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近年大量研究成果表明，萎缩性胃炎及其伴有的肠化生、细胞异型增生与胃癌的发生存在着密切关系。
萎缩性胃炎常伴有肠化生，有人统计两者并见者占66.5%，而且随年龄增长而上升。肠化生亦即肠腺上皮化生，是指正常的胃粘膜上皮被肠型上皮所替代，化生的细胞浆内含有大量正常胃粘膜所不应有的小肠细胞内的酶类，如氨基肽酶、5-核酸酶和碱性磷酸酶，化生的肠腺上皮细胞并能吸收一些脂质，使肠腺化生的原来的分泌功能转变为吸收功能。由于缺乏乳糜管而使吸收的脂质不能像小肠粘膜那样立即输入血循环，而是滞留在肠腺化生上皮内，胃粘膜区不能有效解毒，从而形成致癌物质，诱发胃癌。有关萎缩性胃炎伴肠上皮化生与胃癌关系密切，文献报道较多，主要认为有以下证据：①有癌的胃比有良性病变的胃，其肠上皮化生发生率高而广泛；②肠上皮化生与癌的发生部位非常相似，同样在胃窦和小弯比大弯及胃底多见；③胃癌高发区比胃癌低发区肠上皮化生多见；④多数胃癌伴息肉者皆系肠型蕈状癌在肠上皮化生的邻近；⑤有直接组织学的证据说明癌可能发生在肠上皮化生部位，也有人证实从肠上皮化生移行为癌组织。近年采用电镜与组织化学染色等方法，对肠化生的类型进行了深入研究，将肠化生分为完全型和不完全型两种。完全型为小肠型化生，其上皮分化好，是一种常见的粘膜病变，广泛见于各种良性胃病，被认为是炎症反应的结果；而不完全型为结肠型化生，其上皮分化差，在良性胃病中检出率低，而在肠型胃癌旁粘膜中检出率很高，说明结肠化生与肠型胃癌的发生有密切关系，为癌前病变。萎缩性胃炎时，化生的上皮细胞是癌的巢穴，化生程度越重，癌变机会越多。
此外，萎缩性胃炎可伴有粘膜的异型增生(不典型增生)，胃粘膜的异型增生是指胃粘膜上皮和腺体的一类偏离正常分化，形态或机能上呈异型性表现的增生性病变。一般认为，恶性肿瘤发生前，几乎均先有异型增生。轻度增生多由炎症引起，可自然逆转，中、重度异型增生，是癌的前期病变。
萎缩性胃炎pH及亚硝酸盐含量高。在低酸状态下，胃内细菌特别是硝酸盐还原酶阳性菌增多，促使硝酸盐还原为亚硝酸盐，与食物中含氮物质结合成致癌物质N亚硝基化合物，被认为是萎缩性胃炎转化为癌的一个重要因素。此外，由于萎缩性胃炎胃酸缺乏和慢性炎症损害，常可伴发胃的溃疡和息肉，而胃溃疡和胃的腺瘤样息肉亦属胃的癌前病变。
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