从来建立新王朝的统治者在建政以后最要防范的总是那些辅佐他夺权的开国元勋。因为，随着他自己登上皇帝宝座，各位开国元勋也必然得到三公宰辅等高位，权力和声望俱著。元勋们一有“邪念”，往往可以利用当初的办法，蓷勫新皇帝，自己登上九五之位。王莽的新朝是由一帮野心家、政治失意者、投机家，用种种欺骗手段建起的政权，在新朝建立后，他们君臣之间必然因权力分配不均而发生矛盾。前头说过，王莽得以为帝，甄丰、刘歆、王舜是其助臣。王舜与王莽为同曾祖弟兄，且于始建国三年即病死。甄、刘二人就成了王莽的眼中钉。甄丰原来已为大阿、右拂、大司空、卫将军，王莽建国后却只封他为更始将军，与卖饼儿王盛同为四将，已使甄丰不快。甄丰之子甄寻当时为侍中、京兆大尹、茂德侯，为了给其父争地位，甄寻伪作符命，说新朝应该将陕地分立二伯，以甄丰为右伯、平晏为左伯，王莽不得已封甄丰为右伯。接着，甄寻又以其手纹有“天子”二字而作符命，说王莽之女汉平帝皇后黄皇室主是他的妻子。王莽借口这是对他的怨谤，下令收捕甄寻，迫令甄丰自杀。甄寻逃往华山，到始建国二年底才捕获。在审讯中，甄寻的交代牵连到刘歆两个封侯的儿子刘囗和刘泳，刘歆的门人丁隆，以及一大批公卿党亲列侯，死者数百人。俗话说，打狗要看主人面。王莽借甄寻案而处死刘歆之子及门人，显然是要给刘歆一点颜色看看。

二子及门人被杀，使刘歆受到很大的震动，更重要的是，新朝建立以来社会危机的加深，使刘歆对曾经寄予厚望并为之奋斗的改制失去了信心二王莽的那些改制，不仅没有达到抑制土地兼并减轻百姓负担挽救地主阶级统治危机的目的，反而导致了更多的人民破产，造成了社会的混乱，尤其是其沉重的赋役、残酷的刑法以及对周围各族频频发动的战争，使人民处于水深火热之中，从而加剧了社会矛盾。从始建国三年（公元11年）起，各地农民起义就彼伏此起连续不断，到天风四年、五年（公元17、18年）终于形成以绿林、赤眉为主力的农民战争。刘歆利用王莽改制以安定社会的愿望成为泡影，加之王莽的不信任，于是思想消极，闭门自守，未再参与重大政治活动，也不见在此期间有什么学术著述。

对刘歆的第二次沉重打击在地皇二年（公元21年）。刘歆的女婿王临曾被王莽立为太子。王莽与妻之侍者原碧有奸，王临亦与之通，恐事情泄露，于是王临与原碧密谋杀死王莽。其妻刘忄音受家学，能观天象，对王临说，宫中将有白衣会，此为王莽败乱之兆。王临暗喜，以为阴谋将要成功。但不久，王临被贬为统义阳王，心中忧惧，就给病中的母亲写信，言“不知死命所在”。王莽探侯妻子的疾病，发现此信，在妻病死后，就抓了原碧等拷问，知王临有杀父之意，迫令王临自杀，赐谥谬王。进而牵连于刘囗，下诏责备说：“临本不知星，事从忄音起。”刘忄音自杀，刘歆更加惶惶不可终日，且加深了对莽的仇恨。而朝野也皆知刘歆已不受信用，所以当王莽召问群臣擒“贼”方略时，公孙禄竟在朝廷上攻击“国师嘉信公颠倒《五经》，毁师法，令学士疑惑。…宜诛此数子以慰天下！”

到地皇三年，人们普遍认识到王莽的垮台已势不可免，于是图谶又起。宛人李通以图谶说刘秀言：“刘氏复起，李氏为辅。”穰人蔡少公也言图谶曰“刘秀当为天子。”道士西门君惠根据天文谶记也向卫将军王涉说：“星李扫宫室，刘氏当复国，国师公姓名是也。”就是说，当时在图谶家中普遍流传着“刘秀当为天子”的谶语。后来建了东汉的刘秀认为这是他将为王者受命的徵验。而与刘歆亲近的一些人则认为是刘歆将恢复汉室为天子的兆验，因为刘歆早在建平元年（公元前6年）为了避新继位的哀帝刘欣的名讳而改名刘秀，字颖叔。

这个谶言以复汉为号召，以刘秀为天子，极有号召力。于是两个刘秀就成了人们注视的目标。卫将军王涉和大司马董忠，都深信其谶，几次向刘歆讲天文星宿情况，刘歆没有表态。后来王涉哭着对刘歆说：“我实在是为了和你一起设法保全王氏之族，你为什么就不相信我王涉呢！”刘歆看王涉是真心诚意，于是将他引为知己，向他讲述天文人事，东方必成。刘歆、王涉、董忠于是共谋劫持王莽，投奔新市、平林起义军所立汉宗室更始皇帝刘玄。当时，董忠统领中军精兵，王涉负责宫廷守卫，刘歆之子伊休侯刘叠为侍中五官中郎将担任殿中警卫，如果三人同心协力，大事可成。可惜，刘歆过于迷信天意，非要等到太白星出现才肯动手。结果在地皇四年（公元23年）七月，被孙极、陈邯告发，董忠被中黄门格杀，刘歆、王涉皆自杀。刘歆等人精心策划的兵变竟毁于一旦，自己也终于丧失生命。刘歆、王涉等人的反叛对王莽的精神打击很大。王涉为王莽叔父王根之子，刘歆为其有几十年情谊的旧臣，这真是所谓“军师外破，大臣内叛，左右无所信”，从此王莽“忧懑不能食，亶饮酒，啖鳆鱼，读军书倦，因凭几寝，不复就枕矣。”行动也更为乖辟。到十月，更始兵入长安，王莽就被分裂身体，支节肌骨脔分，其新朝政权也就在农民起义的凯歌声中宣告灭亡。