光绪十二年（1886），王闿运携眷离蓉，结束了他总领巴蜀风骚的生涯。廖平也学成高院，主讲于井研来凤书院。这年廖平《今古学考》出版，开始其经学一变。在书中，廖平以礼制区分经今古文学，认为古文学是孔子早年“从周”之学，今文学是孔子晚年“改制”之学。其善别今古，被誉为“魏晋以来，未之有也”。书出之后，大江南北，老师宿儒，同声称赞。他经学功底深厚，门径明晰，一代经学大师的形象已呼之欲出。这年，廖平还拟定《十八经注疏凡例》，欲建立一个有别于传统《十三经注疏》的“蜀学”体系。此前，廖平已撰《谷梁古义疏》11卷，以《王制》为纲领，专门发明汉人古义，使千载坠绪得以发扬光大，成为一部足以取代晋人范宁《谷梁集解》的新疏。清儒于十二经皆著新疏，唯《谷梁》缺而无书，廖平此书正可填补空白。廖平对此书也颇为自负，相传张之洞为山西巡抚，廖平曾去探望，席间论及学问，自矜曰：“倘使《谷梁》书成，不羡山西巡抚！”为张所壮。少年得志，遂发宏愿，除了要遍注十三经外，还欲将《大戴礼记》、《国语》升格，将《王制》、《大学》、《中庸》独立，合成十八经，统统新注新疏。可惜这个计划后来没有实现。

他生性沉静善思，好立新说。当人们还津津乐道其旧说时，他已改辙更说，放弃甚至反驳了自己的旧说。廖平在光绪十二年刚刚完成一变，次年就开始了他的经学二变，从平分今古转而为尊今抑古，认为古文经是刘歆等人篡乱的伪学，只有今文经学才是孔子真传。仅隔三年，他已分别写成了《知圣篇》、《辟刘篇》两部书稿。光绪十五年春，廖平在北京考中进士。当授知县，以亲在蜀，请为龙安府学教授。在回家途中，他东访王闿运于天津，南见张之洞于广州。途经苏州时，顺道造访曲园，拜见俞樾，俞樾热情称赞《今古学考》为“不刊（不朽）之书”。谁知廖平并不热心商谈今古之分，却用尊今抑古之说执问俞樾，面对这位大肆贬斥古学的后生，使他这个以许郑之学自任的古学大师瞠目结舌，不知置对。八月，廖平南达广州，驻在广雅书院，张之洞又向他重申“风疾马良”之诫，可见老师对他的新说肯定不会高兴。不过，廖平此行自有其扭转乾坤的历史功绩，那就是他的尊今抑古说对康有为产生了很大影响。

康有为后来成为戊戌变法的首领。可是此时此际，他仍然是一介寒儒，主讲于广州长兴学舍。他博闻多能，才思敏捷，平生以制度说经，早先本崇奉古文经，酷爱《周礼》，当时正取材《周礼》作《政学通考》，想步王莽、王安石后尘，从《周礼》中找出救国救民的良方。可惜《周礼》这部先秦旧典，尽是设官分职的宏规大矩，却没有一星半点微言大义，于是穿凿殊难，附会不易。因此他的《政学通考》，虽属稿有时却迄未完成。光绪十四五年间，他从沈子丰处得读廖平《今古学者》，十分佩服，“引为知己”。听说廖平市游羊城，遂要约黄季度一同来广雅书院访问这位神交已久的知己。

