吴澄到了晚年，更加专心致志，穷究“五经”。在总结数十年治经成果的基础上，着力撰写了《五经纂言》，完成了经学史上的一大壮举，实现了他终生研究经学的宏愿。

元仁宗延祐三年（1316），吴澄漫游宜黄（今江西宜黄县），入山留居五峰僧舍，历时六月有余，修成《易纂言》。五年（1318）春，吴澄除集贤直学士，特升奉议大夫，朝廷当即委派集贤修撰虞集奉诏前往江西迎致。吴澄应召，于五月启程，八月到达仪真（今江苏仪征县），突然疾病发作，不能前行，只得暂时滞留淮南。十一月寓居建康（今江苏南昌市），修成《书纂言》以后返家。

元英宗至三年（1323），朝中元老大臣一致举荐吴澄为当代天下儒士之冠，故有旨超授翰林学士、知制诰同修国史，进阶太中大夫，并委派直省合人刘布囗齐奉敕前去聘召。舍人到了崇仁，代皇帝向吴澄殷勤致意，还说：“皇上固知先生年事已高，所以来召者，必欲见先生，宜毋以此为辞！”吴澄拜命即行，于五月抵达京师，六月入翰林院就任。七月，诏令吴澄撰写《金书佛经序》，以资皇室追荐冥福之用。他颇有异议，后因皇帝驾崩而止。

泰定元年（1324）二月，朝廷采纳江浙行省左丞赵简的建议，大开经筵进讲。中书平章政事张珪主持讲席，分派吴澄担任经学讲官。三月，吴澄为泰定帝讲述《中庸》“舜其大孝”章以及《资治通鉴》数条。由于他进讲时言温气和，经旨敷畅，颇得古人劝讲之体，因此使皇上听后甚为满意。七月，吴澄奉诏纂修《英宗实录》。次年十二月，纂修事毕，吴澄又告病还乡。

泰定三年（1326）。张挂上疏皇帝，恳请起用吴澄。他说。

翰林学士吴澄，心正而量远，气充而神和，博考于事物之赜而达乎圣贤之蕴，致察于践履之微而极乎神化之妙，正学真传，深造自得，实与末俗盗名欺世者霄壤不同。粤自布衣，一再收召，超擢学士，有识君子不以为过。前当讲明创切，温润完厚，康健聪明，经学之师，当代寡二。虽蒙恩赐存抚，为礼甚优，然合召还，资其学问，良非小补。

于是，泰定帝下诏加授吴澄为资善大夫，仍任翰林学士，知制诰同修国史，但吴澄终究称病未赴。

吴澄闲居故里，依然一如既往地精心研究“五经”，继《易纂言》、《书纂言》之后，他又陆续修成了《诗纂言》、《春秋纂言》、《礼记纂言》、《易纂言外翼》等书。元顺帝元统元年（1333）六月，吴澄不幸感冒得疾，家人延医诊治无效，历时数日竟与世长辞。噩耗传至朝廷，有旨加赠资德大夫、江西等处行中书省左丞上护军，追封临川郡公，谥曰文正。

吴澄终生治经，孜孜不倦，从年轻时校订“五经”，到中年又“采拾群言”，“以己意论断”，再“条加记叙”，并努力探索朱熹研究五经“未尽之意”，直至晚年方才修成《五经纂言》。除了《诗纂言》而外，其余《易纂言》、《书纂言》、《礼记纂言）、《春秋纂言》四种以及《易纂言外翼》、《仪礼逸经传》、《孝经定本》、《道德真经注》等书，均为《四库全书》所著录。黄宗羲季子黄百家在《宋元学案·草庐学案》中评赞曰：“朱子门人多习成说，深通经术者甚少。草庐《五经纂言》，有功经术，接武建阳（朱熹），非北溪（陈淳，朱熹“高弟”之一）诸人可及也。”

的确如此，吴澄撰修《五经纂言》，在编次整理经文的同时，还特别对其内容从义理方面加以疏解，深入探讨其微言大义，发明张大朱熹之说。他摆脱了汉唐局限于文字训诂的治经方法，在五经研究上完成了由汉、唐的典制训诂转入宋元的义理疏注这一发展过程。毋庸置疑，这确是“朱子门人所不及”的经学成就。即使在元代，研究五经者虽然不乏其人，但唯有吴澄的成就最为显著。