便秘在临床上有多种分类方式：

按病程或起病方式，可分为急性便秘和慢性便秘;

按有无器质性病变，可分为器质性便秘和功能性便秘;

按粪块积留部位，可分为结肠性便秘和直肠性便秘。

有学者把便秘按急、慢性分类，将急性便秘分为暂时性单纯性便秘和症候性便秘，将慢性便秘分为习惯性便秘与症候性便秘，而习惯性便秘又可分为结肠性便秘与直肠性便秘。