元始五年平帝驾崩，次年王莽居摄，三年后，王莽篡汉，建立新朝。王莽以符命篡位，一时间，无聊文人，投机士夫，“用符命称功德获封爵者甚众”，扬雄仍然不为所动，故未升迁。后因年老久未转官，才被升了一格——“以耆老久次转为大夫”。大夫仍是一个闲散的位置。据《北堂书钞》卷100引《扬雄集》所称扬雄官衔，知扬雄当时转官中散大夫。中散大夫，无固定职掌。扬雄的工作乃是“校书天禄阁上”，是一个古籍整理工作者。可是由于他接受了王莽的提升，落得“莽大夫”这个不雅的称号。新朝时期，扬雄有时也作一些应景的文字，如新朝初立，他曾作过《剧秦美新》颂，这也是一篇颇遭物议的文章；又作过《琴清音》等音乐著作四篇，王莽当作《乐经》立于学官。元帝后、成帝母、王莽姑母王政君死，王莽诏扬雄作诔以悼之。等等。但他的主要精力仍是学术研究。

这时扬雄的学术著作主要有《续史记》和《方言》。《论衡·须颂》：“司马子长记黄帝以至孝武，扬子云录宣帝以至哀平。”《史通·史官建置》亦载：“司马迁既没，后之续《史记》者，若褚先生、刘向、冯商、扬雄之徒，并以别职来知史务。”又见《古今正史篇》。雄著《法言》时，即对司马迁《史记》是非颇谬于圣人、六经表示不满，他续史记的工作当在作《法言》之后。王充又说扬雄《续史记》“录宣帝以至哀平”，其著作时间自然不能早于衷平。当在王莽之时。

《方言》全称是《囗轩使者绝代语释别国方言》，盖系因循周秦派遣囗轩使者调察各地风俗语言的掌故，如前所说，扬雄《方言》书稿，最初得力于蜀人严君平和林闾翁孺。扬雄至京师后，又坚持数十年亲自访求各地方言俗语，随时加以整理。其《答刘歆书》说：“故天下上计孝廉及内郡卫卒会者，雄常把三寸弱翰，资油素四尺，以问其异语，归即以铅摘次之于椠，27岁于今矣。”三寸弱翰即毛笔，四尺油素即油漆过的白绢记录本。扬雄常带着记录工具采访上计使者，记录各地方言，回家后再摘录下来。如此持续了27年，增增补补，一直没有定稿，也没有向外界公布。至王莽天凤三年（公元16年）刘歆编《七略》，向他牵取《方言》稿本，扬雄才在《答书》中才将搜集撰著此书的甘甘苦苦，曲曲折折，原原本本地披露出来。《方言》是一部记录当时全国范围内各地语言资料的工具书，是当时活生生的语言资料。对促进语言语音的统一，消除当时社会交往中的语言障碍，为巩固祖国统一奠定语言基础，都具有重大意义。但是宋洪迈《容斋三笔》因《汉书·艺文志》没有著录，怀疑扬对本书的著作权。后来也有不少人争相附和。细审各项记录，这种怀疑是没有必要的。一则扬雄《答刘歆书》明确记录了本书的撰著经过，而且明确告诉我们在刘歆编录时尚未定搞，扬雄拒绝借阅，刘氏《七略》不曾著录。后来根据《七略》删削的《汉书·艺文志》不载此书，是十分可能的。况且东汉博学淹通的著名学者应劭已在《风俗通义序》曰：“周秦常以八月遣囗轩之使，求异代方言，还奏籍之，藏于秘室……扬雄好之，天下孝廉卫卒交会周章质问以次注续，二十七年尔乃治正，凡九千字。其所发明，犹未若《尔雅》之闳丽也。”与扬雄《答书》所载相合。东晋常璩《华阳国志》亦说扬雄认为“典莫正于《尔雅》，故作《方言》。”（卷十上）可见《方言》为扬雄之书，汉晋之间并无异说。何况《汉志》未录的西汉著作不在少数，我们正可借汉晋时期的其他材料加以补充，不能因不见于汉志就断为赝作。

此外旧史还载扬雄著《蜀王本记》，是关于古代蜀国的地方史。有人因《华阳国志·序志》称：司马相如、严君平、扬子云、阳城子玄与谯周等人“各集传记以作《本记》”，认为《蜀王本记》乃严君平、阳城子玄、谯周等人所作，司马、扬雄只因文名极盛而被人假托，二人并未作《蜀王本记》。不过，也许各家都曾作《蜀王本纪》，正如《方言》，严君平“才有数千言”，林闾翁孺“颇有其书”，至扬雄乃集其大成。诸家之书，前后相承，而书名相同。只是扬雄的《蜀王本记》，不知作于何时了。

扬雄晚年，本欲远离政治，却偏偏遇上一次政治危机，害得他差点丢了老命。王莽始建国三年（公元11年）刘歆之子刘囗制造符命，犯了王莽忌讳，被杀。审训时，凡涉及者，一概收斩，不用请示。因此牵连死者数百人。当时扬雄正校书天禄阁上，办案人员欲收捕扬雄。雄恐不免死于囹圄，从天禄阁上投下，几乎摔死。其原因只因刘囗“尝从雄学作奇字”，故受株连。多亏王莽发话，才饶了这个当年同僚的老命。刻薄的文士作歌曰：“惟寂寞，自投阁；爱清静，作符命。”袭用雄《解嘲》中语句，嘲讽他主观上希望远离政治、追求逍遥，客观上却难以摆脱现实的矛盾。

投阁事件发生时，扬雄已67岁，这无疑使这个垂暮老人深受创伤。事变后。扬雄曾“因病免”。不久“复召为大夫”，这可能是为了解决家境的极度贫困。传称雄“家素贫，嗜酒，人稀至其门，时有好事者载酒肴从学”。家道窘贫，晚年犹甚，门庭冷落，嗜酒无钱，只有靠向人传授古文字学，来换取几斗白酒。这就是一个正直知识分子不与统治者合作，不愿同流合污的下场。在一个没有是非公道的社会里，要保持清高的人格真是谈何容易！

雄晚年是在丧子、失意、贫窘中度过的，好在他收了一个好学生，即钜鹿侯芭。他在扬雄最困难的时候追随他，从他研习当时人们并不理解的《太玄》和《法言》，这是非常难能可贵的。王充《论衡·案书》称赞说：“当今未显，使在百世之后，则子政、子云之党也。韩非著书，李斯采以言事；扬子云作《太玄》，侯铺子随而宣之。非斯共世，云辅同朝，睹奇见益，不为古今变心易意。实事贪善，不为并肩以迹相轻，好奇无已，故奇名无穷。”侯铺子，即侯芭。天风五年扬雄在凄凉失意中死去，还是这位关门弟子负土作坟，并心丧三年，就像当年孔门弟子一样，尽了弟子之礼。扬雄的生前好友桓谭给他起祠茔，“平陵如子礼”。公卿们也派遣长子与郎吏一道送葬，凭悼这位一生老于郎吏的寂寞之人。终年71岁。