元世祖至元十二年（1275），元兵攻陷江西，抚州沦为元人统治区。乐安县丞黄西卿是一位忠义之士，他不愿降元做官，便携带全家避入深山穷谷，甘心忍饥挨饿，艰难度日。他素慕吴澄讲学之名，特意邀请吴澄前去教授其子。吴澄出于对这位县丞的敬仰，欣然应邀前往。于是在山中授徒讲学，潜心著述，与黄西卿相处甚得。

至元十四年（1277），江西战乱频仍。吴澄侍奉父母双亲到处避难，很少有安居之日。后来，幸得乡贡进士郑松热情相迎，于是一道隐居布水谷。郑松（1235—1307），字特立，乐安（今江西乐安县）人。南宋末年应乡试中选，入无闲居不仕，专意研究经学。吴澄与郑松共同结庐于布水谷中，二人每日以论学为事，可谓优游年岁，自得其乐。布水谷位于乐安之高山，上有田有池，群山外环，内有一道溪流直通悬崖飞瀑而出，其景致十分壮观。谷中吴郑两人所居草庐，后人称为古隐观。

吴澄身居布水谷，虽箪食瓢饮。艰苦备尝，但他一力纂次诸经，一日不曾懈怠。在短短几年时间内，他注释了《孝经》章句，校订了《易》、《书、《诗》、《春秋》，修正了《仪礼》、《小戴礼记》、《大戴礼记》等，对儒学经典的整理和流传作出了不可磨灭的贡献。下面就诸书分别予以简述，以便知其大概。

《易》据《汉书·艺文志》载：《易》12篇，即包括经二传十。自从魏晋诸儒分象象文言入经、而《易》非古，注疏传诵者苟且因循以至于宋。宋代名儒吕祖谦通过精心考证，将《易》恢复其旧。而后朱熹沿用吕本，但对于书中文字阙衍谬误，没有来得及全面订正。吴澄有鉴于此，特重加修订。他采用吕祖谦古易本经文，每卦先列卦变主交，每交先列变交，次列象占。十翼也各分章数，其训解各附句下，音释考证于经则附于每卦之末，于传则附于每章之末。

《书》宋儒多疑古文《尚书》为伪书，从吴澄开始，专主今文《尚书》。吴澄以今文《尚书》25篇自成卷帙，以区别于古文《尚书》；又将原书各篇开头的小序合并在一起，放在全书后一部分；至于孔安国的一篇序文，也附录书末。此书虽专门阐释《尚书》今文，但大多合于古义，实为其可取之处。

《诗》自汉代以来，学者解说《诗经》，全都以《诗序》为本。尤其是毛公将《诗序》分置于各篇开头，使后世读者往往局限于只从序中去探索诗之大旨。对此，宋儒颇以为非，朱熹深斥其失而索性去掉序文。吴澄按照朱子所定，删掉各篇开头之序，以避免其混淆于《诗经》正文，使读者便于以诗求诗，而不为序文所惑。至于诗篇次第，吴澄也酌情加以调整，使其编排更为合理。

《春秋》吴澄认为，汉儒对于《春秋》三传，专门守残护缺，不能贯穿异同而有所去取；唐代啖助、赵匡、陆淳三位学者始能信经驳传，多得其本义，但仍有若干失当之处。为此，吴澄将《春秋》再加审订，编为七纲八十一目，解说以左氏为主，兼采诸家传注，而参之以己见，旨在使读者知道《春秋》史笔有一定之法，相信经文无不通之例，从而避免望文生义，误解圣贤之言。

《仪礼》吴澄深惜《仪礼》17篇尚不完备，于是从《礼记》、《大戴礼记》、《小戴礼记》以及郑玄《三礼注》等广泛摄拾，编成《仪礼逸经》8篇，即投壶礼、奔丧礼、公冠礼、诸侯迁庙礼、诸侯衅庙礼、中囗礼、礻帝于太庙礼、王居明堂礼。他又从《大戴礼记》、《小戴礼记》中采摭，编成《仪礼传》10篇，即冠仪、婚仪、士相见仪、乡饮酒仪、乡射仪、宴仪、大射仪、聘仪、公食大夫仪、朝事仪。此书仿朱熹《仪礼经传通解》之例，按照古人行礼之节次编纂经传文字，其条理显得较为缜密。

《小戴礼记》、《大戴礼记》汉代经学兴盛，学者发现先德所记礼书200余篇，经大戴氏（德）删减合并为85篇，又经小戴氏（圣）斟酌损益为43篇。自汉以来，此书屡经后人增删改篡，其文字颠倒纷乱。朱熹曾打算加以修订，但未及完成此事。吴澄继承朱烹遗志，对《小戴礼记》、《大戴礼记》正讹纠误，精心编次，厦订两书各为36篇和34篇，为后人提供了较好的读本。