藤原惺窝 (公元1561—1619 年) 建立了江户时代的儒学．他曾经向德川家康等武将讲解过《论语》,他作为林罗山和松永尺五的老师而成为文运的中心．具有重要意义的是他脱离佛门,明确地打出了儒家的旗号．林罗山和山崎闇斋也明确地打出了儒家的旗号．原来被僧侣们放在折衷的立场上学习的儒学,现在独立了,人们认识了与佛教不同的儒学本身的价值。

在藤原惺窝的推荐下出仕德川家康的林罗山,成功地在幕府内外传播了朱子学．从此以后,幕府教学的中心就是林罗山的朱子学．孔子就像在中国一样,在日本也被人们当作圣人尊敬了。

祭奠孔子的释奠后来因战乱而中断了,但当时在林罗山的住内建造了一座大成殿,并安放了孔子的圣像,在春季和秋季分别祭奠一次．将军吉纲非常喜爱学问,在元禄四年 (公元1691 年) 把东京神田的一部分命名为昌平坂,在这里设置“学问所”,并新建了一座大成殿,第二年他出席了释奠仪式,同时亲自讲解了《论语·学而》第一章．后来亮政十年 (公元1798 年) 在汤岛重建圣堂,使之更加壮观了．现在仍然保存着的汤岛圣堂就是亮政十年建造的．走在汤岛大成殿的大院内,看到金黄色的屋顶,就能想像德川时代300年文运的隆盛。

现在不仅在东京保存着过去的圣堂,冈山其闲谷黉和山形县致道馆的旧址也被妥善地保存着．随着官学的普及,在各地建立了儒学学舍,学舍中心安放孔子像和木主,并举行祭祀之礼。

据说,“在仙台,讲解之初,儒者以若年寄为主,在铺着席子的房间的壁龛里有圣像,主君释后就座,然后讲师拜,与主君相隔一尺,面对而坐,开始讲解．” (《甲子夜活》卷19) 在江户时代中期以后,尊崇孔子,作为正式礼仪,在全国盛行。