元朝和明朝的儒学基本上是朱熹宋明《理学》和《易学》的延续。清朝是《易学》发展的第三个高潮。这时《宋易》仍然处于领导地位，不过因为康熙和乾隆皇帝都采取“兼收并采，不病异同”的开放姿态，所以《汉易》的研究也开始兴盛起来，与《宋易》争鸣。

清朝《易学》人才辈出，《清史稿艺文志》统计，清人解《易》之书有150多家，达1700多卷。真正构成清人治《易》特色的，是清儒对前朝著名易学家谈《易》之文，加以整理和考证，并在乾隆年间修成《四库全书》。

由于西方现代文明的冲击，在明末清初，出现一批被后世视为学术代表人物的的儒者如黄宗羲、顾炎武和王夫之等。他们否定《理学》而提倡吸取西方文明的优点。黄宗羲在《明夷待访录》中说：“为天下之大害者，君而已矣……应以天下之法取代君主一家之法”。书名和内容都显示这是弘扬西方的政治思想。

顾炎武批评大儒王阳明置四海之穷困不言而终讲危微精一之说。王夫之更是怒斥陆九渊和王阳明的心学为误国和亡国之学。

无论如何，这些明朝的遗臣，在清朝并非主流。主流思想仍然是宋明《理学》和《易学》，主流学者是那些编写《四库全书》以及那150余家解《易》的儒者。

正当我们的国学大师们孜孜不倦地专研《宋明理学》和考证博大精深的《易经》。正当我们150余家儒家学者们正在解读《易经》和编写庞大的《四库全书》的时候；他们并不在意黄宗羲、顾炎武和王夫之的呐喊，或数学家徐光启和李之藻呼唤学习数学与科学的微弱声音。

从朱熹到明末清初这个时间段，正是西方从文艺复兴到牛顿发明微积分和力学的期间，即工业革命的前夕。清朝强盛的康熙和乾隆年间，则是英国人搞工业革命和殖民主义的历史时刻。除了科学和科技的落伍外，伟大的康熙和乾隆王朝并没有创造出任何可与西方工业革命和殖民主义抗衡的实力。有些学者认为，这应该和《理学》和《易学》作为社会主导思想有直接的关系。