银耳菌种的优劣直接关系到银耳的产量和质量．鉴别其优劣,通常可从以下几个方面进行。

(1)观察菌种培养基表层．接种块出现浓白色纽结团,且粒籽饱满、绒毛均匀的,表明菌丝发育正常、纯度高．纽结团色泽混浊,绒毛长短不均的,表明银耳菌丝生长不良；若表层及瓶口内棉花塞口周围出现绿、黄、黑色斑点或白色长毛,则表明已感染杂菌,属于劣种。

(2)观察瓶壁四周．羽毛状的香灰菌丝向培养基内伸长,互相联系不松散的,表明菌种生长正常．如果香灰菌丝发展不平衡,在瓶壁上可明显看到脱节,形成朵斑的,则表明被杂菌感染；菌丝颜色不纯,纯块褐变或枯萎,则是劣种。

(3)在粒状纽结团之间出现金黄色水珠,并有部分吐露黄水,表明菌丝处于生理成熟状态,是正常的；若吐露黑水,表明菌丝已受高温伤害,则属劣种．如果黄水珠收缩后,培养基枯萎,子实体开始展片,则表明菌种已老化。

(4)在无菌室内,从菌种瓶中挑取一块菌丝体,可闻到苹果或柠檬的香味,用手捏有水印出现的,则表明生长良好；若闻到霉、辛辣的味道,则属劣种。

(5)将菌种接于瓶栽培养基上进行出耳试验,如果菌丝生长旺盛,出耳快,出耳卒高,形态好,则表明是优良菌种；反之,则属劣种。