运气学说还有一个疾病痊愈的推算，就是某些疾病在某步气运里容易痊愈。这点和伤寒病里所说的疾病欲解之时是一样的，比如太阳之病，欲解之时是巳午未三个时辰；少阳病欲解之时是寅卯辰三个时辰。也是根据太阳之运动导致地球上阳气变化，以及此变化对人体自身机能之影响来推断的。也算是运气说的一个方面。

运气学说比较复杂，里面还有主气客气加临，产生的一些生克制化。在这里就不过多的展开了。后世医家对于《黄帝内经》里的运气学说，也作了很多补充和发挥。都是我国古人根据长期的观察，得出的宝贵的规律。揭示了大自然的运行规律，以及自然气候变化对人类健康的影响。对于疾病的预测和治疗，有一定的参考价值。

比如《素问运气论奥》里就讲到，丑未之年，少阴君火得位，故天下有瘟疫流行。非典型肺炎SARS的流行是2003年，也就是农历癸未年。H1N7流感的流行则是西元2009年，农历己丑年。而1643年的癸未年，据《明史》记载：“自二月至九月，京师大疫，传染甚剧。”曲黎敏《中医与传统文化》指出，世界流行性感冒的流行与太阳黑子活动的关系，已经得到证实和解释。霍乱的流行则与大气的绝对湿度有关。五运六气学说，可以说是最早的意识到天体运动、气候、物象对人体健康的影响的学问，故近年来也越发受到科学界的重视。

但是在实际的治疗过程中，又不可拘泥于运气之说。比如“1956年为农历丙申年，这一年气运为少阳相火司天，三之气的主气、客气也是少阳相火，引发了乙型脑炎的流行。名医蒲辅周根据当年北京气候偏湿的特点，用白虎汤加用祛湿之药，疗效达到百分之九十。”在这里，蒲辅周先生制方既参考了五运六气，也考虑到了当时北京地区的实际气候状况。

徐大椿《医学源流论·司天运气论》云：“彼所谓司天运气者，以为何气司天，则是年民当何病。假如厥阴司天，风气主之，则是年之病，皆当作风治。此等议论，所谓耳食也……当时圣人，不过言天地之气运行旋转如此耳。至于人之得病，则岂能一一与之尽合？一岁之中，不许有一人生他病乎？”徐大椿说的很明白，司天运气只能是作为一个参考，不能过度的相信。比如厥阴风木司天的年份，这一年的人不一定都得风病，也有可能生其他的病症。所以更应该具体分析，具体对待。如果执着于此运气之说以治病，反而违背了《内经》之本意。