根据森田的病理理论，森田提出了针对性的治疗原理与方法，疗法的着眼点在于陶冶疑病素质，打破精神交互作用，消除思想矛盾。其治疗原理可概括为两点：

1．“顺应自然”的治疗原理。
　　森田认为，要达到治疗目的，说理是徒劳的。正如从道理上认识到没有鬼，但夜间走过坟地时照样感到恐惧一样，单靠理智上的理解是不行的，只有在感情上实际体验到才能有所改变。而人的感情变化有它的规律，注意越集中，情感越加强；听其自然不予理睬，反而逐渐消退；在同一感觉下习惯了，情感即变得迟钝；对患者的苦闷、烦恼情绪不加劝慰，任其发展到顶点，也就不再感到苦闷烦恼了。因此，要求患者对症状首先要承认现实，不必强求改变，要顺其自然。

什么叫顺其自然呢？森田把它看作是相当佛禅的“顿悟”状态。所谓“顿悟”，就是让患者认识并体验到自己在自然界的位置，体验到对超越自己控制能力的平常的事，看得很严重而产生抗拒之心，结果使自己陷入了神经质的旋涡。这就与上述规律的第四条及第五条相符合，即由于集中注意于令其感到厌恶的情感，并不断压抑这种情感而使之受到强化，经多次反复而培养起他对人极度恐惧的体验，而这一过程又违背了上述第一、二条规律。因此，要改变这种状况就需要使患者认识情感活动的规律，接受自己怕情感，不去压抑和排斥它，让其自生自灭，并通过自己的不断努力，培养积极健康的情感体验。 　　⑴要认清精神活动的规律，接受自身可能出现的各种想法和观念。神经质患者常常主观地认为，自己对某件事物只能有某种想法而不能有另一种想法，有了就是不正常或者不道德的，即极端的完善欲造成了强烈的劣等感。要改变这一点，就得接受人非圣贤这一事实，接受我们每个人都有可能存在邪念、嫉妒、狭隘之心的事实，认识到这是人的精神活动中必然会出现的事情，是一个靠理智和意志不能改变和决定的；但是否去做不理智的事情，却是一个人完全可以决定的。因此，不必去对抗自己的想法而需注意自己所采取的行动，同时，还要认清精神拮抗作用，从心理上放弃对对立观念的抗拒，认识到人有对生的欲望和对死的恐惧两种相互对立的心理现象，并接受这种心理现象，而不必为出现死亡的恐怖而恐惧不安，也不必拼除这些令人恐惧的念头，使自己陷入激烈的精神冲突之中。
　
　　 ⑵要认清症状形成和发展的规律，接受症状。神经质症患者原本无任何身心异常，只是因为他存在疑病素质，将某种原本正常的感觉看成是异常的，想排斥和控制这种感觉，使注意固着在这种感觉上，造成注意和感觉相互加强的作用，即形成精神交互作用。这是一种恶性循环，是形成症状并使之继续的主要原因，认清这一点，对自己的症状采取接受态度，一方面不会强化对症状的主观感觉；另一方面，因为不再排斥这种感觉，而逐渐使自己的注意不再固着在症状之上，以这样的方式打破精神交互作用使症状得以减轻直至消除。比如：对人恐怖患者见人脸红，越怕脸红，就越注意自己的表情，越注意越紧张，反而使自己脸红的感觉持续下去了，相反，接受脸红的症状，带着“脸红就脸红吧”的态度去与人交往，反而会使自己不再注意这种感觉，从而使脸红的反应慢慢消退。

⑶要认清主客观之间的关系，接受事物的客观规律。人之所以患神经质症，疑病素质是症状形成的基础，精神交互作用是症状形成的原因，而其根源在于人的思想矛盾。这一思想矛盾的特征就是以主观想象代蘟e客观事实，来“理应如此”限定自身的思想、情感和行为。森田指出：“人究竟如何破除思想矛盾呢？一言以蔽之，应该放弃徒劳的人为决策，服从自然。想依靠人为的办法，任意支配自己的情感，就如同要使鸡毛上天、河水断流一样，不仅不能如愿，反而徒增烦恼。此皆力所不能及之事，而强为之，当然痛苦难忍。然而，何谓自然？夏热冬寒乃自然规律，要想使夏不热、冬不寒，悖其道而行之则人为的决策；按照自然规律，服从、忍受，就是顺应自然。”针对思想矛盾，森田提出了“事实唯真”的观点，意即“事实即是真理”，并以此作为座右铭。他说：“吾人不要把情绪或想象，误认为事实来欺骗自己。因为不论你是否同意，事实是不可动摇的。事实就是事实，所以人必须承认事实。认清自己的精神实质，就是自觉；如实地确认外界，就是真理。”只有使人的主观思想符合客观事物的规律，才能跳出思想矛盾的怪圈。

