大体了解了唯识学上对于“意识”的认识和作用以后，进一步，便须讨论“意识”的本身，它究竟是实际存在的，或是虚幻不实的呢？它是否具有神秘的功能？它与灵魂的作用有何关系？

根据现代一般学识的观念——包括心理学等的知识，所谓“意识”只是人们活着有生命存在时的主要作用。在特别心理学的范围，有时提到“灵感”、“第六感”等的名词。严格说，那也都是“意识”的一种特别功能而已。人死以后，“意识”涣散，是否“意识”转为“灵魂”，那是灵魂学的问题，从现代心理学的立场来说，根本是两回事，毫不相关。而且灵魂学还正在萌芽阶段，尚未在学术界占一正式的席位。“意识”在活人的生命中，是思想、感觉、知觉的泉源，也是人们感觉我的存在之根本。所谓“我思则我存”便是认定意识的思维作用，就是人我生命的主要中心。至少，在现实的生活中，一般都认为它是实际的存在。

但从大小乘佛学的基本观点来说：大致都认为“意识”，只是虚幻不实的妄想思维所形成；它如平静无波的水面上偶然起灭的浪花，根本上并无什么实质的存在，也没有什么实体可得。因此，所有大小乘佛学修证的方法，大致都以破除妄想，空了“意识”为究竟。所以如果借着执行虚幻不实的意念来修习佛法，大体都认为是不对的。

但是密宗修法中的“意密”，主要是运用“意识”来作“观想”。要从“本无”而构成“现有”的观想境界，这是全凭“意念”的功能。如果依照显教大小乘的理论，简直有离经叛教的嫌疑。因为一般学习显教的人，不明白密宗学理的根据，不了解“空”“有”双融和唯识学的真义，当然便误会密宗是近于魔道或外道的修法。殊不知印度后期的佛学，以及西藏密教的学理，早在一千多年前，便有性宗的“毕竟空”，和相宗的“胜义有”之论辩，也正是关于佛法修证方法的辨正。

唯识学将“心”的作用和功能，分作八个部门来解释，虽然说“识”的作用，只是虚幻不实的分别妄想，但是追究八个识的本身根源，却都是超现实的存在。所谓“胜义有”，也便是这种意思。“意识”是八识的中坚分子，当然更不例外。只要把分别妄想的作用，扭转返还于原始静态的如如不动的功能，这便是“转识成智”修证成佛的基本效果了。