元世祖至元二十年（1283）冬，吴澄因父亲身染重病，只得告别友人郑松，离开布水谷，侍奉父亲返回崇仁老家。次年五月，其父不幸病逝。吴澄哀毁骨立，竭其全力为父亲办理丧事，以尽孝子之道。

至元二十三年（1286），程钜夫任江南行台侍御史，奉皇帝之命四处访求遗贤，凡发现德行高尚、才艺杰出的人，便由当地驿站立即派人护送入京拜见皇帝，以听候封赏。这一年冬天，程钜夫不辞辛苦，专程赶到抚州，命郡县官吏亲往慰问吴澄，并想方设法强求他出来做官。当郡县官吏来到吴家的时候，吴澄再三声称母亲年老，无人奉养，以此作为理由坚决推辞。最后，程钜夫亲自前来看望他，经过一番问寒问暖、叙旧谈心之后，又十分恳挚地对吴澄说：“诚不肯为朝廷出，中原山川之胜可无一览乎？”吴澄看到这位老学友一片诚心，实在推却不过，只好答应与之同行，权作一次北上漫游。他将此事禀告母亲游夫人，征得老人家同意，随即整治行装，与程钜夫一道，于十一月向建昌路（今江西南城）出发。

次年春天，吴澄到达燕京（今北京市），与一班名士频繁交往，彼此谈经论学，相互切磋，倒也不虚此行。程钜夫一拢京都，忙着把自己所荐贤士的名册向皇帝上报复命。他原本答应吴澄，不将其列入推荐之列；但经过反复思考，总觉得人才难得，实在不忍心遗弃贤能之士。于是竟违背自己的诺言，特别把吴澄向皇上作了推荐。吴澄很快知道了此事，仍以母亲年迈体衰为由，极力推辞。随后收拾行李，决定独自南归。朝中公卿大夫素闻吴澄之贤，纷纷出面挽留，但吴澄执意离京。众人无可奈何，便相率为吴澄饯行，席间赋诗送别，依依难舍。故宋宗室赵孟(兆页)（当时召为兵部郎中）还手书朱熹与刘子晕所和诗三章，送给吴澄以作留念。目睹当时这种送别场面，无不令人为之感叹。十二月，吴澄抵达崇仁故里。在沿途舟中，他触景生情，挥笔写下了《感兴诗》25首。

至元二十五年（1288）初春，宜黄（今江西宜黄县）吴东子修建了一座义塾，匾上题名曰“明新堂”，专为乡里子弟提供读书之便。他特地奉书聘请吴澄前往授徒讲学，吴澄欣然应允。留寓塾中数月，吴澄不分朝夕，讲学不倦；远近学子登门受教，络绎不绝。

同年秋，程钜夫上疏朝廷说：“吴澄不愿仕，而所考《易》、《书》、《诗》、《春秋》、《仪礼》、《大戴礼记》、《小戴礼记》俱有成书，于世有益，宜取置国子监，令诸生经习，次第传之天下。”朝廷采纳了程矩夫的意见，于是移命江西行省派遣官员前往吴澄家中誊写进呈，并下令地方政俯对吴澄随时给予优礼厚遇。

元成宗元贞元年（1295）八月，吴澄出游龙兴西山（位于今江西南昌市郊）。江西湖东道肃政廉访使司经历官郝文得知这一消息，特地迎请吴澄入城，留居郡学讲授《易经》。郝文本人询阿《易经》疑难数十条，吴澄一一作答，其言深入浅出，透辟明晰，使郝文和在座学者大为叹服。两人对答之辞，由官吏从头至尾记录下来，题名曰《原理》，让四方学者传抄研习。

当时，南北土友前来问学者颇多。清河人元明善身任江西省椽，向以文学自负，经常屈其同座。这次听说吴澄来到郡学，他也不甘寂寞，专捡有关《春秋》大义的数十条疑难问题请吴澄解说。吴澄不假思索，而对答如流，句句皆为领会至深之语。元明善听了，有如醍醐灌顶，对《春秋》义理领悟了很多，但尚存些须疑点。吴澄因材施教，便指导他研读《程氏遗书》和朱熹《近思录》。元明善过去曾几次读过这两种书，但直到现在经吴澄点拨，才知反复玩味而有所得。一天，他当面感谢吴澄说：“与吴先生言，如探渊海。先生之学，程、朱之学也，请执弟子礼终身！”随后，城中士友及诸生纷纷请求由吴澄主讲郡学，吴澄便为大家专题讲授“修己以敬”章，滔滔万余言，听众成百上千，多所感发。