实杂。这样就给后生学习，经义取正，带来困难。这种情况在政权分离之时，倒还可以容忍，但天下统一之后，特别是自隋王朝设立郡国之学以养士，开设明经、进士科取才以后，没有一个统一的经解作教材和课试标准，势必给教育和选举工作带来很多麻烦。史载隋文帝下令考试国子学生，准备择优录用，可是“自正朔不一将三百年，师训纷给无所取正”（《隋书儒林传》），众博士无法评出考卷。有鉴于此，唐太宗下令孔颖达主持编纂五经注疏定本。

同与编修之事者尚有多人，以孔颖达为其首领。在注疏编纂过程中，义例的制定，是非的考论，皆由颖达我夺。首先，孔颖达在众多的经书章句中，选择一家优秀的注释作为标准注本，然后对经文注文详加疏通阐释。

《周易》经注，西汉的梁丘、施、高氏之学，都已亡于西晋，京氏、孟氏流于谶纬灾祥，学者不传。南北朝唯传郑玄、王弼易注。郑氏讲爻辰象数，王氏详玄学义理，相比之下，王注义例明备，“独冠古今”，故孔颖达《易》用王注。《书经》，欧阳、大小夏侯也都亡于永嘉之乱，南北朝多尊郑注。东晋梅赜进献《尚书孔安国传》，号称古文，篇章也比郑注为多，时人不知其伪，大行于南朝，隋代“二刘”也研习孔传，孔颖达初本习郑氏《尚书》，后从刘焯传孔义，认为“其辞富而备，其义弘而雅”（《尚书正义序》），遂定伪孔传为圭桌。《诗经》，齐诗亡于曹魏，鲁诗亡于西晋，韩诗虽存而无传人，唯毛诗郑笺，独行于世，孔颖达正义，《诗》用毛传郑笺。《礼》，本有《仪礼》、《周礼》、《礼记》三经之别，但是《仪礼》、《周礼》为制度仪文，缺乏义理，亦少文采，《礼记》则事文义理兼具，因此三礼之中独取《礼记》，注用郑玄。《春秋》，亦有公羊、谷梁、左氏三传，其中公谷空言说经，不及左氏事富文美，因此以《左传》附经。孔颖达历考汉晋训贴，大多杂取公谷，为例不纯，唯西晋杜预集解，“专取丘明之传以释孔氏之经”，尊经重本，“子应乎母，以胶投漆”（《春秋左传正义序》）。更重要的是杜氏为《左传》总结有“五十凡例”，补充了左氏在三传中义理贫乏之不足，与仅重文字训诂的各家传注不可同日而语。见解最高，体例最善，故于众解，独取杜氏。

《唐会要》（卷77）说：“贞观十二年国子祭酒孔颖达撰工经义疏170卷，名曰《义赞》，有诏改为《五经正义》”。考本传，孔颖达贞观六年除国子司业，七年与魏征等同修《隋书》，十一年修正礼，十二年官进国子祭酒。可见《五经正义》的编修是在十二年孔颖达做国子祭酒任内。从受诏到成书，前后不过一年，文成数十万字，为卷170，真是神速！神速！究其原因，盖有二焉：一是得博学诸儒的通力合作。参加修《周易正义》的有颜师古、司马才章、王恭、马嘉运、赵乾叶、王琰、于志宁等；修《尚书正义》的有王德昭、李子云；修《毛诗正义》的有王德昭、齐威等；修《礼记正义》的有朱子奢、李善信、贾公彦、柳士宣、范义囗、张权等；修《春秋正义》的有谷那律、杨士勋、朱长才等。参修诸人都是当时儒学的第一流人材，博极群书，精通五经。颜师古，是颜之推之后，“少传家学，博览群书，尤精训诂”，曾奉太宗诏考订五经文字异同，撰《五经定本》，做了经书的文字统一工作；又撰《汉书》注，大重于时，至今仍是研究《汉书》最优秀的古注。司马才章传家学，通五经，为国子助教；王恭精三礼，并私撰《义证》，“甚为精博”；马嘉运兼通儒释二教，“尤善论难”，高宗朝为国子博士，侍讲殿中；谷那律淹贯群书，被褚遂良称为“九经库”；朱子奢少习《左传》，善属文，为中书舍人；杨士勋、贾公彦都是《春秋》、《礼》学专家，杨后来撰有《春秋谷梁传疏》、贾撰《周礼》《仪礼》二疏，与《五经正义》一并传为千古仪则，为今传《十三经注疏》之一。其余诸君也都以学问官至国子、太学、四门学的博士或助教。（两《唐书》儒林传及本传）孔颖达领导的《五经正义》编纂班子，真是英才荟萃，通儒群集，难怪乎成书迅速。

