每日早餐后当粪便运送至横结肠时，被结肠的集团运动，一下子送到乙状结肠、直肠，直肠粘膜受粪便充盈扩张的机械性刺激，直肠壁内的感受器产生感觉冲动，冲动经盆腔神经、腰骶脊髓传入大脑皮层，又经传出冲动使直肠收缩，肛门括约肌松弛，腹肌、膈肌收缩而使粪便从肛门排出。而上述排便反射过程的任何一个环节有障碍时，即发生便秘。

首先是脑异常：包括帕金森氏病、脑肿瘤、脑血管障碍、脑炎等，都会使大脑皮层的功能受到影响，引起便秘。

其次是脊髓的异常：包括马尾神经瘤、腰及骶髓损伤、脊髓痨、多发性硬化症、脊髓炎等，使感觉冲动的传入障碍，从而导致便秘。

再有就是末梢神经的异常：如骨盆神经切除、多发性神经根炎等病，使传导冲动的神经受损、不能产生排便反射。

另外，一些疾病如抑郁型精神病、神经官能症或癔病等，能使植物神经系统失去平衡 ，使分布在肠管上的交感神经兴奋性增强，而副交感神经作用减低，抑制肠道的运动和分泌功能，从而产生便秘。