十二岁入报恩寺,依西林大和尚学习佛家诸经典及四书、五经、诸子百家、古文词赋等。大师十九岁那一年,在寺中阅《中峰广录》一书,心中产生了强烈共鸣,立即决定正式出家。祈请西林大和尚披剃之后,将过去所习古文、词赋等付之一炬,立志从此专意参究一事。

大师刚开始习禅时,由于尚未得参究要领,故久无消息。乃专心念佛,日夜不断,净念相续,不久即有感应。一天晚上,梦见阿弥陀佛现身,立于空中,相好光明,了了分明。大师行接足礼,并祈求见观世音、大势至菩萨。愿毕即见二菩萨现半身……自从梦中现此瑞相之后,大师时时都感到三圣炳然在目前,因而对修行增加了极大的信心。这一年冬天,慈恩寺禅堂启建道场,请无极大师讲《华严悬谈》,憨山大师在讲席期间受具足戒,并随众听讲。当听到十玄门,海印森罗常住处……恍然了悟法界圆融无尽之旨意,心中生起对清凉澄观的仰慕之情。由此为自己立字为“澄印”。并请证于无极大师,大师说:“你志入此法门了。”

一闻此言,憨山大师似乎遥见冬积坚冰、夏飘飞雪的清凉山。从此自感行住坐卧皆入冰雪之境,无丝毫热恼。出世之念更加刻骨铭心。大师二十岁的那一年冬天,云谷大师于天界寺建禅期。憨山大师与海内大德五十三人前往参加。开初坐禅不知用心诀窍,甚感苦恼,即拈香请益。云谷大师开示审实念佛公案。从此参究得法,一念不移,三个月内如在梦中。不见有大众,也不知日常行事。但由于用心太急,背部生一大疮,肿痛难忍。大师自知为宿世怨业现前,乃搭袈裟跪于韦驮菩萨像前哀切恳祷:待禅期结束后,愿诵《华严经》十部以还宿债。祈祷后顿感异常疲倦,一上禅床即熟睡,开静也不知道。天亮以后,云谷大师问起背疮一事,大师答:没有事了。看背上果然了无痕迹,平复如初。见闻者无不惊叹。禅期满,大师坐禅堂,感觉仍未离禅坐,即便上街入闹市中,也不见有人,如入无人之境。