无论东密与藏密所标榜的历史渊源如何久远，但它的佛学和修法理论的完整体系，虽自释迦过后八九百年间无著、世亲两兄弟完成“唯识”法相学后，为密宗的修法，建立了一套完整精详的理论，但根据“唯识”与“般若中观”的精义而确立密宗“即身成佛”的奥义，在藏密的发展系统中，由初唐开始一直到明代，从阿底峡尊者著《菩提道炬论》，再到宗喀巴大师著《菩提道次第论》止，才是正式的完成。其次，由初唐到元明之间，如红教的“大圆满”，花教的“大圆胜慧”，白教的“大手印”等等修法，虽然也本于“唯识”与“般若”的见地，但与其说是“中观”的修法，毋宁说是禅宗心法的同源异派，较为适当。再其次，东密修法的理论，唯未完全采用“唯识”的大系，但其主要重心，实不离于“唯识”的“胜义有”观。有关这些学理依据的理由，牵涉太广，暂且不谈。

大日如来与宇宙万有的本体论

东密最基本的大经，便是《大日经》、《金刚顶经》。《大日经》以“毗卢遮那佛”为密教的本尊，也别称为“大日如来”。他是法界独一无二的一尊，借用哲学的术语来说，他便是超越于宇宙独一无二的本体。用佛学的名词，他便是“法身佛”。他与自性成为眷属，也等于说，宇宙万有，都是他自性本能的附属品，他在秘密性的金刚界的心殿之中，永恒不断地自受所有的法乐。《大日经》所说的道理和境界，便是他说出自身所证到的圣智境界。

透过《大日经》所说的这些基本原理，我们便可知道人类本自具备超越于宇宙万有的自性本能，根本上，便自具有无比的纯真、至善、至美的万有功能。它便是法界宇宙万有和人类本性自我的主宰。除此以外，再无其他另有的第一个因，更不是人类所奉献给他的成果。它便是由小我归还到本有的大我，而且无所谓有你、我、他的分别之真我。那么，他与显教、密宗互相共同的《华严经》上所说的“毗卢遮那佛”的原理完全一致。同时，也和唯识学所标榜的人性与众生共有同体的“阿赖耶”藏识的正反面，本自具有“真如”性体的理论和原则，完全相契。而且《华严经》由龙树大士所出，《大日经》也由龙树（又说为是龙猛）所出。《华严》为唯识学的基本要典，同时也通为密宗的大经。由此而知，后期佛学之有密教，它与龙树菩萨关系的来龙去脉，就不难探索可知。（本站注：佛教中的某些法师虽常提及本体论，但要知晓佛学中的本体论与西方哲学的本体论是有很大不同）