据唐代释道世所撰《法苑珠林》记载,中土有十九座塔是当年阿育王所造的“八万四千之一塔”,其中第二塔即是“东晋金陵长干寺塔”。长干寺于梁武帝天监元年（一说吴赤乌三年）初立于长干里,隋炀帝坐镇淮海当晋王时,因西京造日严寺没有舍利,曾发长干寺塔,将舍利取入长安。但当时江南大德五十余人都说,日严寺取去的舍利并非阿育王造塔的佛真身舍利。后来日严寺废,崇义寺的道宣和尚为了验证舍利的归宿发塔,得到三枚如白黍米状的舍利和黄色的爪、数十根白发,虽然没见到佛陀的螺发,而爪又没有佛爪的赤铜色与倍于常人大小的特点,他还是携回寺里西南塔下埋葬。当年梁武帝在大同三年曾经改造阿育王寺（即旧长干里长干寺）塔,发出旧塔下的舍利及佛发、爪观看。

先前刘萨诃游行礼塔,到了丹阳登越城四望,见长干里有异气,就到过去阿育王塔的位置集合众人开掘,在一丈深的地方发现了三块六尺长的石碑,其中一块碑有铁函、银函及金函一共三重,盛放三颗舍利及发、爪各一枚,当时就立塔掩埋,而梁武帝发的旧塔就是这一座。之后梁武帝在阿育王寺设了无碍法喜食和无碍法会,迎舍利回宫供养。次年,梁武帝又在阿育王寺设无碍大会,竖了两座佛塔,各用金瓶套着玉瓶装舍利、发、爪于七宝塔中,又用石函盛塔分置于两座塔下,王侯妃嫔也将施舍的珍宝充积其中。而隋炀帝取去长安的舍利、发、爪很可能就是梁武帝曾经掘出供养的,然而,道世又说南来的僧人传言,在梁武帝时这些发爪已经有人怀疑了。道世认为,长干寺的佛骨可能大部分被移到了长安,且仍有部分保存在长干寺,而道宣发掘得那些未必是这一批。换言之,南京曾有过佛真身舍利与发、爪舍利,但因历史原因部分辗转流入关陇,从此各自下落不明。

舍利对于佛家在中国早期的传播意义非比寻常。没有舍利就没有塔,而塔才是初期寺庙的中心,礼佛的方式就是绕塔,与今日先殿后塔的寺庙规制大不相同。