三昧水忏的起源,是唐朝的悟达国师,遇迦诺迦尊者,教他以三昧水洗涤人面疮而消除累世冤业的忏法。

在唐朝懿宗皇帝时,有一位知玄悟达国师,在他年少还未被封为国师时,曾参访丛林,挂单在一间不知名的寺里,正巧另一位僧人也挂单在该寺,但那位僧人得了很重的病,通身长满了疮,发出很难闻的臭气,所以都没有人想要和他来往,国师住在他的隔壁,很同情他的病苦,常常照应他,一点都没有讨厌躲避的感觉。

不久那位病僧的病也好了,为了道业各奔前程,在临别的时候,那位僧人为了感激知玄和尚的德风道义,就对他说:“你以后如有难临身,请你不妨到西蜀彭州九陇山来找我,我会设法解救你的灾难。记住山上左边两棵大松树连在一起,那就是我居住地方的标志。”说完便离去了。

后来知玄和尚因为德行高深,唐懿宗十分崇敬,就封他为悟达国师,还赐他沉香庄饰的宝座,悟达国师坐上宝座之后却生起一念傲慢心,心想现在是一人之下万人之上,于是从这时候开始,膝盖上便生出一个人面疮来,长得和人面一模一样,每次还要用饮食喂他,也能像人一样开口吃东西,悟达国师当时痛苦难忍,遍请各地的名医,但是每位名医都无法医治。

国师这时突然记起过去,同住的那位病僧临别所说的话,于是便前往西蜀彭州九陇山去寻找。一日,天色已晚,忽然看见了两棵并立的松树,再往前一看是一座金碧辉煌的殿堂与那僧人,两人相见甚欢,国师便把所患的怪疾告诉他,僧人便加以安慰,告诉国师不要担心,只要用清泉水洗一洗即可。

次日清早僧人就令一个孩童引领国师到岩下清泉的溪旁清洗,国师刚要捧水洗人面疮时,人面疮竟然大声呼喊:“不可以洗啊！您知识广博、见解深远,但不知是否曾读过西汉书上,袁盎与晁错传呢?”国师回答说:“曾经读过。”人面疮就说:“往昔的袁盎就是您,而晁错就是我,当时晁错被腰斩时,心怀怨恨,因此我累世都在寻求报复的机会,可是您十世以来,都是身为持戒严谨的高僧,冥冥中戒神在旁守护,使我没有机会报复,而今您受到恩宠,动了一念名利心,无形中德行已经亏损,因为这个缘故,我才能接近您的身边来报仇。现在蒙圣人迦诺迦尊者出面来调解,赐我三昧法水（此三昧水是迦诺迦尊者三昧力的加持而成三昧法水）,让我得解脱,今后我不再与您为难作对了。”

悟达国师蒙受圣人的救护,洗除多生的宿冤,因此写成忏本,早晚恭敬礼诵,来报答大圣的恩德,并命名为慈悲三昧水忏,就是取尊者以三昧水洗人面疮,解开两家累世冤业的缘故。