采用森田自我疗法的适应症主要的：焦虑症、疑病症、强迫症、恐怖症、植物神经功能紊乱，胃肠神经症及其它类型的神经症（癔症除外）。本疗法适合于迫切求医，有治疗愿望者。

在治疗当中，不去考虑治好治不好的问题，通过治疗程序逐渐慢慢打开领悟的途径。在治疗过程中，患者可读有关森田疗法的书，现已翻译为中文的书：神经质的实质与治疗（森田正马著）、森田心理疗法实践（高良武久著）森田疗法与新森田疗法（大原健士郎著）。在这一疗法实施中，要不断地将森田疗法的治疗原则，生活态度付诸实践中，也可适当地模仿森田住院疗法的绝对卧床期、轻工作期、重工作期和生活训练期来安排自疗的方案。但强调一点，森田自我疗法中最重要的是通过对森田理论的学习来不断提高自己的认知，不断地把顺其自然，为所当为的原则付诸实践的过程。仅通过研读森田理论而自愈的患者也比比皆是。

治疗原则是首先要患者了解症状的本质，明确患者的感受属于功能性障碍。对于出现的症状，主观上不予排除，再痛苦也要原样地接受，带着"症状"去从事日常生活、工作、学习，即"保持原状"。只有这样，患者便自然地把痛苦的注意转向无意识注意的状态，于是"痛苦"便在意识中消失或减弱。 森田先生指出："凡是自然的都是真实的"，指导患者不管出现什么思想、情感，考虑什么问题都不在乎，优劣、丑美都是没有价值的。要认清这是人类自然的心态。把人的"本心"导入自觉状态。充分认识这个道理后，首先从处理身边事物着手，凡自己能做的事情，力求自己去完成。这是脱离自己转向外向的最佳途径。正如森田先生所述"欲要整心应先整形"，重要的是行动，一旦进入行动，与此相应地，其心也必然趋向吻合于形，即"外相完整，内相自熟"，是以态度影响认识的自我心理调整的道理。

患者不要把症状挂在口头上，经常叙说症状，自然"把注意力固着于症状"而出现痛苦。实现以现实为本位的人生观，力求以现实为主的生活。家属不要对患者谈病问病，不要以病人对待他们，这对于患者早领悟很有好处。