根据蘑菇菌种的来源和生产目的,通常将菌种分为母种、原种和栽培种．孢子或菇体组织在琼脂培养基上萌发、分离的菌丝,称为母种．它是生产其他菌种类型的原始种．获得母种,有组织分离和孢子分离两种方法．一种是从蘑菇菌褶里收集它的孢子,并在适宜的条件下,使孢子萌发成菌丝,这是孢子分离法．另一种是从蘑菇子实体的菌伞与菌柄之间,切取某一部分组织,放在培养基上来培育菌种,称为组织分离法．母种又称一级种,它是生产上作为扩大培养用的菌种．母种一般以试管作为容器．按照一定的配方制成斜面培养基．对母种的要求是纯度要高。

原种是二级种．原种来自一级种的扩大培养,它是母种和栽培种之间的过渡种．原种是在栽培季节前1～2 个月提前制备以供生产扩大为栽培种所准备的．对原种的要求是保持纯度,绝对不能有污染．常采用750 毫升、透明度较高的玻璃瓶作为培养容器．制作时,将母种(斜面菌种)接入灭菌的瓶装麦粒、木屑、粪草等培养基内进行培养。

原种的制种量较少,必须进一步扩大制种量,获得直接用于生产的菌种,称为栽培种,也是三级种．栽培种是将原种接入灭菌的瓶装或塑料袋培养基内培养而成的。