在1995年全国首届人文社会科学优秀成果评选中,方立天以《佛家哲学》获一等奖。这本问世于1986年的书作当年即获中国图书荣誉奖,是当时国内影响最大的佛家普及读物之一。“文革”后,方立天继续着佛家研究工作,并历经了“拓展时期”和“专攻时期”。

约自1987年,他开始集中研究中国佛家哲学思想。历时15年持续的专攻、研究、撰写,最终于2002年出版了《中国佛家哲学要义》（上、下卷）。90多万字的著作阐述了中国佛家哲学的形成、演变和思想体系,从“人生论” 、“心性论”、“宇宙论”、“实践论” 几个方面作了论述,从历史比较和实证的方法与角度对中国佛家哲学作出了全新的解释和概括。

“宗教不是社会上的孤立现象,也不是文化领域中的绝缘形态,对于宗教必须与影响它的相关因素联系起来进行研究,才能显现其独特的本质与价值。”对于佛家研究,方立天秉持“中国本位”和“心性体会”两条原则。

关于“中国本位”,即坚持基于中国人对待外来佛家的根本立场而形成的治学原则,他认为:“外来佛家只有适应中国环境,与中国政治、经济、文化、社会实际相结合、相适应,接受中国环境的影响和改造,才能在中国产生持久的影响和作用。”

同时,正如汤用彤先生的观点,即佛家作为宗教文化同时包含宗教与哲学两个方面,他认为,作为宗教,佛家具有深邃的哲学思想；作为哲学,佛家具有强烈的宗教情绪。因此,对佛家宗教方面的研究,必须具有“同情的默应”；对佛家哲学方面的研究,应该具有“心性的体会”。

20世纪90年代以来,方立天把学术视野拓展到了中华文化精神和中国宗教理论。“我着重探求中华文化的传统和核心问题,提出对中华文化三大传统（人本主义、自然主义和解脱主义）的看法,并认为,人生价值观是中华传统文化的核心,人文精神是中国国学之魂,自强不息是中华民族的主要精神。”

“在中国宗教理论领域,我近年来一直在思考,正确研究和总结马克思主义宗教观、中国传统宗教观和中国化马克思主义宗教观,有着特殊重要的意义。”

中国社会科学院世界宗教研究所所长卓新平认为,方立天教授不仅阐发了宗教学知识,而且在中国宗教认识和理解方面提出了许多创新见解,为后学推动中国当代宗教的认知、深入发展中国特色宗教学起到引领作用,成为新时代宗教开拓创新的典范。他在宗教与文化的关系上有着引人深思的真知灼见,对当今的社会建设、文化建设具有重要启迪意义。

纵览方立天50年著述,其间一条主线就是阐述中国传统文化的根本精神。对此,他说:“为构建当代世界文明做出应有的贡献,是今日我们宗教学者的重要责任。”(《方立天:在佛家哲学天地里仰望崇高》)