从马融那里学成回乡后，郑玄已经40多岁了，这时他已成为全国著名的精通今古文经学的大师了，于百家之学无所不通。于是远近有数百上千人投到他的门下，拜他为师，听他讲学。当时他家里还很贫穷，便“客耕东莱”，一面种田维持生计，一面教授门徒。东莱在今山东即墨县东南不其城南山下，环境十分优美，山上有古井不竭，井边生有一种细而长的草，和薤一样一尺多长，很有韧性，时人称之为书带草，又叫康成书带。郑玄与弟子们隐居于此，过着清贫而安谧的生活。

本来，像郑玄这样学问好名声大的经师，是会被推荐或征召入朝为官的，他本人也未尝不是这样打算的。但谁知正在此时，却发生了“党锢之祸”。

党锢之祸是东汉后期统治阶级内部宦官、外戚两派长期斗争的产物。外戚当权，即杀戮和罢免一大批宦官，而提拔重用他们的同党；反之，宦官掌权，则大杀外戚集团，罢免和压制外党。桓帝时，一批比较正直的士家豪族和“名士”出身的封建官僚，联合3万多大学生，一起反对宦官集团。宦官则控制了桓帝，捏造罪状进行反击，桓帝下令逮捕了李膺、陈实、杜密等200余人，并对逃亡者悬赏追捕。这就是发生于延熹九年（166年）的第一次“党锢之祸”。后来，由于外戚集团的支持，桓帝下令开赦李膺等200人。不久，外戚与党人联合起来计议诛杀宦官，泄秘后反被宦官先发制人，阴谋陷害，将李膺、杜密等200余人一并下狱处死。之后，又在全国各地陆续逮捕“党人”。灵帝建宁元年（168年），下诏各州郡查究党人，凡“党人”及其门生、故吏、父子、兄弟现居官位者，一概免职禁锢，这就是所谓第二次党锢之祸。所谓“党锢”，也就是视为党人而予以禁锢，绝其仕进之路，永远不许为官。郑玄曾为杜密故吏，又曾受杜密的赏识与提携，所以也被视为党人，于建宁四年（171年）和同郡孙嵩等40余人俱被禁锢。这一年，郑玄才45岁。

郑玄被禁锢后，绝了仕进之路，使杜门不出，隐修经业，集中全部精力来进行遍注群经的工作。郑学的主要成就，都是在这一时期完成的。

汉代经学有今古文之分。秦始皇焚书后，汉代有一些老儒生凭记忆背诵出来一些经文，用当时通行的文字（隶书，即今文）记录并整理出来，叫做“今文经”。西汉成、哀之世，刘向、刘歆父子校理秘书，发现了一部用古籀文字书写的《春秋左氏传》，再加上由孔壁所得的《逸礼》、《古文尚书》，和当时尚未立于学官的《毛诗》，便成了古文经的主要经典。研习今文经的，叫今文学派，修读古文经的，叫古文学派。今古文经不仅经文有所不同，更重要的是其解说和观点差异甚大。两派各按自己的观点注经立说和收徒讲学，渐成水火不相容之势，发展到相互指责、论辩，相攻如仇。后来，古文经也被立于学官，取得了合法的地位，两派的斗争更加经常和激烈了。到东汉时，今古文经并行，古文学派的影响迅速扩大。郑玄进入经学界，正是处于今古文学派激烈斗争的形势之下。

今古文经学派的相互攻击，在本质上并没有什么进步意义，虽然两派都各自有一些长处。经学讲究“师法”和“家法”：严守经师之说毫不走样，叫做师法；同一经师的不同学生又各自为家，故师法之下又讲家法，在遵从师法的前提下才能成一家之言。所以，师法是追溯渊源的，家法是对师说的引伸与发展。如此“疏不破注”，叠床架屋，致使一经就有数家，一家又有若干说，各讲各的一套，谬误百出，使后学者不知所从。繁琐、支离、教条，成了经学的突出弊病。

郑玄起初从第五元先学习《京氏易》、《公羊春秋》，是属于今文经学派的。后来他又跟张恭祖学习《周官》、《左氏春秋》、《古文尚书》，这是属于古文经学派的。可见他并不专守一师之说，尊一家之言，而是博学多师，兼收并蓄。他在马融门下受业多年，而马融乃是古文经学大师，总的看，他是倾向于古文经学一边的。但是，郑玄并不遵守当时经学中师法、家法那一套，他以自己渊博的学识遍注古文经，注中并不专用古文经学家的释义，同时也采用了许多个文经学家的解释。即以古文为主，兼采今文，择善而从。

在受禁锢的14年中，郑玄遍注群经。郑注出现以后，原来各守门户的今文经学与古文经学，便逐渐不再为人们所信了。他在当时不仅集古文经学之大成，而且使古文今文融为一炉，独创了一个新的学派——郑学。人们转而崇尚郑学，使之逐渐成为“天下所宗”的儒学。例如，郑玄所注的古文经学费氏《易》流行，而今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了；郑注《古文尚书》流传，而今文经的欧阳、大小夏侯三家《尚书》便散失了；郑玄笺注了古文经的《毛诗》，而今文经的齐、鲁、韩三家的《诗》也就不显了。郑学的出现，使经学的发展产生了重要的变化，它使经学进入了一个“统一时代”（皮锡瑞语，见《经学历史》）。

本期还有一件事值得一提。当时有位著名的今文经学大师名叫何体，他用17年的时间写成了《公羊春秋解诂》一书，对《公羊》一书的内容多所发明。从他的《公羊墨守》、《左氏膏盲》、《谷梁废疾》三文中可见，他认为《春秋》三传中只有《公羊》义理深远，象墨子的城防一样无懈可击。而《左氏》与《谷梁》二传则存在严重的缺点，根本不值得研究。郑玄乃针对他的观点，著《发墨守》、《针膏肓》、《起废疾》以驳斥之。他认为三传各有其优缺点，《公羊》并非十全十美。何体读了郑玄的文章，也带着叹服的口气说：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！”意思是说郑玄能从他的文章中找出矛盾，用他自相矛盾的说法来驳倒他的立论。由于郑玄对何体的批驳十分有力，使经师和学者们十分惊服。据说当时京师之人称何休为“学海”，而称郑玄为“经神”，郑的声望远超过何。当时求学者不远千里投到郑玄门下者甚众，他的徒党通于天下。

总之，郑玄从45岁被禁锢，到了58岁（灵帝中平元年，公元184年）才蒙赦令，前后长达14年。在此期间，他打破了经学的家法，注释与著书“几百余万言”，创立了郑学，在中国经学发展史上做出了无与伦比的突出贡献。