八月的羊城，分外炎热，绸鸣蝉噪，令人心闷。然而这三个年轻人却并不觉得，他们手摇折扇，口谈至道，一遍又一遍漫步在广雅书院的林荫小道上，人人都有相见恨晚之感。末了，廖平折回住处，取来《知圣篇》、《辟刘篇》两书稿本相赠。这两本书立论实在太出人意料，以致廖平本人在蜀中也不敢示人。在苏州时，他曾以其中个别问题问于俞樾，见这位博学的古学大师也不能置对，于是始自坚新说。及至广州，见康有为是个知己，才将全稿出示于他。不料康有为也不能接受，“驰书相戒，近万余言”！斥责廖平“好名骛外，轻变前说”，禁告他“急当焚毁，否则入籍”！廖平谷以面议后“再决行止”。廖平回访康有力于广州安徽城南会馆，反复晓以“秦焚书未亡六经”，证明今经为全，后出古经为伪，结果“两心相协，谈论移晷”（《经话甲编》卷2）。康有为见抑古之说便于推倒陈规陋习，扫清改革道路；尊今说又能提供更多“改制”的理论，于是翻然顿悟，“乃尽弃其旧说”，改崇今文，弃《周礼》而治《公羊》，于是成为近代《公羊》学大师。熟知这一公案的康氏弟子梁启超说：“有为治《公羊》、治今文也，其渊源出自并研（廖平），不可诬也”（《中国学术思想变迁之大势》），即其证明。

廖平离开羊城至武汉，再转江轮四川。康有为则将半部《政学通考》的残稿锁进抽屉，在《辟刘篇》的指引下，督课陈千秋、梁启超众位弟子，日夜网罗材料，运用目录、版本、校勘等知识，以及大胆假设、穿凿附会的技巧，在廖平还盘桓于入川途中之时，一部循《辟刘》旨意写成的《新学伪经考》已倚马成书，洋洋洒洒40万字，“粗豪狂姿，天下震动”！又三年，他另一部循《知圣篇》旨意写成的《孔子改制考》也著成问世。数年弹指过，而廖平的两本书却仍是草稿一卷。直到光绪二十三年（1897）《辟刘篇》才改订后以《古学考》之名正式出版；至于《知圣篇》，则因“借读者众”，连手本都佚失了，后来还是根据广雅书院传出本的转抄本，订正后于光绪三十年（1904）刊出。对此，知情者径谓康有为“剽窃”（章太炎），“康学出于廖”（皮锡瑞）；不知情者单从他们著作出版的先后考察，反认为康有为是独创（钱玄同、张西堂）。因而成为学术史一大公案。

“二变”既成，廖平将拾级而上，更寻新的进境了。当时，“两考”风靡一时，尊今抑古之说，遍及大江南北。维新人士更以“两考”为理论依据，冲决历朝陋习，力倡变法维新，除了俞樾、章太炎、皮锡瑞、顾颉刚、钱穆等数人知道廖康公案的实情外，廖平的发明权却少有人知。况且，廖平书仅以读书心得的形式著为经话，却缺乏严密的逻辑推理和科学实证，可是，康有为却以天纵之才，借门徒之力，纠合各类材料，运用各种手段，洋洋洒洒，滔滔雄辩，大有顺之者昌，逆之者不死则亡之势。廖平读了也敬从心起，屡称其“巍然大国，逼压弹丸”。相形见绌，容不得廖平不考虑“别构营图”，另起炉灶了。于是廖平又进入了学术三变时期。

“三变”讲小大之学，小指小统，大指大统。《王制》大地封疆五千里，于制为小；《周礼》土圭三万里，于制为大。“二变”尊今抑古时，凡《周礼》与《王制》制度不同处，廖平皆指为刘歆伪纂，作《周礼删刘》。后读《大戴礼记》、《管子》诸书，《周礼》制度皆能符证。概斥《周礼》大制度为伪，于心不安。他认为：“《王制》、《周礼》，一林二虎，互斗不休，吾国二千年学术政治，实受其害；合之两伤，甚于洪水猛兽。”（《四变记》）显然这是两种不同的体系，前人企图将两者牵合起来，常常此牵彼掣，进退失据。戊戌（1898）年廖平主讲于资中艺风书院，一日读《诗·商颂·长发》“受小球大球”，“受小共大共”。认为“球”即地球，“共”即“贡”。又联想到《尚书·顾命》“天球河图”之说，纬书解“河图”为九州地图，于是悟“天球”为天图，“小球大球”为地图，先“小”后“大”，即由内推外之意（《五变记》）。于是认为经学中原有大、小两种制度，小制度即小统，是以《王制》为代表的今文经学，主治中国；大制度即大统，是以《周礼》为代表的古文经学，主治世界。遂将大统学说写成《地球新义》。

