吴澄与许衡同为元代名儒，当时号称“北有许衡，南有吴澄”。许衡主要是承传程、朱之学，而吴澄则主要是折衷朱、陆之学。《宋元学案·草庐学案》将吴澄列为“朱熹四传”、“象山私淑”。全祖望说：“草庐出于双峰（饶鲁），固朱学也，其后亦兼主陆学”；“然草庐之著书，则终近乎朱”。（《宋元学案》卷92）吴澄，就其师授而言，当是朱学人物，所著《五经纂言》，也是“接武建阳（朱熹）”；但从其论学实际来看，吴澄又是元代“和会朱陆”的突出人物。对于朱、陆之学，他既看到了其相同的一面，也看到了其相异的一面，他企图解决朱、陆之间的矛盾，进而和会朱、陆。在理学上，吴澄确实谈了不少朱学的内容；但对于朱、陆的分歧，他又基本否定了朱熹的“道问学”论，而接受了陆学的本心论，提倡读书问学当以陆象山的“尊德性”为本，这在一定程度上克服了朱熹哲学方法与体系的矛盾。因此，草庐学说是折衷朱、陆的产物。

以下分别从道统论、天道观、心性说三个主要的方面，对吴澄的理学思想进行简要的论析。

道统论儒家道统说，始于唐代古文家韩愈。韩愈为了辟佛反老，特提出儒家圣人传道的道统。此说一倡，遂为后世儒家所祖述，道统也就成了儒学名流自谓得孔门心传、以抬高自己身价的工具。程颐、朱熹、陆九渊等人就是如此，吴澄则更有甚之。他19岁作《道统图》，便慨然以接武朱熹继承道统自任。对于道统，吴澄曾有这样的论述：

道之大原出于天，神圣继之。尧舜而上，道之元也；尧舜而下，其亨也；诛泅邹鲁，其利也；镰洛关闽，其贞也。分而言之，上古则羲皇其元，尧舜其亨，禹汤其利，文武周公其贞乎！中古之统，仲尼其元，颜曾其亨，子思其利，孟子其贞呼！近古之统，周子其元，程张其亨也，朱子其利也。孰为今日之贞乎？未之有也，然则可以终无所归哉？（《元史·吴澄传》）

从这段文字中，充分体现出吴澄道统论的几个主要观点：

其一，以天为道统之原。韩愈的道统始于尧舜，而吴澄则借用董仲舒“道之大原出于天”之说，视天为道统之原，尧舜继之。这显然反映了宋以来儒家的宇宙本体观念。

其二，高度重视宋代理学。吴澄根据《周易》的元、亨、利、贞排列，把道统的发展过程分为上古、中古。近古三个历史阶段，每一阶段又分为元、亨、利、贞四个小段；而特别把两宋理学排在儒学发展的“近古”阶段，亦即最后阶段，处于终结之“贞”的最高位置。这表明吴澄对于两宋理学的极端重视。

其三，一自我标榜为朱子传人。吴澄在《道统图》中，将近古理学阶段从周敦颐发展到朱熹，按序排列为元、亨、利，而处于终结的“贞”却有意留下一个空缺。显然，吴澄的本心是想以“贞”自任，从而跻身于宋儒诸子之列，成为朱熹之后道统的继承人。

天道观探讨太极、理、气的内涵及其相互关系，是理学的基本内容。吴澄的天道思想，主要包括自然观、太极与理气论。

关于天、地、日、月和人、物的形成，吴澄认为皆本于“一气”。他曾经说过：

天地之初，混沌洪濛，清浊未判，莽莽荡荡，但一气尔。及其久也，其运转于外者，渐渐轻清，其凝聚于中者，渐渐重浊；轻清者积气成象而为天，重浊者积块成形而为地。天之成象者日月星辰也，地之成形者水火土石也。天包地外，旋绕不停，则地处天内，安静不动，天之旋绕，其气急劲，故地浮载其中，不陷不堕，歧伯所谓大气举之是也。天形正国如虚球，地隔其中，人物生于地上，地形正方如搏骰，日月星辰旋绕其外，自左而上，自上而右，自右而下，自下复左。（《吴文正公全集》卷1《原理》）

吴澄的所谓“气”具有实体性，是形成天地人物的质料。这种认识应当说具有一定的唯物论因素。

然而，吴澄并未把“气”作为宇宙的本原，而将宇宙本原另属之于“理”和太极。对于气与理的关系，吴澄认为：“自未有天地之前至既有天地之后，只是阴阳二气而已。本只是一气，分而言之则日阴阳，又就阴阳中细分之，则为五行，五行即二气，二气即一气。气之所以能如此者何也？以理为之主宰也。理者非别有一物在气中，只是为气之主宰者即是，无理外之气，亦无气外之理。”（《吴文正公全集》卷2《答人问性理》）吴澄认定理是气的主宰者，但它又寓于气中，理气不可分割。

