王肃不仅在经典的注释上与郑学针锋相对，并取得官方学术地位。同时，为了进一步表明自己的思想观点，也为他的思想确立理论根据，他借“圣人”孔子及其子孙之口，集录和伪造先秦孔子言论为《孔子家语》，又伪造《孔丛子》、《圣证论》。这些言论虽然大多出自前人之书，但也可从他的选择之中看出他的用心。看似抄录，却有不少改动，也有许多他自己的话。如他在《孔家语·始诛》引用《荀子·宥坐》中的话说“上失其道，而杀其下，理也。”原文本作“上失之，下杀之，其可乎？”略改几字，足见其用心。又如《贤君》中引用《说苑·政理》：“善为刑罚，则圣人自来。”他改为“崇道贵德，则圣人自来。”这就把自己崇道贵德的思想塞进去了。过去人们对他这个做法是很不以为然的，一个高明的学者何必作伪呢？其实，仔细考察他伪造的书，就可以看出他的苦心：用圣人的话来立论，是儒家经典地位尊崇形式下的一种手段；是借圣人之口说自己想说的话。他在《孔子家语》《孔丛子》中，从各个不同角度来论述治国思想、方法，以及用人等重大问题。而在尊崇孔子儒学的名义下，把道家的无为而治的思想包含进去，成为新时代新思想的融合体，这也是王肃在学术上压倒郑玄，能够列于学官的重要原因之一。它反映出经学向玄学过渡的时代思想特色。

王肃除了注释经典，伪造《孔子家语》、《孔丛子》之外，他在政治生涯中，还针对时事，频频向统治者建议，又表现出儒家入佳的积极态度。他对朝廷的典制、郊祀、宗庙、丧纪、轻重等治理国家的重大问题，写了百多篇论文阐述自己的看法。可惜这些文章今天已不能完全看到。但从《三国志·魏志·王肃传》及《孔子家语》、《孔丛子》中，还可以了解王肃的思想梗概。