“小大之学”不讲古文真伪的问题，甚至还把古学抬到高于今学的地位，这难免有阿附古文经学之嫌，因而梁启超说他是“受张之洞贿逼，复著书自驳”（《清代学术概论》）的结果。“小大之学”又以戊戌年为起点，又有逃避戊戌政变危机之嫌，于是梁启超又说“戊戌惧祸支离之也”，并说“其人故不足道”。后之人多习焉不察，即如范文澜、新《辞海》之论，都无不受其蛊惑。其实这些说法是大成问题的。

诚然，在光绪二十三年（1897）张之洞曾让宋育仁捎话给廖平：“风疾马良，去道愈远。解铃系铃，惟在自悟。”并责令他改订经学条例，不许再讲今古学及《王制》，不许再攻驳《周礼》，廖平“为之忘寝餐者累月”！张之洞捎话有之，就象以前曾多次以“风疾马良，去道愈远”告戒廖平一样；廖平不安者亦有之，但他并未因此改变观点。这从以下两个事实即可证明：一是他在给宋育仁的信中，表达了对恩师张之洞的强烈不满：“鄙人不惜二十年精力扶而新之，且并解经而全新之，其事甚劳，用心尤苦，审诸情理，宜可哀矜。若门户有异，则学问之道，何能围以一途？至人宏通，万不以此！反复推求，终不解开罪之所由。”当年尊经书院时期，曾让廖平心悦诚眼的张之洞给他规划的朴学之路，廖平尚且不屑遵循，现在以这样抵触的情绪，要他完成改辄易张、别创新论这一艰巨工程，简直是不可想象的。虽然他在给张之洞书中陈辞委婉，但是事实上他并没有改变什么，即以对康有为“两考”有始作俑之嫌的《知圣篇》和《辟刘篇》二稿论，廖平不仅没有改变基本观点，反而多处援引康说来证成己见。那么，张之洞捎话对他廖平学术的影响力亦可知矣。

至于“戊戌惧祸”之说又怎样呢？如前所述，廖平将新悟出的“大统”之说写成《地球新义》，其书属稿远在政变之前。据《廖平年谱》记载：光绪二十四年（戊戌，1898）廖平在资州知州凤全宴上，得闻北京政变的电讯，知其同学杨税、刘光第被害，悲不自胜，俯首伏案。随即有门人从重庆捎信说朝廷株连甚广，外间盛传康学出于廖，要他焚毁所著有关各书。于是门弟子一齐举火，将新书《地球新义》也一道烧掉了。可见，大统之学成于政变之前，当时维新派正步步高升，节节得意，根本无祸可惧！况且廖平力主素王改制之议，平生同情变法，一生行迹言论，未曾改变。由此可见，所谓“贿逼”、“惧祸”之说，皆诬枉不实之词！

“三变”的根本原因，在于廖平自己为学日益更新和精进不已。早在张之洞捎话前十年（即光绪十二年）作《经学初程》已声称：“惟心知其意，则百变不穷”。甚至说：“五年一小变，十年一大变，至二十年不变，便是弃材！”他光绪九年（1883）完成“一变”，光绪十三年（1887）开始“二变”，至戊戌之年（1898）已历时十有一年，已到了“十年一大变”的期限了。况又有康有为“两考”的“逼压”。无论是主观愿望还是客观形势，都逗得廖平必须做新的学问，进行新的探索了。

