了解了以上所说一般世俗的学理，和大小乘佛学的简要理论之后，推开这些不谈，但从“三界唯心”、“一切唯识”，和意念的现存作用谈起，便可知道密宗三密的“意密”，它确是具有很深奥的秘密内义。同时也可由此而了解西方神秘学的路线，正与此相通。显教所包括一般大小乘佛学的空相，大体上都是注重把“意识”所生起的妄想幻灭以后，遗留下的那段状如无物无思的空灵境界，而自认为如此即是“空”相。殊不知这个空灵无物无思的情况，正是平静“意识”的一个基本境界。换言之，自己了知即此一念的平静无波，这便是“意识”真正的“现量”境界。自己认为这就是“空”，其实，此“空”也正是一种“幻有”的现象，也只是“意识”幻现的空灵感觉而已。除此以外，又何尝真有超越“现量”以外的“空”相可得呢？如果坚执这种空灵的境界就是究竟，而尽力保持修证，充其量，也只是小乘偏空的果位，并非正的究竟解脱。

因此可知密宗的修法（包括东密和藏密），便是直接运用“转识成智”的原理，引发“意识”潜藏的无比功能，转变世俗的习染而更换为超然物外的境界。初由“意识”的一念专精而作“观想”开始，再渐渐地转变固有的习气，构成自我超越现实的精神世界，中国佛教宗派中，由晋代慧远法师所创立的“净土”修法，也便是同此原理。但是藏密自唐以后，又更进一步，把密宗观想成就的方法，划分为两部分，初由“观想”成就开始，作为密宗修法的“生起次第”。再由“观想”成就而返还于“性空自在”，才是密宗修法的“圆满次第”。后来藏密不同于东密的最大特点之一，便是把每一个修法，都区分为“生起次第”和“圆满次第”。因此而使“空”“有”双融，贯通了“胜义有”与“毕竟空”，而成为“中道观”的“不二法门”。这也可说是密宗由印度传到西藏以后，在修证方法和佛学理论上的一大进步，绝非东密的同一路线。