山崎闇斋 (公元1618—1682 年) 也是朱子学学者,但他与林罗山的官学派不同．他信奉朱子甚笃,甚至认为学朱子学错了也不后悔．但是,晚年他从儒学转为神道,创建了“重加神道”．他站在日本主义的立场上说: “我虽信奉孔孟,但是,若孔孟率兵来攻日本,我将以孔孟为敌,将孔孟俘虏．”(《先哲丛谈》) 在论述儒学与神道的关系方面,受山崎闇斋学派影响的水户学认为,“奉神州之道,取西士之教,敬神崇儒,不偏党” (《弘道馆记》) ,站在既尊神道又尊儒教的应场上。

摆脱朱子学派并具有自己的特色的学派是古学派．它反对朱子学的严酷、无情、静态的非人性,要回到周公、孔子的古代,并以此命名为古学派．山鹿素行 (公元1622—1685 年) 说,“我以周公、孔子为师,而不以汉、唐、宋、明诸儒为师” (《圣教要录》) ,这是古学派的宣言。

伊藤仁斋

古学派的代表是伊藤仁斋 (公元1627—1705 年) 和荻生徂徕 (公元 1666—1728 年)。但是他们二人的孔子观也是不同的。

对于伊藤仁斋来说,孔子是绝对的圣人,他推崇《论语》是“至高无上宇宙第一书”．他在《论语古义》中说,“《论语》一书,万世道学之规矩准则,其言至正至当,彻上彻下,增一字则多余,减一字则不足,道至此而尽,学至此而极……孟子曾引用宰我、子贡、有若三人的话语,(孔子) 远胜于尧舜．”又说,“有生民以来,从来没有人像孔子这样受崇敬．看来,诸子直接聆教于夫子,知夫子确实比任何圣人卓越,留言于后世．我决心以《论语》为至高无上宇宙第一书,原因就在这里．”从这热情的话语中就能充分了解到伊藤仁斋如何尊重孔子．孔子是众圣人中特别突出的特殊圣人．《论语古义》离开后世的注释,直接就《论语》探讨孔子的真髓．作为辅助研究对象,伊藤仁斋重视对于《孟子》的研究,因此,他作有《孟子古义》。

何藤仁斋认为,《论语》主要是平易说教,《孟子》主要说由孔子之教而来的道,并与教是统一的．伊藤仁斋所发现的孔子的精神是仁,仁就是出自真正给人以利泽的普遍的人类爱。

明治末期以后,人们才不把孔子当作圣人,而作为客观的、学术的研究对象。