廖平的经学思想，不仅在张之洞在世时历经一变、二变、三变，而且在张之洞作古之后，还发生了四变、五变、六变。光绪三十一年（1905）至民国六年（1917）是廖平经学四变时期。这时廖平避开经学史上聚讼已久的今古文问题，专门分辨天学和人学。认为孔学之中，不仅有治中国和治世界的小大之学（即。人学”），而且有治天仙鬼神和未来世界的“天学”。从此后，廖平治学，不分家法，不讲今古，甚至打破经学、子学与乎宗教神学的界限，欲建立无所不包、治人又治鬼的“孔经哲学”体系。于是乎，以前被儒学斥责的“诡怪不经之书”，道家释氏之典，无一不是孔学中天学的解人。孔子成了全球一圣，古今一人。

民国七年（1918）是廖平经学开始五变时期。这时他为了尊大孔子的绝对权威，认为不仅六经都是孔子所翻所作，连文字也是孔子所造，古书所称“孔氏古文”者是也（《文学源流考》）。

民国八年（1919），廖平65岁，在成都作四川国立专门学校校长。此时的他，著作等身，德高望重，弟子成群，儿孙满堂，过着一种“志于道，据于德，依于仁，游于艺”的典型儒者生涯。不幸，一场突然降临的病魔——中风，打破了廖平恬静的生活。从此，他“言语蹇涩，右手右足均拘挛，行动眠食非人不举矣”。为他的日常生活和学术活动带来了极大的不便。幸好脑子尚灵、思维朗切，他仍然咬紧牙关用左手一笔一划地从头练习写字；口齿不清，他就让长孙廖宗泽板书和翻译……至今尚留下许多由廖平口授的著述，有的书上还留有他手书的遗迹，那苍凉劲拙的斑斑墨迹。于今读来，不禁令人油然而生敬佩之心。

民国十一年，廖平辞去校长任，继而回井研，平安地度过了八年的乡贤闻人生活。久病成良医。在廖平患中风后的岁月里，他转而习医，有医学著作20余种。他以经学治医，着重阐发医理病理，是一位独具特色的中医学理论家。他又援医入儒，尝自题楹联曰：“黄帝六相说诗易，雷公八篇配春秋。”这就是经学的第六变。廖平在第五变时，曾将儒学六经分成天学三经（即《诗》、《易》、《乐》）和人学三经（即《礼》、《春秋》、《尚书》），其六变就是运用《黄帝内经》“五运六气”的理论来阐发《诗》《易》的天学哲理，运用《雷公》经来解《春秋》的人学思想（柏毓东《六变记》）。于是乎，孔经哲学从兼包诸子、宗教神学等思想资料，进而包容了属于医学方技的资料。真是广大悉备，无所不有！

民国二十一年（1932）二月，廖平迎来了八十进一的大喜日子，亲朋故旧，弟子儿孙，“称觞贺者踵接”，此情此景，“颇慰老怀”。宴罢客散，便欲赴成都督促著作刻印之事。不幸年高体弱，途中病发，卒于乐山。终年81岁。

廖平一生，自从进士及第自请任教职以来，都以学术教育自任。他先后执教于井研来凤书院，成都尊经书院，龙安府学，绥定府学，嘉定九峰书院，资州艺凤书院，安岳凤山书院和四川省立高等专门学校。桃李满天下，第子遍蜀中。如黄镕、蒙文通、杜刚伯等知名经学和史学家，皆出于他的门下。廖平一生勤于著述，成果斐然，有著作140余种，先后编为《四益馆丛书》、《六译馆丛书》。内容涉及经史、小学、医药等领域。真不愧为中国近代最大的一位经学大师，因而赢得人们普遍尊敬。他逝世后，追悼大会在成都举行，自蒋介石、、戴季陶、孙科以下社会各界人士，纷纷敬致挽联，表达对这位先师的传人、后生之先师的哀思和崇敬之情。章太炎也为他撰墓志铭，对他一生功业作了热情的评价。