周敦颐做了近30年的地方官，其地位并不显赫，生活也比清苦，在当时的社会气氛中，算得上是一位清廉正直的官员。他在道德情操和生活作风上，不与世俗同污，在精神生活上具有自己的独特性格。他既是一个官吏，又是一位儒师，既自诩为儒学正宗，又兼有佛阁风骨和仙过气派。身虽在官，又常寄情怀于方外。诗人黄庭坚评论他说：“茂叔虽仕宦三十年，而平生之志，终在邱壑。”（《濂溪祠并序》，《周子全书》卷19）。

宋仁宗嘉祐六年（1061年），周敦颐出任虔州（今江西赣州市）通判，路过江州（今江西九江市）时，爱庐山之胜，乃有卜居之心，于是乃筑堂于其麓，书堂前面有一溪流，发源于庐山莲花峰下，将其取名为濂溪，决定退休后定居于此，以遂其隐居山林之志。

宋仁宗嘉祐八年（1063年），他写了一篇文字优美、寓意深刻、至今仍被人们爱慕和乐于欣赏的好文章《爱莲说》，用以寄寓自己的情怀和道德品性。全文只有二百余字，不妨抄录于下：

水陆草木之花，可爱者甚蕃。晋陶渊明独爱菊，自李唐以来，世人甚爱牡丹。余独爱莲之出于淤泥而不染，濯清连而不妖，中通外直，不蔓不枝，香远溢清，亭亭静植，可远观而不可亵玩焉。予谓菊，花之隐逸者也。牡丹，花之富贵者也。莲，花之君子者也。噫！菊之爱，陶后鲜有闻。莲之爱，同予者何人？牡丹之爱，宜乎众矣。

称莲花为“花中君子”，借以比喻自己。以为自己身虽在官，但并不追求荣华富贵，只想做一位高尚的“君子”，希望象莲花一样，“出淤泥而不染，濯清涟而不妖，中通外直……清远溢香，亭亭静植”，既是一个高尚的“君子”，又是一个自性清净、佛性常住的方外之人。周敦颐的“濂溪书堂”又名“爱莲堂”。据传，发源于庐山莲花峰下的濂溪的水中有莲。庐山也曾经是东晋高憎慧远同陶渊明等人组织“莲社”的故地，是个佛教胜地。周敦颐在这里写作《爱莲说》，与佛教颇有关系，据专家们考证分析，莲花本为佛教之花，佛经《华严探玄记》就用莲花来比喻真如佛性，如书中说：“如莲花自性开发，譬如真如自引开悟，众生若证，则自性开发。”又说：“如莲花有四德，一香，二净，三柔软，四可爱，譬如真如四德，常乐我净。”《爱莲说》表现了周敦颐思想中，接受并溶汇了佛家的佛性说，他用莲花的特性比喻为天赋的人性至善和清净不染。以“出于淤泥而不染”的莲花之性，说明理想的圣人之性，说明圣人之性的至善至美。在周敦颐看来，淤泥好比那污染人性的人欲，为达到圣人的至善境界，就必须去污存净，去欲存诚。这种思想也充分体现在他的《太极图说》和《易通》之中，这是他巧妙地吸取了佛教思想，用以完善儒家人性道德论的一种表现。

周敦颐不仅受佛教思想影响较深，同时也接受了道教思想，他的《太极图说》，就把道教的世界观与修炼方法融和于儒家经典，是对儒家思想进行充实和再造的成果。他的新儒学思想，就是将佛、道思想中可为儒学容纳的东西汇通于儒家学说的产物。朱熹称周敦颐有仙风道骨：为周敦颐作《墓碣》的蒲宗孟说他“以仙翁隐者自诩”，“与高僧、僧人跨松梦，蹑雪岭，……弹琴吟诗，经夜不返”。他自己也常常作诗，寄情于仙道之境。如在《题丰都观三首》里写道：

山盘江上虬龙活，殿倚云中洞府深。钦想真风古何在，侣松乔柏共萧森。

始观丹诀信希夷，盖得阴阳造化机。子自母生能致主，精神合后更知微。

久厌全全乐静元，俸微尤乏买山钱。徘徊真境不能去，且寄云房一榻眠。

上述史料，已经能够大致地说明周敦颐的精神风貌。后来蒲宗孟在墓碣中也说他是一个“孤风远操，寓怀于尘埃之外，常有高栖遐遁之意”的人。