另一方面,巴斯德把探索病原菌的工作交給了柯赫,而他自己却拼命研究动物对病原菌的抵抗能力．他的这种研究导致免疫学的建立,为我们带来了无可估量的好处。

1880 年,巴斯德着手研究鸡的可怕的传染病－－鸡霍乱．他用鸡的血液培养了这种病的病原菌．把浸过这种病原菌的面包扔給鸡吃,鸡就得了鸡霍乱,很快就死去了．但是,把几周前培养出来的细菌給鸡吃,鸡却没有死．再把新分离出来的剧毒细菌給那只鸡吃,鸡还是没有得病．他就这样发现了毒性变小的细菌(菌苗)使鸡有了免疫力,不会再得同样的疾病。

他接着研究羊的炭疽病,培养了菌苗．但是,很多医生和兽医都对他的理论持否定态度,反对使用菌苗．最后,终于在1881 由默伦农业会主持,举行了公开实验,以便确定两者中谁的说法正确．实验场所选在默伦附近的一个牧场．5月5日,实验的准备工作完全就绪,很多农业家、化学家、医生和兽医都赶来作证．其中大部分人都相信、盼望以至公开扬言巴斯德的实验将失败。

50 头羊分成两群．巴斯德和他的学生給25 头羊注射了炭疽病的菌苗．两周后的 5月 17日第二次注射了菌苗．又过了两周,5月31日巴斯德和他的助手们把50 头羊全部逮住,注射了新鲜的、剧毒的炭疽病菌．巴斯德预言,没有接种菌苗的25 头羊在6月2日以前将全部死掉,而接种过菌苗的25 头羊一头也不会死。

6月2日,除见证人外,还有很多看热闹的人、新闻记者赶来．展现在他们面前的情景,和巴斯德所预言的完全一样．地上躺着22 头羊的尸体,旁边有两头在垂死挣扎,不到一个小时也死掉了．唯一剩下的一头羊,也于当天死掉．而接种菌苗的25 头羊,却安然无事,自由自在地吃着草。

这种戏剧性的公开实验,勿庸置疑地证明了菌亩具有卓越的效力,证明了巴斯德的免疫理论的正确性．实验后的两年内,近十万头家畜接受了菌苗,其中因炭疽病而死亡的只有650 头．而在此以前,每十万头家畜中,每年都有大約9000 头死于这种病。

免疫理论立刻被应用到预防人的传染病上来,不知有多少人因此而免于死亡。