东汉魏伯阳的《周易参同契》称“自然之所为兮，非有邪伪道”，“施化之精，天地自然，犹火动而炎上，水流而润下”。他认为丹药的相互作用、变化，都是自然生成的，并非人所能控制的。

《黄庭内景玉经》称：“六府修治洁如素，虚无自然道之故。物有自然事不烦，垂拱无为身体安。”认为天地之气和人体之气都出自然，能够懂得 “自然”之理的人就是真人，“坐在立忘，万世常存”。宋代张伯端《悟真篇》继承了这一“自然”说，称“谩守药炉看火候，但看神息任天然”，叶士表注：“天地有自然之气，气有自然之数，人禀天地而生，气数与天地等，修真之士穷造化之原，知升降之路，但安神定息，一念不生，湛然无欲，则神气周流，自然造化。”金元以后内丹术有很大发展，修炼理论也渐趋系统化和精密，但是“自然”仍是内修理论的主要内容。

全真七子之一谭处端有诗云：“大道常清静，无为守自然。自心不回转，何处觅言传。” 马丹阳《自然吟——赠陇州萧防判》诗云：“顿觉万缘空，顿觉心开悟。心猿自然停，意马自然住。龙虎自然调，神气自然固。金丹自然结，神仙自然做。”意即“自然” 之理要贯串于内丹修炼的全过程，只有一切都自然而然而不勉强，才能够结丹成仙。明清两代内丹家们在“炼己”、“筑基”、“火候”中，也多强调“自然”。

清代道士黄元吉在《乐育堂语录》中称：“保养又非别有法也。凡事应得恰好处，得最当，我无喜也，亦无忧；无好也，亦无恶。即顺天地之自然，极万物之得所生，须任理而行，听天安命可矣。”因此，“顺天地之自然”是修身养性的基本方法。又称：“炼丹之道，先要踏踏实实，从守中做起，然后引得本来色相出来，苟不踏实，何以凌空。故三丰云：凝神调息于丹田之中，盖心止于脐下曰凝神，息归于元海曰调息，守其清净自然曰勿忘，顺其清净自然曰勿助。如此久久，心神畅遂，气息悠扬，不假一毫人力作为，自然神无生灭，息无出入，俱是安闲自在。”认为凝神，调息、运气等等，都要“不假一毫人力作为”，一切都要“自然”，这样才是“炼丹之道”。