镰仓时代在大学寮举行的释奠已经不供兽肉了．按照中国的惯例是供猪．日本起初供野猪或鹿,但这不符合日本的国情,后来就废除了,以雉代猪．于是释奠之礼也逐渐日本化了。

在后醒醐天皇的时候,在朝廷里开始学习朱子的《论语》新注,取代了古注．据说朱子新注是由玄慧僧都介绍过来的 (见《尺素往来》)。但是,当时朱子已经死了100 多年,对其记录似有怀疑．此前,在整个镰仓时代,许多僧侣去中国留学,新佛教禅宗传入日本,同时也把宋学带到了日本．镰仓时代以后的禅僧们既学佛典,又学儒教,许多人站在二者折衷的立场上。

例如,北条泰时曾就政治问题问师父明惠上人 (公元1173—1232 年)。明惠上人答: “古人曰,＂其身正而影斜,其政正而国乱,是少见的＂真正乃无欲也．”劝北条泰时修身无欲 (《涩柿》)。这些话出自《论语》“其身正,不令而行 (《子路》) 、“政者正也．子帅以正,孰敢不正” (《颜渊》) 等孔子的话,并揉合了佛教天真无欲的思想．虎关师练等许多人认为儒与佛在形式上虽然不同,但根本原理是相同的,中严圆月 (公元1300—1375) 是这种看法的代表．他说,“孔子之道与佛教互为表里,由性质而论,如合双璧．”又说,若认为儒、佛相斥,实际是因为“拘泥其形,而不通其道”。

虎关师练在《元亨释书》 (公元1322 年) 中说: “有人说孔子不讲怪力乱神,实际上孔子并非完全不讲,而是慎重．后来的儒家把它理解为完全不讲,这是非常大的错误．”虎关师练认为孔子也和佛教一样是讲怪和神的．在室町时代更有人主张神道、儒教、佛教是一致的。