原因之二，是有前人成果可供借鉴。南北朝时期，儒生依照佛教讲疏的形式，对五经作有多种义疏，孔颖达对各家义疏进行比较，选择优秀底本，再融会众说、剪裁诸家，折衷以己意。善于利用前人劳动成果，有前人努力为基点，自然见效快，成功伟。这就是《五经正义》成书快的又一个秘密。当时，《周易》，江南有义疏十余家，但都“辞尚虚玄，义多浮诞”（《周易正义序》），于是孔颖达取其合乎孔子思想，与王弼注并行不悖的说法，著为正义。《尚书》有蔡大宝、巢猗、费囗、顾彪、刘炫、刘焯《正义》，前面数人多互相因循，义理浅略，唯颖达老师“二刘”“最为详雅”。遂依“二刘”书疏为本，而删其狂傲和虚华。《诗经》义疏有全缓、何胤、舒援、刘轨思、刘丑、刘焯、刘炫诸家，也是“二刘”诗疏“特为殊绝”，于是“据以为本”（《毛诗正义序》），而匡其轻狂，补其疏略。《礼记》有贺循、贺囗、庾蔚、崔灵思、沈重宜、皇侃、徐遵明、李业兴、李宝鼎、侯聪、熊安生等疏，皇、熊二家最流行，其中皇氏最优秀，孔颖达乃“据皇氏为本，其有不备，以熊氏补正”（《礼记正义序》）。《春秋左传》义疏有沈文阿、苏宽、刘炫等家，孔颖达认为：“刘炫于数君之内，实为翘楚”（《左传正义序》），故依据刘疏，补以沈氏，若两家俱失，则申以己见。

虽有前儒义疏可为依据，但孔颖达等人利用这些材料，态度极为严谨，除对诸家注疏详加审定，汰劣取优外，对被选为底本的义疏，孔颖达也认真甄别，严格笔削，即使是前辈权威和自己的老师，也决不盲从。刘焯、刘炫，为孔颖达素所敬仰，他称赞他们“并聪颖特达，文而又儒，擢秀干于一时，骋绝辔于千里，固诸儒之所揖让，日下无双。于其所作疏内，特为殊绝”。（《毛诗正文序》）但是他又常常指出二人恃才傲物、好非毁先贤，穿凿附会、自立新说的毛病。如刘焯的《尚书》义疏常常故弄玄虚，求险探深，孔颖达批评他们有“非险而更为险，无义而更生义”（《尚书正义序》），就像在平缓的河流中平掀怒浪，在静止的树梢上更震狂飘，实在是无益的游戏，反教学者更生疑窦。刘炫的《尚书》义疏依焯疏删繁就简，但义理过简，文辞太华，文胜于质，也不足以作为后生典范。刘炫的《春秋左传》义疏，孔颖达在称赞之余，也不忽略其一意在矜伐，性好非毁”（《春秋左传正义序》）的敝病，以谓刘疏聪惠辩博无人可比，但是发明义理，造诣不高。对于其他各家取作底本的义疏，孔颖达也都每每指陈疵暇，各论得失。删修笔削，“必取文证详悉，义理精审，剪其繁芜，撮其机要”。因此避免了官修图书，杂而不纯的毛病，保证了《五经正义》的质量。

