郑玄不仅是一位经学家与古籍整理学家一他同时也是一位思想家，至少在汉代是一位重要的思想家。

先说郑玄的哲学思想。

由于历史的时代的局限，郑玄存在着神学迷信思想，认为有人格化的天神存在，它是宇宙万物的创造者和最高主宰。如其《尚书五行传注》说：

天生五材，民并用之。其政道则神怒，神怒则材失性，不为民用。其它变异皆属珍，珍亦神怒，凡神怒者，日月五星即见适于天矣。

一事失，则逆人之心，人心道则怨，木、金、水、火、土气为之伤，伤则冲胜来乘珍之，于是神怒、人怨将为祸乱。故五行先见变异以谴告人……

这种天人感应的谴告说，不外乎宣扬君权神授，神化君主。他还进一步认为，如果君主的行为符合天神的意志，就会由上天降下种种嘉瑞、符瑞以示隆兴；反之，若君主过天，上天则会降下种种灾异以示警告。由此进一步推论，则人的生死、贵贱、贫富、祸福都是由天命决定的，所以应该恭顺天命，服从封建统治。另一方面，他还神化阴阳、五行，用阴阳气的盛衰解说事物的变化，以君子属阳，小人属阴，社会之所以乱，乃是阴气过盛即小人当道的结果。所有这些，都是成体系的，并非偶然的提及。当然，这些思想并未超出汉代“天人合一”唯心论思想的范畴，很少有郑玄个人的发明。但他遍注群经，将这些思想融于对经文的解释之中，而且其中又进行了一些系统化的工作，这就将唯心主义神学哲学进一步发扬光大了。总的看，郑玄的哲学思想并不是进步的，但也未尝不具有积极意义，因为它另一方面也强调人的主观能动作用和对自己命运的信心，只要按照天意——实际是某种客观规律——办事，就有可能招致好的结果。随着社会的发展，对今天来说，它当然早就丧失了任何积极意义，只有历史价值和认识价值了。

再说郑玄的政治思想。与其神学唯心主义的哲学观相联系，郑玄在政治上是保守和正统的，他认为封建制度是合理的和永恒不变的，符合天意的，因而积极维护封建统治的中央集权制，反对地方割据势力。从这一点出发，他极力宣扬忠君思想，强调地方眼从中央，地方要以“顺道”来事奉君主。他认为，人臣为君而死就是尽忠，是义、勇兼备的行为，而正直、刚克、柔克三德，为人臣者必须具备其一。应该说，郑玄对汉室是忠心的，对军阀割据是痛心的，他在注释群经时总是神化君主，要求地方诸侯服从君主，把封国的财富贡献给天子。他注《周易》与《周礼》，常常寄托自己君贤臣忠的政治理想，而在笺注《毛诗》中，又寄托自己感伤时事之情，这也说明他向往从前、反对现实乱世的态度。另一方面，他还积极宣传孝道，用孝道来为忠君思想眼务。要求人们像事奉父母一样事奉君主，像尊重长兄一样尊重各级封建统治者。总的看，郑玄是一位笃信儒家思想的正统学者，他理想中的政治面貌，应当是君君、臣臣、父父、子子，严守等级秩序，使政治稳定，风调雨顺，国泰民安。所有这些，当然也没有多少郑玄个人的东西，而是传统儒家思想对他熏陶而形成的。但郑玄遍诠群经，已把这些政治思想说成是经典的本义和万古永恒的常则，这对于儒家传统思想的传播，当然具有重要的意义。在今天看来，郑玄的政治思想是为封建统治者服务的，没有什么积极意义。但是，历史地看，郑玄的政治思想在当时还是知识分子中普遍认同的，从某种意义上来说，也是和广大民众的根本利益相一致的。