慢性腹泻可由于消化系统疾病、消化系统以外的慢性病变以及其他原因而引起，其中又以器质性疾病引起者居多。

其病因如下：

(1)消化系统疾病

1)肠原性慢性腹泻

① 慢性肠道细菌感染性疾病

a 慢性细菌性痢疾(慢性菌痢)

b 溃疡型肠结核

c 肠道菌群失调

②肠道寄生虫病

a 慢性阿米巴痢疾

b 肠鞭毛虫病

c 结肠小袋纤毛虫病

d 胃肠型黑热病

e 慢性血吸虫病

f 肠道蠕虫病

③原因未明的和其他原因的肠炎

a 局限性肠炎，肉芽肿性肠炎

b 慢性非特异性溃疡性结肠炎及所谓“慢性结肠炎”

c 嗜酸粒细胞性胃肠炎

d 放射性肠炎

④肠肿瘤

a 结肠癌

b 小肠恶性淋巴瘤

⑤肠吸收功能障碍

a “原发性”吸收不良综合征

b 维普尔氏病(Whipple病)

2)胃原性慢性腹泻

3)胰原性慢性腹泻

4)肝胆疾病所致的慢性腹泻

(2)全身性疾病

1)内分泌、代谢障碍性疾病

①甲状腺功能亢进症

② 慢性肾上腺皮质功能减退症

③垂体前叶功能减退症

④甲状腺功能减退症

⑤糖尿病性肠病

⑥类癌综合征

⑦凡莫二氏综合征

⑧水电解质平衡失常

2)尿毒症

3)糙皮病

4)药物性及食物过敏性慢性腹泻

5)低丙种球蛋白血症

6)免疫球蛋白A 重链病

7)硬皮病

8)结肠激惹综合征(痉挛性结肠)

9)神经官能性腹泻