关于理和太极的关系，吴澄则视理为太极，为精神本体。在他看来，天地生灭，人销物尽的变化反复，统统是由于“太极为之”。太极之所以能起到主宰宇宙的作用，是由于它本身包含的动静之理，能随“气机”之动静而动静。但太极本身又是“冲漠无朕，声息泯然”，“无增无减，无分无合”。可见，吴澄是把太极作为宇宙的本原，而太极本身却是一个寂然不动的绝对体，这种宇宙观无疑属于唯心主义的范畴。

再进一步，吴澄还把太极等同于天、帝、神、命、性、德、仁等范畴。按照他的解释，太极就其“全体自然”而言叫做天，就其“主宰造化”而言叫做帝，就其“妙用不测”而言叫做神，就其“赋与万物”而言叫做命，再就“物受以生”而言叫做性，得此性便叫做德，就其“具于心”而言叫做仁。如此一来，吴澄的所谓“太极”，不仅是宇宙的本体，是普照天地的万能神，而且它还具有道德的属性，是人生最高的理想和极则，也就是天理。

心性说人如何认识天理，并做到与之合一，这是理学家们研究的重要课题。朱熹是持之以格物，陆九渊是持之以本心，而吴澄则是“和会朱陆”，形成了自己的心性说。

首先，吴澄立足于从张载到朱蕉的气质说，主张人性有善恶之分，而性善和性恶在本质上又可以相通。他认为，人性是得之于天，而为本然之性，但因其气质不同而有性善与性恶之分。他在《答人问性理》中指出，气质是“人得天地之气”而成形，当人从母体出生时，就受有“天地之气”，因而也是与生俱来。而人所受的“天地之气”，“或清或浊，或美或恶，分数多寡，有万不同”，这就使本然的天地之性受到污染，由于污染的程度不同，所以人性便出现了差异。而这种差异可以由天地之性来统一。吴澄认为，纯善的天地之性不仅赋予性善的人，而且也赋予性恶的人，这就使气质之性中那些恶与不善的人，找到了通向天地之性的可能和信心。可见，性善和性恶在本质上有相通的地方。

其次，在如何恢复天地之性的问题上，吴澄公开赞同和倡导陆九洲的“尊德性”方法。他曾说：“朱子于道问学（即格物穷理学问思辨）之功居多，而陆子以尊德性为主。问学不本于德性，则其弊必偏于语言训释之末。故学必以德性为本，庶几得之。”《《宋元学案·草庐学案》）所谓以德性为本，是讲德性之知为“我之固有也，不待外求。”吴澄在《评郑夹涤通志答刘教谕》中说：“知者心之灵而智之用也，未有出于德性之外者。……盖闻见虽得于外，而所闻所见之理则具于心。故外之物格，则内之知致，此儒者内外合一之学，因非如记诵之徒，博展于外而无得于内，亦非如释氏之徒，专求于内而无事于外也。”（《吴文正公全集》卷2）由于他认为一定知识未有出于德性之外者，所以为学的方法，则专主于心，而反对外求。

再次，从“以德性为本”出发，形成了反求于心的唯心主义认识论。吴澄的认识方法，主要是求吾心中之知，即反求诸心，在心上下工夫。这是吴澄理学思想的根本特点。他认为，天所给予我的，我之所以为人，都在一心，心是主宰，心是统会，所以为学之法专主于心，“必以德性为本”。因此，吴澄在强调心的重要性时说：“孰为要？孰为致？心是已。天之所以与我，人之所以为人者，在是。不是之求而他求焉，所学何学哉？”（《吴文正公全集》卷5《王学心字说》）在吴澄那里，反求吾心既是为学的根本方法，也是认识的根本方法。

末次，基于反求诸心的认识论，吴澄对朱熹的“格物”说作了符合心学思想的修正。其修正主要有二：（一）将“格物”解释为纯粹的感性认识。朱熹“格物”的原意是指穷至事物之理而至其极，而吴澄则说“格物”是所闻所见之知，成了单纯的感性认识，而将推究事物之理排除在外。他认为，事物之理早已具于吾心中，所谓“格物”无非就是以多闻多见启发我心中那个固有之理，然后再推致我心中之理而至于事事物物。可见，吴澄在这里采用了“内外合一”的手法，将事物之理变成了心中之理，使“格物”变成了“格心。”（二）将“格”解释为“悟”、为“觉”。朱熹“格”的原意是“至”、“穷”，即达到、穷尽的意思，而吴澄则解释“格”字说：“朱子尝谓大学有二关，格物者梦觉之关，诚意者人兽之关。实悟为格，实践为诚。”（《宋元学案·吴澄学案》）吴澄解释“格”为“悟”、“觉”，亦即内心的一种思维活动，这就把朱熹具有合理因素的“格”，演变为陆学的简易工夫。

吴澄的理学思想，是宋代理学的继续和发展，它是在“和会朱陆”的过程中形成的。特别是其心性说，主张“格物致知”专主于心，不假外求，务须“内外合一”，更充分体现出元代朱陆合流的趋向，也明显透露了后来明代王守仁心学的消息。其实，王守仁部分接受陆学而又部分参以朱学的学说特点，早在吴澄的理学思想中已经初露端倪。因此，我们可以说，吴澄的理学正是从宋代程朱理学过渡到明代王学的桥梁。