催眠药的作用开始时间和持续时间并不相同，这是选择催眠药的主要依据。如入睡困难的，应选择较快、较短的催眠药或弱安定药；早醒、睡眠过程浅的患者，则应选择作用持续时间较长的药物。

有躯体疾病的失眠患者，应选择副作用小、对躯体无严重影响的催眠药。如巴比妥类不适宜应用于有肝、肾疾病及呼吸功能不全的患者；水合氯醛不宜用于有心、肝损害的患者；副醛因从呼吸道排出，不宜用于呼吸系统患者，又因口服对胃粘膜有刺激，胃炎及消化性溃疡病患者不宜服用。

几乎所有催眠药都会改变REM睡眠相的性质与时间，这种影响以巴比妥类导眠能力最大，服药后可适当减少总睡眠时间中的REM睡眠。大多正常人，较长时间服用抑制REM的催眠药，并无不良影响。某些夜间发作心绞痛或室性心律失常的病人，常于REM睡眠相发作。服用抑制REM睡眠的催眠药较久，一旦停服，可产生R EM睡眠反跳现象，而导致失眠与夜惊。故，对这些病人选用催眠药时，最好选用对于REM睡眠影响较小的药物为宜，如硝基安定。

药物的交互作用，这一影响对住院内科病人来说尤为重要，特别是那些比较缓慢发生的药物交互作用影响。另外，在选择催眠药物时，还应考虑形成习惯与药物滥用的可能性，以防止出现滥用现象。