2．“为所当为”的治疗原理
　　森田疗法把与人相关的事物划分为两大类：可控制的事物和不可控制的事物。所谓可控制的事物是指个人通过自己的主观意志可以调控、改变的事物；而不可控制的事物是指个人主观意志不能决定的事物。

森田疗法要求神经质症患者通过治疗，以学习顺应自然的态度，不去控制不可控制之事，如人的情感；但还是注意为所当为，即控制那些可以控制之事，如人的行动。即“为所当为”是指在顺应自然的态度指导下的行动，是对顺应自然治疗原则的充实。

⑴忍受痛苦、为所当为。森田疗法认为，改变患者的症状，一方面要对症状采取顺应自然的态度，另一方面还要随着本来有的生的欲望，去做应该做的事情，通常症状不会即刻消失，在症状仍存在的情况下，尽管痛苦也要接受，把注意力及能量投向自己生活中有确定意义，且能见成效的事情上，努力做应做之事；把注意力集中在行动上，任凭症状起伏，都有助于打破精神交互作用，逐步建立起从症状中解脱出来的信心。例如：对人恐怖的人，不敢见人，见人就感到极度恐惧。森田疗法要求其带着症状生活，害怕见人没关系，但该见的人还是要见，带着恐惧与人交往，注意自己要做什么，而这样做的结果，患者自己就会发现，原来想方设法要消除症状，想等症状不存在了再与人接触，其实是不必要的，过去为此苦恼，认为不能做，是因为老在脑子里想而不去做。而“为所当为”要求患者该做什么马上就去做什么，尽管痛苦也要坚持，就打破了过去那种精神束缚行动的模式。

⑵面对现实，陶冶性格。森田疗法的专家高武良久指出：“人的行动一般会影响其性格，不可否认，一定的性格又会指导其做出一定的事情，但仅仅看到这一方面，则是一个片面性的认识。我们也不能忘记‘我们的行动会造就我们的性格’这一客观事实。正是这一点，才是神经质性格得以陶冶的根本理由。”

神经质患者的精神冲突，往往停留在患者的主观世界之中，他们对引起自己恐惧不安的事物想了又想，斗了又斗，但在实际生活中，对引起其痛苦的事物却采取了一种逃避和敷衍的态度，事实上，单凭个人主观意志的努力，是无法脱神经质症状的苦恼的，只有通过实际行动，才会使思维变得更加实际和深刻。实际行动才是提高对现实生活的适应能力的最直接的催化剂。对此，高武良久举例说，要学会游泳，不跳入水中就永远也学不会游泳，即使完全不会游泳，跳入水中也是完全可以做到的，然后再逐步学习必要的技术。与此道理相同，神经质症患者无论怎么痛苦，也会在别人指导下做到，这样就可以在不知不觉中得到自信的体验。要想见人不再感到恐惧，只有坚持与人接触，在实际触中采用顺其自然的态度，使恐惧感下降，而逐步获得自信。前面已经谈到，“为所当为”有助于使症状得到改善，其中很重要的一点，就是在实际生活中将精神能量引向外部，就要注意所做的事情，这就减少了指向自己心身内部的精神能量。而与外部世界的实际接触，又有助于患者认识自身症状的主观虚构性。这一过程实际上是使内向型性格产生某种改变的过程。

在顺应自然的态度指导下的“为所当为”，有助于陶冶神经质性格。这种陶冶并非彻底改变，而是对其性格的不同部分进行扬弃。即发扬神经质性格中的长处；认真、勤奋。富有责任感等，拼弃神经质性格中的致病之处：神经质的极端的内省及完善欲。

由此可见，顺应自然既不是对症状的消极忍受，无所作为，也不是对症状放任自流、听之任之，而是按事物本来的规律行事，凭症状存在，不抗拒排斥，带着症状积极生活。顺应自然、为所当为治疗原则的着眼点是，打破精神交互作用，消除思想矛盾，陶冶性格。这治疗原则还反映了森田疗法对意志、性感、行动和情感之间的关系的看法，即意志不能改变人的情感，但意志可以改变人的行为；通过改为人的行为来改变一个人的情感，陶冶一个人的性格。