《参同契》所讲的丹道学术，特别注重身心精神的修炼，它所指用于“返老还童”、“长生不死”，至于最高解脱而登上仙位的丹药，主要的药物，便是人人自己所具备的精、神、黑而已。即在修炼的过程中，也可以借用，或者必须借用外物的丹药，那是为了培养补充衰歇而有病象的身心，使其恢复精、神、焏的生命本能而已。它是中国养生学的祖述宝典，也是最早研究身心生命奥秘的著作。它影响汉、魏的医学，生物物理学，乃至佛学与禅宗。后来道教的经典《黄庭经》，所谓“上药三品，神与炁、精”等思想，以及《龙虎经》等的著作，都是由《参同契》的蜕变而来，不过加上一些宗教神秘的观念而已。它认为恢复精神先天原始的情况，能够自作生命的主宰，以及变化生死的功能，一切都可操之在我，才是眼食丹道的效验。至于锻炼药物的精、神、炁与服食的方法，必需要有正确的心性修养，与真正智慧的认识才能做到。所以统摄修炼药物，服食成丹等的程序，便要透彻了解御政的重心。

讲到药物，虽然指出精、神、黑为修炼丹药的主材，但是，并非如宋、元以后的丹道，参合佛学禅宗的理论与方法，而且更不是明、清以后伍冲虚、柳华阳的丹道学派，专以性神经系统的精虫卵子等，认为便是精神的精。同时，更没有如明、清以后的丹道，动辄便以任、督等奇经八脉作为修道的主题。它的本来原文，非常清晰，只因后世道家与道教的道士们，各从不同的观点，不同的角度，自己为它作注解，于是讲究修性修命的，主张独身主义的单修静清派，主张不离家室之好，男女合藉的双修派，主张烧铅炼汞而用外丹的丹法，就众说纷经，统以《参同契》作为原理的根据了，所以房中采炼等等左道旁门的谬论，也都—一牵强附会，援引《参同契》的文言，而言之成理，著之成文。至于《参同契》原本所说的精与神，便是魂与魄的外用，只是精与神的化合物而已。它与《周易·系辞传》的“精气为物，游魂为变”确是同一路线的思想。

其实，《参同契》一书，并非真正难读，也不是作者故弄玄虚，保存有无上秘密的口诀，只是受历史时代背景的影响，文章风格，各有不同。魏伯阳生当东汉时代，正当文运走向变今而仿古的变革时期，他没有像近代人的条分缕析，归纳分类得清清楚楚，但是你只要把握书的主题，是在说明修炼丹道的原理与方法，百读不厌，久久就会自然贯通，找出它的体系条理了。他引用老子的理论，是为了借重先圣古人的言辞，以证明他的道理，并非向壁虚构。他引用《易经》象数的原则，极力说明天地日月气象变化的宇宙规律，借以证明人身生命活动的原理，是与天地宇宙变化的程序，有共通活用的轨则，并非是要你把天地日月的规范，呆呆板板地用到身心上来。清代道士朱云阳认为，他是以月的盈亏，来比精神的衰旺，日的出没，来比气血的盈虚，这是非常合理的名言。现在我们举出一二段有关修炼清静的理论与方法，是他说明老子的“致虚极，守静笃”、“万物芸芸，各归其根，归根曰静，静曰复命”的引申注解。可以在其中看到稍迟魏伯阳一二百年间的佛学与禅学等。从它如何取用中国文化中对于心性现状解释的科学观，以及首先提出以“无念”为入手的《参同契》的修法，也由此可看出宋儒理学家们的修养“静”“敬”的方法，它与佛、道两家，是如何地结有不解之缘了。