龙骨山的发掘经费由美国洛克菲勒基金会赞助,所以,控制权在外国人手里．他们把猿人化石存放在美国人办的协和医院解剖室的保险箱里,由德籍犹太人魏敦瑞研究,这种大权旁落的局面,一开始就給中国猿人蒙上了一层悲剧色彩。

1941 年,太平洋风云变幻,日美战争已迫在眉睫．为了＂北京猿人＂的安全,魏敦瑞提议把这批文物送到美国保存．由于种种原因,启运工作迟迟未能进行．据亲自负责包装化石木箱的北京运送工作的胡承志回忆: 1941 年11月 20日下午,他突然接到协和医院总务长博文将这批化石秘密装箱的通知,计有北京猿人的头盖骨5 个、头骨碎片15 块、下颌骨14 块、锁骨、大腿骨、上臂骨与牙齿等147 块．全部用擦镜的棉纸包好,裹上药棉,再包上纸、细布、棉花,装入两只大木箱,然后安全送进了美国大使馆,准备随美国海军陆战队运往美国,然而,从此以后这批珍贵文物就永远地不见天日了。

1942 年8月,日本人发现北京猿人化石已不在保险箱内的时候,曾在报纸上大肆宣扬北京猿人被窃,并派密探负责搜查工作．两个月后,传说已在天津找到化石,并通知魏敦瑞的秘书前去辨认,随后又宣布并没真正找到,从此以后,日本人对此讳莫如深,再也不提化石的事了。

战后,中美各方在中国大陆和日本进行了广泛的搜寻．但由于当时的战争环境和启运绝对保密的种种措施,使得一切有价值的线索都在举手可得的希望中戛然而止。

1972 年,美国希腊古物基金会主席悬常重金,寻找中国猿人化石,曾经获得过300 多条线索,根据线索,他亲赴中、日、苏、菲、希及台、港等地苦苦地追寻,但,始终没有滿意的结果。

一位美国老太太声称她的丈夫从中国带回了一箱化石,其中有＂中国猿人＂,她开价150 万美元．詹纳斯如約赴会,亲自看了她提供的照片,很遗憾,那也不是失踪的＂中国猿人＂．二次世界大战已经过去了5O 年,中国人民和世界人民都在深情地呼唤: ＂“北京人”,你在哪里？＂