“慎独”说是刘宗周学说的宗旨。他在自己的著作中反复强调“慎独”之重要。他说：

慎独是学问的第一义。言慎独而身、心、意、知、家、厕、天下一齐俱到。故在《大学》为格物下手处，在《中庸》为上达天德统宗、彻上彻下之道也。

又说：《大学》之道，一言以蔽之，日慎独而已矣。《大学》言慎独，《中庸》亦言慎独。慎独之外，别无学也。

可见刘宗周把“慎独”提到了很高的地位。他认为“君子之学，慎独而已矣”，“学问吃紧工夫，全在慎独，人能慎独，便为天地间完人。”[?那么什么是“独”？刘宗周的学生陈确解释说：“独者，本心之谓，良知是也。”“独”即是本心，即是良知，是人具有的一种主观道德能力，“慎独”则是一种内省的道德修养功夫。刘宗周把“独”提升到本体论高度，而把“慎独”说成是最重要的修养方法：“独之外别无本体，慎独之外别无功夫。”“独即天命之性所藏精处，而慎独即尽性之学。”所以，“独”是“至善之所统会”，所谓“致知在格物，格此而已。”“独者，物之本，而慎独者，格之始事也。”这里，不仅宇宙中的万事万物，而且人类的一切道德准则都统摄在“独”（或者叫本心、良知）之中：“独中具有喜、怒、哀、乐。四者，即仁、义、礼、智之别名。”

既然“独”相当于王阳明所说的“良知”，“慎独”的功夫相当于“致良知”，那么为何刘宗周还要立异呢？他本人对此有所解释：

千古相传只慎独二字要诀，先生（指王阳明）言致良知，正指此。但此独字换良字，觉于学者好易下手耳他认为“良知”说不如“慎独”说简易明白，后者更便于学者下手。而且“良知”说还有流于禅学的危险。

“慎独”说是刘宗周的道德修养论。他在当时历史条件下提出“慎独”，主要是针对当时的士风，希望通过内省的功夫，收拾人心，使人人向善，跻于道德之域，以解救“世道之祸”。因此，他高度概括了“慎独”的重要性：

君子由慎独以致吾中和，而天地万物无所不本、无所不达矣。达于天地，天地有不位乎？达于万物，万物有不育乎？天地此中和，万物此中和，吾心此中和，致则俱致，一体无间。

人心与天地、万物关系极大，通过“慎独”的功夫治心，心为天地万物之本，本正则天地万物悉正，以此为出发点，齐家则家齐，治国则国治，天下太平则易如反掌。这里，体现出刘宗周思想的心学特征。

“诚意”与“慎独”密切相关。如果说“慎独”是刘宗周全部学说的宗旨，那么“诚意”则是他的全部学说的根基。这里，先要理解什么是“意”。刘宗周说：

意者，心之所以为心也。止言心，则心只是径寸虚体耳，著个意字，方见下了定盘针，有子午可指。

心之主宰日意，故意为心本。不是以意生心故曰本，犹身里言心，心为身本也。

因此，“意”是“心”之本体，是人心中超越的价值，是“至善”，是“道心”，是“至善之所上”。刘宗周还特别指出，“意”是“有而未始滞于有，无而未始沦于无，盖妙于有无之间而不可以有无言者”，也就是说，“意”合摄了一切价值但又不表现为任何具体的价值规定，具一切相而不落于任何实相。所以“意为心之所存，非所发”，为未发之中。

“意”既然不是现实的活动，而只是一种超越的潜存，那么它就不可能是“动念”，而是“至静”。刘宗周与弟子的一段对话说：

问：“一念不起时，意在何处？”

先生曰：“一念不起时，意恰在正当处也。念有起灭，意无起灭也。”

又曰：“事过应寂后，意归何处？”

先生曰：“意渊然在中，动而未尝动，所以静而未尝静也。”

在关于“未发之中”这一点上，刘宗周揭出“意”这一个重要范畴，指出“意无所为善恶，但好善恶恶而已”，也就是说，“意”只是善必好，恶必恶的一种潜在意向，不是好善恶恶的具体活动。由此出发，他对朱熹、陆九渊、王阳明等人都进行了批评：

朱子惑于禅而辟禅，故其失也支；陆子入于禅而避禅，故其失也粗；文成（即王阳明）似禅而非禅，故不妨用禅，其失也玄。

刘宗周所说的一意”既然如此，那么如何“诚意”呢？他说：

意根最微，诚体本天。本天者，至善者也。以其至善还之至微，乃见真止；定静安虑，次第俱到。

也就是说，通过“定静安虑”的功夫，使意“以其至善还之至微”，以实现对超验价值本体的还原。《中庸》说“诚者，天之道也；诚之者，人之道也”，《孟子》说“诚者，天之道也；思诚者，人之道也”，“诚意”就是要以“思诚”的人道践履实现天道的本诚。刘宗周说：“诚意云者，即思诚一点归宿工夫也。”正因为“诚意”是一点归宿功夫，故正心先诚意，这是“由末以之本”，因为“诚以体言，正以用言”，诚意是体，正心是用。

“诚意”的功夫就是“慎独”。刘宗周说；

《大学》之道，诚意而已矣。诚意之功，”慎独而已矣。意也者，至善归宿之地，其为物不二，故曰独。其为物不二，而生物不测，所谓物有本末也。格物致知，总为诚意而设，亦总为慎独而设也。非诚意之先，又有所谓致知之功也。故诚意者《大学》之专义也，前此不必在格物，后此不必在正心也。亦《大学》之了义也，后此无正心之功，并无修治平之功也。

这样，诚意、慎独与致知、正心实际上是合一的，没有先后之分，格物致知的目的就是诚意。在《学言》中，刘宗周又说：

《大学》之教只要人知本。天下国家之本在身，身之本在心，心之本在意。意者，至善之所止也，而工夫则从格致始。正致其知本之知，而格其物有本末之物，归于止至善云耳。格致者，诚意之功。功夫结在主意中，方为真功夫。如离却意根一步，亦更无格致可言。故格致与诚意，二而一，一而二者也。

可见，格致是诚意的手段或方式（功夫），诚意则是格致的目的或归宿。通过“格物致知”这样的经验性方式，去体认人心中的超越的至善本体——意。因此，格致与诚意是二而一、一而二的。

牟宗三先生将刘宗周这种“诚意”、“慎独”的学说概括为“以心著性”、“归显于密”。的确，诚意、慎独的内倾性极为明显。刘宗周希望通过对内在超越的道德本体的探求，找到一个现实道德实践的理论基础，然后再向外展开，去寻求这种超验本体的实现方式，达到本体与功夫的合一，由诚意而正心、修身、齐家、治国、平天下。