掾元成宗元贞二年（1296），董士选身任江西行省左丞。经省椽元明善引见，他前往馆塾拜望了吴澄，并询问《春秋》经义和治乱之道，都得到了令人满意的解答。董士选拱手告别了吴澄，与元明善同返官署。归途中，他深有感慨地对元明善说：“吾平生所见士多矣，未有德容辞气、援据经传如吴先生者！”

大德元年（1297），董士选拜江南行台御史中丞。次年进京朝见皇帝，改金枢密院事。他多次向朝廷推荐吴澄，但吏部迟迟未能采纳他的意见。一日在都堂议事，董士选离座起立，对丞相愕勒哲和平章军国重事博果密说道：“士选所荐吴澄，非一才一艺之能也。其人经明行修，论道经邦，可以辅佐治世，大受之器也。”丞相和平章军国重事听了，都说：“金院质实所荐，必天下士何疑焉！”事有不巧，平章军国重事博果密改拜御史中丞，不久去世，未及任用吴澄。

大德五年（1301），董士选官拜御史中丞，又全力举荐吴澄。于是，朝廷授吴澄为应奉翰林文字、登仕郎、同知制诰兼国史院编修官，并移命江西行省派遣官吏敦促吴澄赴京就职。董士选专门以个人名义写了一封书信，再三勉励吴澄应召出仕。吴澄当即复书，极力推辞不就。他在回信中说：

澄以古之贤人君子自期，则其出处进退必有道矣。不然，贪荣嗜进，亦若而人也，阁下奚取焉？爱人以德，成人之美，是所望于今之大臣宰相能如古人者；爱之以德而成其美，岂必其仕哉。康节邵先生诗云：“幸逢尧舜为真主，且教巢由作外臣。”澄虽不肖，愿自附于前修，成之者在阁下。

吴澄虽然一再陈情推却，但迫于地方官吏三番五次催促，只得亲自去京城向皇帝谢辞。等他抵达京都，已经有人先代其任，此事方才作罢。时值大德六年（1302）十月，吴澄本想立即动身返回故里，但河冻冰封，归路难行，于是暂且滞留京都，再作打算。门人元明善朝夕侍奉吴澄，甚为勤谨。而朝中士大夫纷纷前来问学，吴澄一一为他们解惑释疑。

大德七年《1303）春天，吴澄治装南归。御史中丞董士选抗章论奏朝廷有失待士之礼。他说：

应奉翰林文字吴澄，天禀高特，道业安成，不求用于时，隐居五十余载。至元间遣使求贤，同至者俱为按察，本官力以母老辞还。大德五年，举本官有道之士，都省奏克前职，咨行省特遣之任，未至而吏部作不赴任阙。顷于本官无所加损，似失朝廷崇儒重道之意。

尽管言辞恳切，朝廷却一时置若罔闻。吴澄于五月到达扬州江北，淮东道肃政廉访使赵完泽以天气暑热为由，强行挽留吴澄暂居郡学，当时有中山王(王介)、河南张恒等学者登门受业。张恒等人就《孝经》若干疑难问题虚心请教，吴澄逐一进行解说，使之恍然大悟，获益非浅。其后，淮东宣抚使沙卜珠(王介)、工部侍郎贾钧、湖广廉访使卢挚、淮东金事赵瑛、南台御史詹士龙以及元明善等达官名流，也纷纷具疏致币，亲率子弟赶到扬州，请谒吴澄拜师求学。

大德八年（13。4）十月，吴澄回到崇仁故里。这时，朝廷有旨传来，授他为将仕郎、江西等处儒学副提举。次年，吴澄校定邵子（雍）之书，编次其目为（一）《皇极经世》12卷，为书62篇；附录《观物外篇》两篇；（二）《渔樵问答》1卷，为书22章，附录遗文6篇；（三）《伊川击壤集》20卷，为诗1498首，附录集外诗13首以及《后序》1卷。吴澄天资高明，早年已能领悟《易经》奥秘，所以对邵子之书考校详实，编订精审，有功于邵子之学可谓大也。与此同时，吴澄还精心校订了郭璞《葬书》等古籍。

吴澄不愿出仕，迟迟未去上官。大德十年（1306），他决定漫游南岳衡山，四月到达袁州（治所在今江西宜春县）。江西儒学提举郑陶孙闻知此事，立即派人致书，追请吴澄赴任。十月，吴澄被迫到官就任。次年正月，他突然染病，二月便告请到富州（治所在今江西丰城县）就医。在疗养期间，吴澄又精心校订了一《老子》、《庄子》以及扬雄《太玄》诸书，还与门人论及诸书之本旨，并辨正讹伪，而后著论立说。

元武宗至大元年（1308），新天子即位，广求人才，诏授吴澄为从侍郎、国子监丞，并移命江西行省敦促赴官。次年六月，吴澄就任国子监丞，六馆翕然归向。最初，元世祖命北方名儒许衡出任国子监祭酒，开始以朱熹理学教授弟子。许衡告老以后，继之者多是他的门人，还能烙守师法。但时间既久，师传渐失，学者散漫无归。而今吴澄一到，决心整治颓风，使诸生为学知其趋向。他每天拂晓便举烛堂上，让诸生依次受业，并各持所疑以质问。直至傍晚，他才退归寓舍稍事休息，而诸生往往执经以从，随时请教。吴澄根据清生才质之高下、识见之深浅而分别给予指导，使他们都能“刻意研穷，以究乎精微之蕴；反身克治，以践乎进修之实。”吴澄就这样谆谆教诲，循循善诱，朝夕讲论，寒暑不废，从而赢得了六馆请生的衷心爱戴。他本来不愿出仕，但而今官授师儒，每日面对莘莘学子，确实也感到了为人师表、哺育英才的莫大快乐。

至大四年（1311）三月，元仁宗即位，罢尚书省。吴澄被改授文林郎，升国子监司业。原侍御史刘赓拜集贤学士兼国子监祭酒，他召集六馆请生，反复告诫大家说：“朝廷徒以吾旧人，故自台臣来领学事，主工作，新斯文之意甚重，吾岂敢当！司业大儒，吾犹有所质问，时不可失，师不易得，诸生其勉之！”

吴澄在国子监克尽职守，不负众望。他采用宋代程颢《学校奏疏》、胡安国《大学教法》以及朱熹《贡举私议》三者，加以斟酌取舍，专门制订了四条教法：一曰经学，讲授内容有《易》、《书》、《诗》、《仪礼》、《周礼》、《大戴礼记》，再附加《春秋》三传，要求诸生各专一经，并须熟读经文，旁通小学，融会诸家讲说义理；二曰行实，教育诸生孝顺父母，友爱兄弟，尊敬长辈，和睦宗亲，厚待朋友，同情他人；三曰文艺，指导诸生学习古文和诗赋，要求人人能够写诗作文；四曰治事，为诸生讲授有关选举、食货、礼仪、乐律、算法、吏文、星历、水利等方面的知识，对他们加强能力培养。吴澄还未及施行这些教法，却被同僚所嫉恨，于是产生了辞官退隐的想法。

元仁宗皇庆元年（1312）正月，吴澄告病辞归。他登舟赋诗，留别各位僚友，众人无不唏嘘感慨。监学官当即命令属吏及诸生数十人追至通州河上，再三恳留，吴澄执意不从。朝廷也专门遣使追留，终究未果。其时，六馆诸生怅怅然如失父母一般，竟有未经合清而追随吴澄南行者数人，从学几年后北归，全都中选高科，成为儒学名士。