《五经正义》的编撰方法是，首先列出经文、注文，接着串讲经文大意，然后疏通注文，说明注文之所以然。如《诗经·周南·关睢》“窈窕叔女，君子好逑”一句，毛传说：“窈窕，幽闲也。淑，善；逑，匹也。言后妃有关睢之德，是幽闭贞专之善女，宜为君子之好匹。”郑笺说：“怨耦曰仇，言后妃之德和谐，则幽闭处深宫贞专之善女，能为君子和好众妾之怨者。言皆化后妃之德，不嫉妒，谓三夫人以下。”正义首先串讲经文说：“性行和谐者是后妃也。后妃虽悦乐君子，犹能不淫其色，退在深宫之中，不亵渎而相慢也。后妃既有是德，又不妒嫉，思得淑女以配君子，故窈窕然处幽闭贞专之善女，宜为君子之好匹也。以后妃不妒忌，可共事夫，故育宜也。”再疏通毛传说。“窈窕者，谓淑女所居之宫形窈窕然，故笺言幽闭深宫是也，（毛）传知然者，以其淑女已为善称，则窈窕宜为居处，故云幽闭，言其幽然而闲静也。扬雄云‘善心为窕，言容为窈’者，非也。逑，匹，《（尔雅）·释诂》文，孙炎云：‘相求之匹’，《诗》本作逑，《尔雅》多作仇，字异音义同也。又回后妃有关睢之德，是幽闲贞专之善女，宜为君子之好匹者，美后妃有思贤之心，故说贤女宜求之状。……”以下接着又疏证郑笺。正义有说有证，层次清楚，释义分明，繁而有要，齐全周详，就像老师宿儒的讲义一样。因此，于志宁称之为“万古之仪型，一代之标的”。正义为了说明注文，往往旁征博引古籍和前贤解说，体大思精，资料至为丰富。如上引为释毛氏传文，正义引用了《尔雅·释诂》和扬雄、孙炎之说。在疏证毛传关于“关关睢鸠，在河之洲”的解释时，甚至引达《尔雅》释估、释鸟、释水、《五经定本》、俗本《毛诗》等文献资料，兼及郭璞、陆机、扬雄、许慎、李巡等人之说，还参证《诗经》江有渚、蒹葭、谷风、采蘩等篇中毛传郑笺的解释，反复周致，论证详明。人们既可以利用它来研习五经，寻求定解，从这个意义上来说，《五经正义》是教科书，是法典；在古书佚散非常严重的情况下，人们也可以通过它保存的汉晋经说来窥探汉学风貌，研究两汉以及魏晋经学的历史，从这个意义上来说，《五经正义》又是旧说府库、资料宝藏。由此看来，《五经正义》既作为标准范本有功于来学，也作为旧说渊薮有功于前贤。贞观十二年书成奏上，唐太宗目睹盛事，大为高兴，下诏褒奖说：“卿等博综古今，义理该洽。考前儒之异说，符圣人之幽旨，实为不朽！”赐孔颖达绢帛三百匹。

完成了《五经正义》后，孔颖达已是十分疲倦了，上表请求退休。恰在这时，曾参与《周易正义》修撰的马嘉运摘取《五经正义》中的疏漏之处，大做文章，“每椅摭之”（《唐会要》），“致相讥低”（《唐书》本传）。十六年，唐太宗仍令孔颖达组织人马重加审订。正义因书出众手，工程浩大，成书仓促，自然难免偶尔失误，如在《尚书·舜典》“朴作教刑”下称鞭刑“大隋造律方始废之”，《吕刑》“宫辟疑赦”下称“大隋开皇之初始除男子宫刑”等，以唐臣而称“大隋”，实在是有违君臣体统。似此之类，皆因依据“二刘”疏本，而与修诸儒又失于删正的缘故。审定工作异常缓慢，直到贞观二十二年（648）也未能完成，75岁的孔颖达带着遗憾，离开了人间，审定正义的工作一直到唐高宗永徽四年（653）才告结束，前后经历12年。高宗诏令颁《五经正义》于天下，“每年明经，依此考试”（《唐会要》卷77）。

孔颖达死后，唐太宗许他陪葬昭陵，于志宁题写墓碑，“九泉虽囗，千载名扬”。作为一个纯粹的儒者，得此礼遇，孔颖达在天有知，亦可无憾于泉下了。