引起便秘的直肠疾病最常见的是直肠癌，因为随着癌肿的发展，使肠腔变得越来越狭窄，以致造成排便困难，严重时可以发生肠梗阻。其次如直肠炎性狭窄也可以造成便秘。

引起便秘的肛门疾病有机械性狭窄，如肿瘤疤痕性狭窄等均可妨碍大便的排出。另外是功能性的，主要是肛门附近疼痛性疾患，引起肛门括约肌的痉挛，如痔疮、肛裂、肛门周围脓肿、肛瘘、脱肛等，使患者因疼痛或出血害怕解大便，常常有意识地控制、延长排便时间，从而导致便秘。